番組ID作成日番組名番組の説明文
6062012-04-04KEGG、GenomeNetのサービス・利用法本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 時松 敏明 特任助教 による「KEGG、GenomeNetのサービス・利用法」をお送りします。約63分です。
6052012-04-03PDBjのサービス・使い方紹介本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、大阪大学蛋白質研究所 工藤 高裕 特任研究員 による「PDBjのサービス・使い方紹介」をお送りします。約56分です。
6042012-04-02DDBJのサービス紹介本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 中村 保一 教授 による「DDBJのサービス紹介」をお送りします。約45分です。
6032012-04-01DBCLSのサービス紹介・使い方紹介本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、DBCLS 川本 祥子 による「DBCLSのサービス紹介・使い方紹介」をお送りします。約53分です。
6022012-03-31NBDCの紹介本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、NBDC 畠中 秀樹 による「NBDCの紹介」をお送りします。約52分です。
6012012-03-30PubChemを利用して化学物質やアッセイの結果を調べるPubChemはNCBIが提供するデータベースです。アッセイの結果を収録したPubChem BioAssay、化学物質の情報を収録したPubChem CompoundおよびPubChem Substanceの3つから構成されます。
今回は、PubChem BioAssayを利用してアッセイの結果を調べる方法と、PubChem Compoundを利用して化学物質の情報を調べる方法を解説しています。
6002012-03-29牧場でのテキスト切り 落穂拾い本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS 仲里 猛留 による「牧場でのテキスト切り 落穂拾い」をお送りします。約16分です。
5992012-03-28オレがiPhone持ってドヤ顔するまで本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @gentlementatu による「オレがiPhone持ってドヤ顔するまで」をお送りします。約18分です。
5982012-03-27新着論文レビューをテキストマイニング2.0：破本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @gackelNL による「新着論文レビューをテキストマイニング2.0：破」をお送りします。約27分です。
5972012-03-26新着論文レビューをテキストマイニング1.0：序本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @tabris2012 による「新着論文レビューをテキストマイニング1.0：序」をお送りします。約30分です。
5962012-03-25ここはひとつ統合DB的活動を統合する方向で本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 中村 保一 教授 による「ここはひとつ統合DB的活動を統合する方向で」をお送りします。約15分です。
5952012-03-24公共データベースから必要なデータを抽出して使いやすくするだけの簡単なお仕事本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @meguu による「公共データベースから必要なデータを抽出して使いやすくするだけの簡単なお仕事」をお送りします。約8分です。
5942012-03-23来たれソムリエ！次世代型統合TVへの挑戦本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS 坊農 秀雅 による「来たれソムリエ！次世代型統合TVへの挑戦」をお送りします。約12分です。
5932012-03-22Trac or tweet! ～もしくはCSCWで協働プロジェクト～本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS 岡本 忍 による「Trac or tweet! ～もしくはCSCWで協働プロジェクト～」をお送りします。約28分です。
5922012-03-21統合TV雑話本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @Mozk_ による「統合TV雑話」をお送りします。約9分です。
5912012-03-20統合TVの制作現場から本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @Taizo_Ayase による「統合TVの制作現場から」をお送りします。約8分です。
5902012-03-19統合TVを作成するお仕事 ～ツールを選んでから統合TVができるまで～本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @Go_with_twill による「統合TVを作成するお仕事 ～ツールを選んでから統合TVができるまで～」をお送りします。約5分です。
5892012-03-18実験家見習いが覗く統合牧場 ～私にも！こんなに使える統合TV～本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @_junk_0 による「実験家見習いが覗く統合牧場 ～私にも！こんなに使える統合TV～」をお送りします。約12分です。
5882012-03-17第三回統合牧場収穫祭開会の辞本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS 大田 達郎 による「第三回統合牧場収穫祭開会の辞」をお送りします。約14分です。
5872012-03-16【ゲノムリテラシー講座】トランスクリプトーム解析基礎演習（講義3）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2010年9月28日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析 から、油谷　幸代 （産業技術総合研究所）による「トランスクリプトーム解析基礎演習（講義3）」をお送りします。約39分です。
5862012-03-15【ゲノムリテラシー講座】トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門（講義2）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2010年9月28日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析 から、油谷　幸代 （産業技術総合研究所）による「トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門（講義2）」をお送りします。約60分です。
5852012-03-14【ゲノムリテラシー講座】トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門（講義1）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2010年9月28日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析 から、油谷　幸代 （産業技術総合研究所）による「トランスクリプトーム解析・プロテオーム解析入門（講義1）」をお送りします。約76分です。
5842012-03-13【ゲノムリテラシー講座】分子系統解析（講義3）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年9月26日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：分子生物学データベース から、村上　勝彦 （社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム）による「分子系統解析（講義3）」をお送りします。約51分です。
5832012-03-12【ゲノムリテラシー講座】分子生物学データベース（講義2）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年9月26日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：分子生物学データベース から、村上　勝彦 （社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム）による「分子生物学データベース（講義2）」をお送りします。約46分です。
5822012-03-11【ゲノムリテラシー講座】分子生物学データベース（講義1）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年9月26日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：分子生物学データベース から、村上　勝彦 （社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム）による「分子生物学データベース（講義1）」をお送りします。約68分です。
5812012-03-10【ゲノムリテラシー講座】タンパク質立体構造解析（講義3）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年9月12日に開催された、バイオインフォマティクス基礎講座：配列解析、タンパク質立体構造解析 から、川端　猛 （奈良先端科学技術大学院大学）による「配列解析基礎（講義3）」をお送りします。約46分です。
5802012-03-09【ゲノムリテラシー講座】配列解析基礎（講義2）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年9月12日に開催された、バイオインフォマティクス基礎講座：配列解析、タンパク質立体構造解析 から、川端　猛 （奈良先端科学技術大学院大学）による「配列解析基礎（講義2）」をお送りします。約67分です。
5792012-03-08【ゲノムリテラシー講座】配列解析基礎（講義1）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年9月12日に開催された、バイオインフォマティクス基礎講座：配列解析、タンパク質立体構造解析 から、川端　猛 （奈良先端科学技術大学院大学）による「配列解析基礎（講義1）」をお送りします。約68分です。
5782012-03-07【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析／システム生物学演習（講義3）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2010年9月7日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：パスウェイ解析・システム生物学 から、竹本　和広 （JSTさきがけ）による「パスウェイ解析／システム生物学演習（講義3）」をお送りします。約53分です。
5772012-03-06【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析／システム生物学入門（講義2）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2010年9月7日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：パスウェイ解析・システム生物学 から、竹本　和広 （JSTさきがけ）による「パスウェイ解析／システム生物学入門（講義2）」をお送りします。約76分です。
5762012-03-05【ゲノムリテラシー講座】パスウェイ解析／システム生物学入門（講義1）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2010年9月7日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：パスウェイ解析・システム生物学 から、竹本　和広 （JSTさきがけ）による「パスウェイ解析／システム生物学入門（講義1）」をお送りします。約74分です。
5752012-03-04【ゲノムリテラシー講座】ヒト遺伝子データベースの活用法（講義3）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年8月29日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：生命科学一般 から、山口　由美 （理化学研究所） による「ヒト遺伝子データベースの活用法（講義3）」をお送りします。約34分です。
5742012-03-03【ゲノムリテラシー講座】生命体の成り立ちと情報の流れ（講義2）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年8月29日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：生命科学一般 から、山口　由美 （理化学研究所） による「生命体の成り立ちと情報の流れ（講義2）」をお送りします。約61分です。
5732012-03-02【ゲノムリテラシー講座】生命体の成り立ちと情報の流れ（講義1）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年8月29日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：生命科学一般 から、山口　由美 （理化学研究所） による「生命体の成り立ちと情報の流れ（講義1）」をお送りします。約48分です。
5722012-03-01【ゲノムリテラシー講座】バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説（講義3）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年7月25日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：情報学一般 から、 加藤　毅（お茶の水女子大学） による「バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説（講義3）」をお送りします。約14分です。
5712012-02-29【ゲノムリテラシー講座】バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説（講義2）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年7月25日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：情報学一般 から、 加藤　毅（お茶の水女子大学） による「バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説（講義2）」をお送りします。約66分です。
5702012-02-28【ゲノムリテラシー講座】バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説（講義1）本日の統合TVは、JSTバイオインフォマティクス推進センター（BIRD） ゲノムリテラシー講座において2009年7月25日に開催された、バイオインフォマティクスの基礎：情報学一般 から、 加藤　毅（お茶の水女子大学） による「バイオインフォマティクス技術者認定試験・情報学分野の解説（講義1）」をお送りします。約66分です。
5692012-02-27NCBI GEOの使い方4～データセットブラウザの使い方2～ 2012NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。
今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)からダウンロードできるファイルの説明や、発現に有意な変化のある遺伝子を探すツール、各サンプルの発現量の分布を見るツールなどの説明をしています。
5682012-02-21統合TVの作り方 in Camtasia Studio7　～編集編～今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。今回は、Camtasia Studio(カムタジアスタジオ)7を用いた製作場面の中で、動画の編集作業についてお送りします。動画の撮影編はこちらです。
さああなたも統合TVを作ってみませんか！？
5672012-02-20統合TVの作り方 in Camtasia Studio7　～撮影編～今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。今回は、Camtasia Studio(カムタジアスタジオ)7を用いた製作場面のうち、動画の撮影についてお送りします。続く動画の編集編はこちらです。
さああなたも統合TVを作ってみませんか！？
5662012-02-18ArrayExpressを使い倒す２ Atlas of Gene Expressionを使って遺伝子発現状況を調べる 2012ArrayExpressはEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。
ArrayExpressは、以前紹介したNCBI GEOと双璧をなすデータベースで、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが2012年2月16日現在、27,765実験分（801,933個のアッセイ）蓄積されています。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
今回は、Atlas of Gene Expressionを使って、様々な実験条件における興味のある遺伝子の発現状況の高低を、グラフや色の濃淡で表示することにより、分かりやすく閲覧できる方法を紹介しています。例として、筋分化決定因子である"myogenic differentiation 1(myod)"の遺伝子発現状況を検索しました。
5652012-02-17ArrayExpressを使い倒す1　データの検索方法および生データのダウンロード方法 2012ArrayExpressはEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。
ArrayExpressは、以前紹介したNCBI GEOと双璧をなすデータベースで、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが2012年2月16日現在、27,765実験分（801,933のアッセイ）のデータが蓄積されています。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。ArrayExpressにあるデータがNCBI GEOにある場合、それらへのリンクが張られていることも一つの特徴です。
今回は、まずArrayExpressの検索インターフェースを使って自分の興味のある主にマイクロアレイの実験データセットにたどり着く方法、およびその生データのダウンロード方法について説明しています。
5642012-02-16Human Protein reference databaseを使ってヒトタンパク質の情報を調べるHuman Protein Reference Databaseはヒトタンパク質について、ドメイン、翻訳後修飾、相互作用などの情報を統合したデータベースです。
様々な条件設定を行うことで、目的のヒトタンパク質の情報を検索してくれます。
今回は、ヒトのkinesinファミリー因子を例に、HPRDを使ってタンパク質を検索する方法を3つ紹介します。
5632012-02-15GGRNA: search engine for genes and transcriptsGGRNA is a 'Google-like' full text search engine for genes and transcripts. The web server accepts arbitrary words and phrases such as gene names, IDs, annotations, and even nucleotide/amino-acid sequences as an input, and quickly searches relevant RefSeq transcripts.
5622012-02-14DBCLS Galaxy/TogoDBの使い方本日の統合TVは、2012年2月10日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷10から、DBCLS 山口 敦子 による「DBCLS Galaxy/TogoDBの使い方」をお送りします。約6分です。
5612012-02-13BodyParts3D/アナトモグラフィーの使い方本日の統合TVは、2012年2月10日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷10から、DBCLS 藤枝 香 による「BodyParts3D/アナトモグラフィーの使い方」をお送りします。
5602012-02-12DBCLSの活動の紹介本日の統合TVは、2012年2月10日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷10から、DBCLS 河野 信 による「DBCLSの活動の紹介」をお送りします。約54分です。
5592012-02-11NBDCの三大サービス（カタログ、横断検索、アーカイブ）の紹介本日の統合TVは、2012年2月10日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷10から、NBDC 櫛田 達矢 による「NBDCの三大サービス（カタログ、横断検索、アーカイブ）の紹介」をお送りします。約62分です。
5582012-02-10ライフサイエンスデータベース統合推進事業の取り組み本日の統合TVは、2012年2月10日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷10から、NBDC 坂東 明日佳 による「ライフサイエンスデータベース統合推進事業の取り組み」をお送りします。約20分です。
5572012-02-02Webにおける科学出版と“編集”本日の統合TVは、2012年1月31日に行われた 横浜市立大学大学院 生命ナノシステム科学研究科 生体超分子システム科学専攻 博士後期課程 における講義「科学メディア講究」から ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） 飯田 啓介 特任技術専門員（元 蛋白質 核酸 酵素（PNE）編集長、現 ライフサイエンス新着論文レビュー 編集人） による「Webにおける科学出版と“編集”」をお送りします。
約81分の内容です。
5562012-01-28NCBI GEOの使い方3～データセットブラウザの使い方1～ 2012NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。
今回はGEOの使い方第3弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現を詳細に調べる方法を紹介しています。データセットの検索、データセット内の遺伝子の検索、及びヒートマップツールの使い方などについて説明しています。
5552012-01-27Biomart v0.8を使ってIDから遺伝子情報を取得するBioMartは、the Ontario Institute forCancer Research (OiCR) とthe European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。
先日、BioMartのバージョンアップが行われインターフェースの大幅な変更や新機能の追加がなされました。
この動画ではバージョンアップで変更された点を、IDから遺伝子のDescription等を取得する中で解説し、また、追加された新機能についても解説を行なっていきます。
5542012-01-24GGRNAで遺伝子をGoogleのように検索するGGRNAは統合ホームページで提供されているツールの一つで様々なキーワードから素早く遺伝子を検索できるサービスです。NCBI RefSeqの転写産物を生物種ごとに検索できます。遺伝子名、各種ID、アノテーション情報だけでなく塩基配列やアミノ酸配列からも高速に検索できます。
今回は、その基本的な検索、操作方法について説明します。
5532012-01-20第3回LinkedData勉強会：メタゲノムのメタデータ本日の統合TVは、2012年1月18日に開催された第3回LinkedData勉強会から、ライフサイエンス統合データベースセンター 岡本忍 特任准教授による「メタゲノムのメタデータ」をお送りします。
5522012-01-19バイオインフォマティクス三題噺：フロンティア開拓、インフラ整備、人材育成　ーBIRDからNBDCへー本日の統合TVは、2011年11月14日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催されたバイオインフォマティクス推進センター（BIRD）第8回研究成果報告会「知識発見への挑戦～バイオインフォマティクスの飛躍に向けて～」から JSTバイオサイエンスデータベースセンター　副センター長 高木 利久 先生 による「バイオインフォマティクス三題噺：フロンティア開拓、インフラ整備、人材育成　ーBIRDからNBDCへー」をお送りします。
5512012-01-18BIRDで感じた「創造」とは何か本日の統合TVは、2011年11月14日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催されたバイオインフォマティクス推進センター（BIRD）第8回研究成果報告会「知識発見への挑戦～バイオインフォマティクスの飛躍に向けて～」から JSTバイオインフォマティクス推進センター 統括 勝木 元也 先生 による「開会挨拶と私見：BIRDで感じた「創造」とは何か」をお送りします。
5502012-01-16UCSC Genome Browserの使い方～wig形式のファイルをトラックとして追加する～UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
今回は、GC率やChIP-Seqのデータなどを表示するためによく使用されるwig形式のファイルをUCSC Genome Browserにアップロードし閲覧する方法を紹介します。
5492011-12-23BodyParts3D/Anatomographyの使い方～実践編～ 人体ヒートマップの作成BodyParts3D(ボディパーツ3D)は統合ホームページで提供されているツールの一つで人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3Dから解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。また、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することもできます。3Dの人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。
5482011-12-22いつも側にいるコラボレータ ～Google＋を使った共同研究の進め方～本日の統合TVは、2011年12月13～16日にパシフィコ横浜にて開催された、第34回日本分子生物学会年会のフォーラム 『もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら』から、二階堂 愛さん （@dritoshi）（理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター）による「いつも側にいるコラボレータ ～Google＋を使った共同研究の進め方～」をお送りします。
5472011-12-21生存戦略、しましょうか ～或いは、最もスマートな研究職の探し方～本日の統合TVは、2011年12月13～16日にパシフィコ横浜にて開催された、第34回日本分子生物学会年会のフォーラム 『もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら』から、大田 達郎さん （@iNut）による「生存戦略、しましょうか ～或いは、最もスマートな研究職の探し方～」をお送りします。
5462011-12-20学生と研究者のあいだ ～twitterで講演依頼をする方法～本日の統合TVは、2011年12月13～16日にパシフィコ横浜にて開催された、第34回日本分子生物学会年会のフォーラム 『もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら』から、安西 高廣さん （@takanzai）による「学生と研究者のあいだ ～twitterで講演依頼をする方法～」をお送りします。
5452011-12-19BodyParts3D/Anatomographyの使い方～実践編～ 3D画像の作成BodyParts3D(ボディパーツ3D)は統合ホームページで提供されているツールの一つで人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3Dから解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。また、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することもできます。3Dの人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。
基本編の動画ではBodyParts3D/Anatomographyの基本的な使い方を説明しました。BodyParts3D/Anatomographyは臓器の色や透明度を変えたり、見る角度を変えたりできるので、臓器の3D画像を描くのに使うことができます。今回はそのための実例を説明します。
5442011-12-18BodyParts3D/Anatomographyの使い方～実践編～ 臓器の位置関係を調べるBodyParts3D(ボディパーツ3D)は統合ホームページで提供されているツールの一つで人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3Dから解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。また、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することもできます。3Dの人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。
基本編の動画ではBodyParts3D/Anatomographyの基本的な使い方を説明しました。BodyParts3D/Anatomographyは臓器を様々な角度から見たり、臓器の検索をしたり、大きさや位置関係を確認したりできます。今回はそのための実例を説明します。
5432011-12-17BioPortalとProtégéを利用した生命科学オントロジーの作成本日の統合TVは2011年12月6日にライフサイエンス統合データベースセンターにて行われたオントロジー作成の講習会をお送りします。
RDFとオントロジーについての説明の後、NBDC 生命科学系データベースアーカイブに収録されている酵母タンパク質の相互作用データベース(Yeast Interacting Proteins Database)を使って簡単なオントロジーを作成する実演が行われています。今回の講習では、生命科学オントロジーのレポジトリであるNCBO BioPortalとDBCLSで開発しているオントロジー検索ツールOntoFinder、オントロジー編集ツールのProtégé 3.4.7 (最新版はBioPortalに対応していないそうです。(2011年12月7日現在))などが使われています。講師はライフサイエンス統合データベースセンター・特任准教授 金進東です。
5422011-12-16NetStartを使って開始コドンを予測するNetStartは塩基配列上の開始コドンを予測するツールです。
遺伝子をコードしている領域が分からない塩基配列を入力することで、開始コドン(ATG又はAUG)を予測してくれます。
今回は、ヒトのCDK8の配列を利用し、開始コドンを予測するまでの手順を紹介しています。
5412011-12-15ゲノムメチル化とエピジェネティクスIII: DNA Communications by Type III Restriction Enzymes: 1D looping or 3D looping or Both?本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、Department of Biochemistry, Indian Institute of Science の Prof. Desirazu Narasimha Rao による「ゲノムメチル化とエピジェネティクスIII: DNA Communications by Type III Restriction Enzymes: 1D looping or 3D looping or Both?」をお送りします。
5402011-12-14ゲノムメチル化とエピジェネティクスII: Helicobacter pylori本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、Department of Biochemistry, Indian Institute of Science の Prof. Desirazu Narasimha Rao による「ゲノムメチル化とエピジェネティクスII: Helicobacter pylori」をお送りします。
5392011-12-13ゲノムメチル化とエピジェネティクスI: Unity in Diversity - A Curious Case of DNA Methyltransferases本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、Department of Biochemistry, Indian Institute of Science の Prof. Desirazu Narasimha Rao による「ゲノムメチル化とエピジェネティクスI: Unity in Diversity - A Curious Case of DNA Methyltransferases」をお送りします。
5382011-12-12トーゴーの日シンポジウム2011 ～「閉会の挨拶・まとめ」～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から バイオサイエンスデータベースセンター 副センター長 高木 利久 による「閉会の挨拶・まとめ」をお送りします。
5372011-12-11トーゴーの日シンポジウム2011 ～「ゲノム情報に基づく植物データベースの統合」～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から かずさＤＮＡ研究所 副所長 田畑 哲之 先生による「ゲノム情報に基づく植物データベースの統合」をお送りします。
5362011-12-10トーゴーの日シンポジウム2011 ～「微生物エンサイクロペディアの構築に向けて」 ～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 東京工業大学 大学院生命理工学研究科 教授 黒川 顕 先生による「微生物エンサイクロペディアの構築に向けて」 をお送りします。
5352011-12-09トーゴーの日シンポジウム2011 ～「大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築」 ～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 京都大学 大学院医学研究科 教授 松田 文彦 先生による「大規模ゲノム疫学研究の統合情報基盤の構築」 をお送りします。
5342011-12-08トーゴーの日シンポジウム2011 ～「ヒトゲノムバリエーションデータベースの開発」 ～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 東京大学 大学院医学系研究科 教授 徳永 勝士 先生 による「ヒトゲノムバリエーションデータベースの開発」 をお送りします。
5332011-12-07トーゴーの日シンポジウム2011 ～共催講演 「『画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベース』の試み」～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 農業生物資源研究所 農業生物先端ゲノム研究センター ゲノムインフォマティクスユニット ユニット長 伊藤 剛 先生 による共催講演 「『画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベース』の試み」 をお送りします。
5322011-12-06トーゴーの日シンポジウム2011 ～「４省連携の活動紹介」～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から バイオサイエンスデータベースセンター 副センター長 高木 利久 による「４省連携の活動紹介」 をお送りします。
5312011-12-05トーゴーの日シンポジウム2011 ～基調講演2 「地球観測・予測データの統融合」～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 東京大学大学院工学系研究科／東京大学地球観測データ統融合連携研究機構 教授 小池 俊雄 先生 による基調講演2 「地球観測・予測データの統融合」 をお送りします。
5302011-12-04トーゴーの日シンポジウム2011 ～基調講演① 「Linked Open Data で広がるデータ統合」～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 慶応義塾大学 環境情報学部 教授 萩野 達也 先生 による基調講演① 「Linked Open Data で広がるデータ統合」 をお送りします。
5292011-12-03トーゴーの日シンポジウム2011 ～「データベース統合に関わる基盤技術開発」～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授 坊農 秀雅 による「データベース統合に関わる基盤技術開発」をお送りします。
5282011-12-02トーゴーの日シンポジウム2011 ～来賓の挨拶～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 内閣府総合科学技術会議 議員 本庶 佑 先生 による「来賓の挨拶」をお送りします。
5272011-12-01トーゴーの日シンポジウム2011 ～開会の挨拶～本日の統合TVは、2011年10月5日に日本科学未来館 みらいCANホールにて開催された日本のライフサイエンス分野におけるデータベース統合の成果を報告するシンポジウム「トーゴーの日シンポジウム2011 ～ライフサイエンス分野のデータベース統合の“カタチ”を探る～」から 科学技術振興機構 川上 伸昭 総括担当理事による「開会の挨拶」をお送りします。
5262011-11-30BodyParts3D/Anatomographyの使い方～基本編～BodyParts3D(ボディパーツ3D)は統合ホームページで提供されているツールの一つで人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3Dから解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。また、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することもできます。3Dの人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。
いまなお現在進行形でその改良が進められており、内容の充実とともに使いやすさも日々向上しています。今回は2011年に行われたインターフェイスの変更に伴い、更新されたAnatomographyの操作方法を中心に紹介しています。
5252011-11-24Avadis NGS の使い方～RNA-seq編～今回の統合TVでは Avadis NGS による RNA-seq 解析の方法を解説します。
Avadis NGS は次世代シーケンサ(以下 NGS)から得られたデータの解析のための商用ソフトウェアです(無料で20日間試用できます)。Strand Scientific Intelligence 社が開発、日本では Agilent 社が販売しています。
Avadis NGS ではマッピングされたショートリードのデータ(SAM や BAM フォーマット)を読み込み、クオリティ・チェックを施した上で各種の解析およびその可視化を行う、という一連の流れを一つのソフトだけで行うことができます。
5242011-11-07統計解析ソフト「R」での立廻りRはフリーでオープンソースの統計解析環境です。Rを使うとデータの操作や計算、可視化を統合して行うことができます。豊富に用意されたサンプルデータや、対話的な解析、網羅的なパッケージアーカイブCRANが特徴です。Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。
生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』では、500以上のパッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。
今回はRを使う上で基本的な知識や、便利なウェブサイトを紹介します。また、実際にHuman Induced Pluripotent Stem Cell Epigenomesのデータを階層的クラスタリングを用いて解析します。この解析はHotspots of aberrant epigenomic reprogramming in human induced pluripotent stem cellsのFigure 1eを元ネタにしています。
5232011-11-06バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系III：高速解析技術により開かれる視界本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、東京大学大学院新領域創成科学研究科 社会文化環境学専攻 佐藤弘泰 先生による「バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系III：高速解析技術により開かれる視界」をお送りします。
5222011-11-05バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系II：下水処理微生物群集構造解析手法本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、東京大学大学院新領域創成科学研究科 社会文化環境学専攻 佐藤弘泰 先生による「バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系II：下水処理微生物群集構造解析手法」をお送りします。
5212011-11-04バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系I：下水処理の仕組みと微生物の機能本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、東京大学大学院新領域創成科学研究科 社会文化環境学専攻 佐藤弘泰 先生による「バイオインフォマティクスにより見えてくる環境微生物生態系I：下水処理の仕組みと微生物の機能」をお送りします。
5202011-11-03ゲノムの多重遺伝子群による多様情報の識別と行動制御：匂いとフェロモンII本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命化学専攻 生物化学研究室 東原和成 先生による「ゲノムの多重遺伝子群による多様情報の識別と行動制御：匂いとフェロモンII」をお送りします。
5192011-11-02ゲノムの多重遺伝子群による多様情報の識別と行動制御：匂いとフェロモンI本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命化学専攻 生物化学研究室 東原和成 先生による「ゲノムの多重遺伝子群による多様情報の識別と行動制御：匂いとフェロモンI」をお送りします。
5182011-11-01文献情報関連サービスの活用法本日の統合TVは、2011年7月15日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷9から、DBCLS 山本 泰智 による「文献情報関連サービスの活用法」をお送りします。
5172011-10-28Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索する 2011Gene Ontologyとは、遺伝子の機能の記述に関して、生物学分野における共通語彙の作成を目指した用例辞書の一つです。
Gene Ontologyの特徴として、定義された用語は
biological process(生物学的プロセス)
cellular component(細胞の構成要素)
molecular function(分子機能)
の3つのカテゴリーに分類されます。
そして、個々の用語はDAG(無閉路有向グラフ)という階層構造として意味的な包含関係を表す形で関連づけられています。
この動画では、ヒトのHomeoboxタンパク質であるnanogを例にとって、その機能情報を検索する方法と、GOタームのとる階層構造について解説します。
5162011-10-25mfoldを使って核酸の二次構造を予測する～応用編～mfoldは核酸が塩基対を形成する際の自由エネルギー変化を計算して、二次構造を予測するツールです。
mfoldでは、自由エネルギーが最小になる塩基対の形成の仕方を計算して二次構造を表示するだけでなく、エネルギー最小のものよりもエネルギーが高いものも計算して、その後の様々な解析に役立つデータが数多く出力されます。
基本操作編の動画では二次構造を計算して、構造を見るところまでを解説しましたが、応用編のこの動画では、解析に役に立つ様々なデータを解説します。さらに、一本鎖DNAのフォールディングができるDNA mfoldや短い核酸を簡単にフォールディングできるQuikfoldについても解説しています。
5152011-10-24mfoldを使って核酸の二次構造を予測する～基本操作編～mfoldは核酸が塩基対を形成する際の自由エネルギー変化を計算して、二次構造を予測するツールです。
mfoldでは、自由エネルギーが最小になる塩基対の形成の仕方を計算して二次構造を表示するだけでなく、エネルギー最小のものよりもエネルギーが高いものも計算して、その後の様々な解析に役立つデータが数多く出力されます。
この動画では、mfoldの基本的な使い方として、RNAの二次構造を計算して塩基対の形成の仕方を見る方法、二次構造を図で見る方法を解説します。
5142011-10-20NCBI GEOの使い方2～遺伝子プロファイルの検索・処理済みデータの取得～NCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。
今回はGEOの使い方第２弾として、GEOに登録されている多くのマイクロアレイデータのなかから興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介しています。
5132011-10-11BrainStarsを使ってマウスの脳の各部位における遺伝子の発現量を調べるBrainStarsとは、理化学研究所、近畿大学医学部解剖学教室によりつくられたマウス脳の包括的な遺伝子発現データベースです。マウス脳の重要な51部位を選択し、 microarray で測定しています。microarrayを用いているので定量性は高く、定量的に調べるのに向いています。さらに、二峰性や三峰性など多峰性に遺伝子発現の変化している遺伝子の同定、脳領域マーカー遺伝子候補の同定、脳内で発現の変化しない遺伝子(脳で使うことのできるコントロール遺伝子候補)の同定、神経伝達物質や神経ホルモンとその発現領域の同定などの解析もされています。
今回は、その基本的な検索、操作方法について説明します。
5122011-09-29WindowsでUNIX! 2. ファイル操作編Cygwinは、Windows上で、Unix系の便利なプログラムを利用するためのツールです。具体的には、マイクロアレイのデータを簡単に編集するなどのテキスト編集や、正規表現を用いた柔軟なファイル操作、そして、プログラム環境やツールの簡単なインストールなど、利用性は多岐に富んでいます。
今回は、Cygwinの基本的な操作であるファイル操作について、イメージを掴むための図と、エクスプローラでの操作と比較しながら、解説していきます。
5112011-09-28Allen Brain Atlasを使い倒す ～基本編～ 2011The Allen Mouse Brain Atlasとは、米国シアトルのAllen脳科学研究所が提供する、マウス脳を網羅する21000個以上の遺伝子発現を詳細に示した三次元マップを構築するためのデータベースです。
マウス脳を数十万個の切片にし、in situ hybridizationを行い、すべての遺伝子の発現パターンを細胞レベルまで示しています。
今回は、その基本的な検索、操作方法について説明します。
5102011-09-27BioMartを使ってさまざまなIDの変換対応表を作成するBioMartは、the Ontario Institute forCancer Research (OiCR) とthe European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。
この動画では
１，BioMartを使ってさまざまなIDの対応表を作成する
２，自分が持っているIDリストをBioMartを使って別のIDに変換する
以上２つの方法を紹介します。
5092011-09-22データベースを探す・検索する・ダウンロードする本日の統合TVは、2011年7月15日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷9から、バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 三橋 信孝 による「データベースを探す・検索する・ダウンロードする」をお送りします。
5082011-09-16Ensembl tips 配列を比較する 2011Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。
今回は、その第一弾として多くの人が直面するであろう「配列の比較」に焦点を当てています。Ensemblでは、ヒトやマウスなど生物種間での配列のアラインメント表示はもちろんのこと、複数種間での比較やシンテニー領域の検索などが可能です。それらの使い方を紹介しています。
5072011-09-14CentroidFoldを使ってRNAの2次構造を予測するCentroidFoldは一般化セントロイド推定量と呼ばれる新しい推定量を用いて、高い精度でRNAの二次構造を予測できるソフトウェアです。
近年高等生物の細胞中には、タンパク質に翻訳されずに機能するnon-codingRNA(ncRNA:非コードRNA)が多数存在することが明らかになりました。
このようなncRNAの中には遺伝子の発現制御や細胞のガン化などで重要な役割を果たしているものがあることが分かってきました。このncRNAが機能を発現するには、長い1本鎖であるRNA分子が部分的に2本鎖を形成して二次構造と呼ばれる特異的な構造をつくるため、正確な二次構造を予測する重要性が以前に比べて増してきています。
今回は、CentroidFoldの基本的な使い方とオプションについて説明しています。
5062011-09-13CueMol2でタンパク質の立体構造を見る・２CueMol2はタンパク質はじめ生体高分子の構造を見るための日本製のフリーソフトウェアです。
既存の分子ビューワと比較して、動作が軽く操作しやすいのが特長です。
単に分子モデルを画像ファイルとして出力するだけでなく、フリーソフトPOV-Rayと併用すれば論文やプレゼンの使用に堪える美しい分子グラフィックスを作成できます。
1本目の動画に引き続き、CueMol2の基本的な機能を紹介していきます。
ここでは「分子モデルを着色する」「分子モデルのプロパティを変更し外見を調整する」機能を説明します。
5052011-09-12CueMol2でタンパク質の立体構造を見るCueMol2はタンパク質はじめ生体高分子の構造を見るための日本製のフリーソフトウェアです。
既存の分子ビューワと比較して、動作が軽く操作しやすいのが特長です。
単に分子モデルを画像ファイルとして出力するだけでなく、フリーソフトPOV-Rayと併用すれば論文やプレゼンの使用に堪える美しい分子グラフィックスを作成できます。
電子密度や結晶構造の表示など応用的な機能まで持ちますが、ここでは基礎的な機能を動画2本に分けて説明します。
まず1本目のこの動画では、「分子を表示する」「モデルを操作する」機能を紹介します。
5042011-09-06EBI Roadshow at DBCLS - Transcriptomics and PathwaysThe purpose of the roadshow is to train experimental biologists how to make the most of some of Europe's most widely used public biological databases, such as Ensembl, ArrayExpress, BioMart, Expression Atlas and Reactome. The roadshow combines presentations and hands-on practical sessions. Trainees are guided through the selected databases and tools by expert trainers from the European Bioinformatics Institute (EBI), the Swiss Institute of Bioinformatics (SBI), the European Patent Office (EPO) and the BRENDA project. More information is available on the Bioinformatics Roadshow website.
On the second day of the Bioinformatics Roadshow (Sep. 6) in Japan, the lecture and exercises were held at DBCLS. In this talk, James Watson makes a presentation entitled "Transcriptomics and Pathways".
5032011-09-05EBI Roadshow at DBCLS - Access to Genes and Genomes with EnsemblThe purpose of the roadshow is to train experimental biologists how to make the most of some of Europe's most widely used public biological databases, such as Ensembl, ArrayExpress, BioMart, Expression Atlas and Reactome. The roadshow combines presentations and hands-on practical sessions. Trainees are guided through the selected databases and tools by expert trainers from the European Bioinformatics Institute (EBI), the Swiss Institute of Bioinformatics (SBI), the European Patent Office (EPO) and the BRENDA project. More information is available on the Bioinformatics Roadshow website.
On the first day of the Bioinformatics Roadshow (Sep. 5) in Japan, the lecture and exercises were held at DBCLS. In this talk, Jana Vandrovcova makes a presentation entitled "Access to Genes and Genomes with Ensembl".
5022011-08-30RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる 2011RCSB PDB (Protein Data Bank)は、タンパク質の立体構造データベースです。立体構造のデータは、タンパク質を構成する原子の座標データとして保存されています。
今回は、オプシンを例として「タンパク質の立体構造を調べる」という基本的な利用方法を解説するほか、PDBファイルをダウンロードせずに内容を参照したり、ブラウザ上で構造を確認する方法を解説します。PDB IDやキーワード以外にもAuthor・タンパク質の分類・分子機能など様々な条件から構造を検索することが可能です。
5012011-08-27URI Resolution and Management Service with LODNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Pyung Kim makes a presentation entitled "URI Resolution and Management Service with LOD."
5002011-08-26Large-scale information extraction through text miningNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Martin Gerner makes a presentation entitled "Large-scale information extraction through text mining."
4992011-08-25Connecting TOPSAN to Computational Analysis via Semantic Web TechnologyNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Chris Zmasek makes a presentation entitled "Connecting TOPSAN to Computational Analysis via Semantic Web Technology."
4982011-08-24The Tree of Life as central unifying concept for the integration of phylogenetic knowledgeNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Rutger Vos makes a presentation entitled "The Tree of Life as central unifying concept for the integration of phylogenetic knowledge."
4972011-08-23Modeling and Populating a Large Biomedical Knowledge Base for Genome-Scale AnalysisNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Kevin Livingston makes a presentation entitled "Modeling and Populating a Large Biomedical Knowledge Base for Genome-Scale Analysis."
4962011-08-22PSICQUIC - Standard access to molecular interaction databasesNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Bruno Aranda makes a presentation entitled "PSICQUIC - Standard access to molecular interaction databases."
4952011-08-21Ontology-based integration and analysis of phenotypesNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Robert Hoehndorf makes a presentation entitled "Ontology-based integration and analysis of phenotypes."
4942011-08-20Semantic Systems Biology: enabling integrative biology via Semantic Web technologiesNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Erick Antezana makes a presentation entitled "Semantic Systems Biology: enabling integrative biology via Semantic Web technologies."
4932011-08-19MIRIAM Registry: annotations and cross referencing frameworkNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Camille Laibe makes a presentation entitled "MIRIAM Registry: annotations and cross referencing framework."
4922011-08-18ISA infrastructure: collecting and managing multi-omics datasets with rich semanticsNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Philippe Rocca-Serra makes a presentation entitled "ISA infrastructure: collecting and managing multi-omics datasets with rich semantics."
4912011-08-17BioSharing: data sharing standards, resources and cooperating proceduresNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Susanna Sansone makes a presentation entitled "BioSharing: data sharing standards, resources and cooperating procedures."
4902011-08-16RDF Foundry - a call for a community effort to harmonize triple store practicesNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Vladimir Mironov makes a presentation entitled "RDF Foundry - a call for a community effort to harmonize triple store practices."
4892011-08-15パワーポイントの図形描画機能でイラストをつくる方法 その3スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント（Microsoft PowerPoint）の図形描画機能（オートシェイプ）でイラストをつくる方法を紹介します。
パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。
第1弾の注射器編、第2弾のマウス編に続き、第3弾の今回は遠沈管および血液寒天培地のイラスト作成を例に、主に色のグラデーション・透過機能を利用したイラストの立体化を中心にしたパワーポイントの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。
4882011-08-13The EDAM ontology of data and methods, and BioXSDNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Matus Kalas makes a presentation entitled "The EDAM ontology of data and methods, and BioXSD."
4872011-08-12From Triples to Axioms: On the Path to Formalizing Scientific KnowledgeNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Michel Dumontier makes a presentation entitled "From Triples to Axioms: On the Path to Formalizing Scientific Knowledge."
4862011-08-11Biomedical semantics in the Semantic WebNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Andrea Splendiani makes a presentation entitled "Biomedical semantics in the Semantic Web."
4852011-08-09BioMart introduces semantic-web querying to federated biomedical-scale databasesNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon (Aug. 21), public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto. In this talk, Joachim Baran makes a presentation entitled "BioMart introduces semantic-web querying to federated biomedical-scale databases."
4842011-08-08 SPARQLing UniProt RDF: Using RDF based technologies to aid biological curation efforts
NBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon, public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto on Aug 21. In this talk, Jerven Bolleman makes a presentation entitled "SPARQLing UniProt RDF: Using RDF based technologies to aid biological curation efforts."
4832011-08-07The Program Concerning Technology Development for Database IntegrationNBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.

On the first day of the BioHackathon, public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto on Aug 21. In this talk, Atsuko Yamaguchi who is an organizer of BioHackathon 2011 makes a presentation entitled "The Program Concerning Technology Development for Database Integration."
4822011-08-06Introduction to the NBDC/DBCLS BioHackathon 2011NBDC / DBCLS BioHackathon 2011 was held in Kyoto, Japan. Main focus of the BioHackathon is to develop technologies for handling Linked Data in life science. The participants discussed, explored and developed SPARQL endpoints, semantic web services, triple stores, ontologies, natural language processing, visualization and Open Bio* tools to utilize RDF data.
On the first day of the BioHackathon, public symposium of the BioHackathon 2011 was held at Campus Plaza Kyoto on Aug 21. In this talk, Toshiaki Katayama who is an organizer of BioHackathon 2011 makes a presentation entitled "Introduction to the NBDC/DBCLS BioHackathon 2011."
4812011-08-05NCBI BioProjectの使い方BioProjectは以前のNCBI Genome Projectデータベースを大幅に拡張したもので、ゲノム解読プロジェクトだけでなく、transcriptomeやEpigeneticsやvariation detectionなど、ゲノムに関する様々なプロジェクトを対象とした新しいデータベースです。
GOLDとは異なり、BioProjectはプロジェクトの内容やプロジェクトに伴い出てきたデータへのアクセスのしやすさに重きを置いています。
この動画では
１，ゲノムプロジェクトを検索する。
２，特定の生物種に関するプロジェクト全てを俯瞰する。
３，BioProject独自のデータ構造に着目し、プロジェクト間のつながりを把握する。
以上３つの事柄を中心にBioProjectの解説を行います。
4802011-08-03Avadis NGS の使い方～導入編～Avadis NGS は次世代シーケンサ(以下 NGS)から得られたデータの解析のための商用ソフトウェアです(無料で20日間試用できます)。
Strand Scientific Intelligence 社が開発、日本では Agilent 社が販売しています。
Avadis NGS ではマッピングされたショートリードのデータ(SAM や BAM フォーマット)を読み込み、クオリティ・チェックを施した上で各種の解析およびその可視化を行う、という一連の流れを一つのソフトだけで行うことができます。
4792011-07-29データベースを統合する活動の今までとこれから本日の統合TVは、2011年7月15日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷9から、バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 高祖 歩美 による「データベースを統合する活動の今までとこれから」をお送りします。
4782011-07-26signalPでタンパク質のシグナル配列を予測するsignalPは、タンパク質のシグナル配列の切断部位を予測することができるツールです。Neural NetworksとHidden Markov Modelsの2つのアルゴリズムを利用して切断位置を予測することができます。
今回の動画内では、ニワトリのLysozymeの配列を用いて検索を行っています。
4772011-07-25GOLD -Genomes Online Databaseを使い倒す 2011GOLDデータベースはゲノム塩基配列解読プロジェクトを集めたデータベースです。
既に解読が終了したゲノムプロジェクトや、現在進行中のゲノムプロジェクトやメタゲノムプロジェクトについて調べることができます。
塩基配列や、発表された論文、解析を実施している機関などへのリンクもあります。
今回はネコと硫黄細菌についてゲノムプロジェクトを検索し、そこから得られる情報の違いを説明し、また、メタゲノムプロジェクトなどGOLDのその他の機能についても解説します。
4762011-07-23RefSeqの検索とRefEX (Reference Expression dataset)本日の統合TVは、2011年7月15日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷9から、ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） 特任助教 内藤 雄樹 による「RefSeqの検索とRefEX (Reference Expression dataset)」をお送りします。
4752011-07-22Sequence Read Archives(SRA)の活用術：その統計と検索本日の統合TVは、2011年7月15日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷9から、ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） 特任助教 仲里 猛留 による「Sequence Read Archives(SRA)の活用術：その統計と検索」をお送りします。
4742011-07-21HeliScope CAGE法について本日の統合TVは、2011年7月15日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷9から、理化学研究所 オミックス基盤研究領域(OSC) 伊藤 昌可 先生による「HeliScope CAGE法について」をお送りします。約33分です。
4732011-07-20創薬インフォマティクスを用いた医薬品探索II本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター 創薬分子設計チーム 広川貴次 先生による「創薬インフォマティクスを用いた医薬品探索II」をお送りします。
4722011-07-19創薬インフォマティクスを用いた医薬品探索I本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター 創薬分子設計チーム 広川貴次 先生による「創薬インフォマティクスを用いた医薬品探索I」をお送りします。
4712011-07-12siDirectのオプションを使いこなす&shRNAを設計するsiDirect（「エスアイダイレクト」と読みます）はそのsiRNAをデザインする日本発のツールです。インターフェースや説明書きがすべて英語となっており日本語化されていないので素人にはなじみにくいかもしれませんが、設計したsiRNAが他の遺伝子に影響を及ぼさないか他の遺伝子配列にたいする配列類似性検索も同時に行うことができ、便利なツールとなっています。
前回の動画ではsiRNAの設計の基本を紹介しました。siDirectはいくつかの設計オプションを設定することができます。また、設計オプションを使用することでshRNAの設計をすることもできます。今回の動画では、siDirectのオプションの使い方およびshRNAの設計法について紹介します。
4702011-07-11NCBI GEOの使い方1～マイクロアレイデータの検索・取得～ 2011NCBI GEO（Gene Expression Omnibus; 「ジオ」あるいは「ゲオ」と発音します）はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
今回は、目的のマイクロアレイ実験データセットを検索し生データをダウンロードする方法および、プラットフォームの登録実験数が多すぎるときの対処法について説明しています。
4692011-07-05MEGAを使って配列アラインメントおよび系統解析をするMEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのフリーのソフトウェアで、Tamura K らによって作成されています。MEGAの特徴は、シークエンサーのファイル（ab1, abi, scfなど）を直接読み込めるため、波形データと配列データを一緒に解析できることです。また、Windows、Mac OS、Linuxとマルチプラットフォームで動作します。
今回は、いくつかの遺伝子（PPARやTP53など）を例として、多重アラインメントの実行と系統樹を作成する方法を説明します。
4682011-07-01ライフサイエンス辞書を使い倒す2011～オンライン辞書編～ライフサイエンス辞書は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。
今回紹介するWebLSDオンライン辞書は、英和・和英検索が2011年3月20日に改訂され、 英語11万語，日本語12万語に拡張されています。また共起検索およびシソーラスも充実しています。さらに、スマートフォン用のWeb LSD mini(WebLSD 2010年1月版：英和103,143語，和英116,740語，用例22,261文，音声16,146語)の運用も開始され、スマートフォンからの検索もしやすくなっています。これらの辞書は、学術論文の計量的な解析を行って作成した独自のデータに基づいており，その解析材料としてはPubMedで公開されている膨大な文献抄録の他，協力を得られた出版社，学会などから提供されたテキスト情報を用いられているのが最大の特徴です。
4672011-06-30Cytoscape を使い倒す！～応用発展編～Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。
今回は応用発展編として、大量データの読み込みの仕方、フィルターのかけ方、ネットワークの可視化について説明します。
4662011-06-28CLC Genomics Workbench でショートリードのマッピングを行うCLC Genomics Workbench は CLC bio 社によって提供されているゲノム解析ツールの商用パッケージです。
生命科学データの解析に使われるいろいろなツールを統合されたインターフェースで扱うことができます。
今回は NGS データの解析に欠かせないショートリードのマッピングの方法を紹介します。
4652011-06-27CLC Workbench シリーズの使い方 ～基本操作編～CLC Workbench シリーズは CLC bio 社によって提供されているゲノム解析ツールの商用パッケージです。生命科学データの解析に使われるいろいろなツールを統合されたインターフェースで扱うことができます。
ここでは基本的な操作方法について解説します。
4642011-06-20UCSC Table Browserを使い倒す 2011Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校 (UCSC) が開発、維持しているUCSC Genome Browserの中のコンテンツの一つで、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。
今回は、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト (TFBS: Transcription Factor Binding Site) の情報からエストロゲン受容体α (ER-alpha) の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローと、RefSeqのデータをGTFファイルで取得する方法について説明しています。
4632011-06-14次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウIl本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、理化学研究所 免疫・アレルギー科学総合研究センター 細胞システムモデル化研究チーム 近藤伸二 先生による「次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウIl」をお送りします。
4622011-06-13次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウI本日の統合TVは、2011年度夏学期（4～7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義IIから、理化学研究所 免疫・アレルギー科学総合研究センター 細胞システムモデル化研究チーム 近藤伸二 先生による「次世代シーケンサによるゲノム解析のノウハウI」をお送りします。
4612011-06-09パワーポイントの図形描画機能でイラストをつくる方法 その2スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント（Microsoft PowerPoint）の図形描画機能（オートシェイプ）でイラストをつくる方法を紹介します。
パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。
前回の注射器編に続き、第2弾の今回はマウスのイラスト作成を例に、主に曲線の編集を中心にしたパワーポイントの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。
4602011-06-08Local BLAST の使い方～検索実行・オプション編（MacOSX版）～ 2011今回の統合TVは、自分のコンピュータ（MacOSX)ででBLAST検索を実行する方法を紹介します。現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！
今回はその第二弾、”検索実行・オプション編”としてBLASTプログラムの検索実行やオプションを使っての実行方法について紹介します。
4592011-06-07PSI-BLASTで類縁の配列を調べ倒す 2011PSI-BLSTは、BLAST検索の結果を利用して検索を繰り返して行くことで、配列自体の類似度が低くくても機能的に関連している配列を見つけ出すことができる非常に強力な検索方法です。
機能未知のアミノ酸配列の機能を推定するために、BLAST検索がよく使われます。しかし、ヒットしてきた配列に有用なアノテーションが付いておらず、機能の推定が難しい場合があります。こんなときに、PSI-BLASTを試してみましょう。PSI-BLASTではBLAST検索でヒットしてきた類似配列から、部位特異的スコア行列(PSSM: Position Specific Scoring Matrix)を作成して類縁のアミノ酸配列を検索します。BLASTでヒットしてきた配列の"特徴"を使ってBLAST検索を行うため、配列自体の類似性が低くても、配列の特徴が類似しているアミノ酸配列を得ることができます。このようにして得られた遠縁のアミノ酸から有用な情報が得られることもあります。
4582011-06-06siDirectでsiRNAを設計する 2011siRNA(「エスアイアールエヌエー」と読みます；small interfering RNAの略です)を用いてRNAi(RNA interference)を起こして目的のmRNAをノックダウンすることが哺乳類に対してもできることが最近わかってきました。
siDirect（「エスアイダイレクト」と読みます）はそのsiRNAをデザインする日本発のツールです。インターフェースや説明書きがすべて英語となっており日本語化されていないので素人にはなじみにくいかもしれませんが、設計したsiRNAが他の遺伝子に影響を及ぼさないか他の遺伝子配列にたいする配列類似性検索も同時に行うことができ、便利なツールとなっています。
ただ、そのsiRNAが実際に効いたかどうか等の実験結果は反映されていないのが残念な点です（効いたかどうか確かめたもの(verified)を集めたsiRNAがライブラリという形で売られていますが自分の目的とする細胞(cell line)や組織で効くかどうかはまた別問題です）。
4572011-06-03Cytoscape を使い倒す！～基本操作編～Cytoscapeとは、生物学的ネットワーク（グラフ）を可視化＆解析できるオープンソースプラットフォームです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。
今回は、その導入方法と基本的な使い方について説明します。
4562011-05-28CLC Workbench シリーズの使い方～導入方法編～CLC Workbench シリーズは CLC bio 社によって提供されているゲノム解析ツールの商用パッケージです。生命科学データの解析に使われるいろいろなツールを統合されたインターフェースで扱うことができます。
ここではその導入方法について解説します。
2011年3月11日の東日本大震災を受けて、2011年5月現在 CLC bio ではCLC Main Workbench のライセンスの日本向け無償提供を実施しています。これについては CLC バイオジャパンにお問い合せいただけばライセンスを取得方法を知ることができるでしょう。
4552011-05-27Biomartを使い倒す～遺伝子の上流配列を取得する～ 2011biomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。
今回は、Ensemblのbiomartを用いて、全ての遺伝子の転写開始点から上流の配列1kbをマウスゲノムから抽出してFASTA形式で得る方法について説明しています。
4542011-05-20WindowsでUNIX! 1. Cygwin インストール編Cygwinは、Windows上で、Unix系の便利なプログラムを利用するためのツールです。具体的には、マイクロアレイのデータを簡単に編集するなどのテキスト編集や、正規表現を用いた柔軟なファイル操作、そして、プログラム環境やツールの簡単なインストールなど、利用性は多岐に富んでいます。
今回は、Cygwinのインストール方法を、特に便利なプログラムの紹介を交えて、説明していきます。
4532011-05-09パワーポイントの図形描画機能でイラストをつくる方法スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント（Microsoft PowerPoint）の図形描画機能（オートシェイプ）でイラストをつくる方法を紹介します。
パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。
今回は注射器のイラスト作成を例にパワーポイントの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。
4522011-04-26Cell Montage を使って遺伝子発現プロファイルを検索するCell Montage は、産総研 で開発された、遺伝子発現データベースから発現パターンの類似した細胞や組織を検索するシステムです。これを用いるとマイクロアレイなどから取られた発現データと発現パターンの似たものを検索することができます。順位相関係数を用いて類似度を計算することで、異なるプラットフォームのデータを比較することが可能になっています。
4512011-04-25TogoWS RESTサービスを使い倒す 2011RESTとは、DBCLSが統合ホームページで提供しているTogoWSにおいて提供されているサービスの一つです。TogoWSでは、ウェブサービスによって DDBJ, KEGG, PDBj, CBRCの４センターをバーチャルに統合し、国内の主要データベースと解析サービスを透過的に利用可能にする取り組みを行っています。これまで４センターで独自に開発されてきたウェブサービスの API を、ライフサイエンス統合データベースセンターにおいて一元的に利用できるようにし、相互に連携するために必要な追加機能を提供することで、ワークフローを容易に構築できる環境をユーザに提供します。このRESTサービスでは、URLにデータベース名やそのエントリを追加するだけで簡単にそのデータベースから欲しい情報を得ることが出来ます。また特定の情報だけを選んで取得することも出来ます。
4502011-04-22NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)にマイクロアレイデータを登録(Submit)するNCBI GEO（Gene Expression Omnibus; 「ジーイーオー」あるいは「ゲオ」と発音します）はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
今回は、自分のマイクロアレイデータをGEOに登録する方法について説明しています。
4492011-04-20Local BLAST の使い方～導入・準備編（MacOSX版）～ 2011今回の統合TVは、自分のコンピュータ（MacOSX)でBLAST検索を実行する方法を紹介します。
現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。
しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。
そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！今回はその第一弾、”導入・準備編”BLASTプログラムのインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。
また、Local BLASTは、standalone BLASTとも言われています。
4482011-04-13Ensemblの使い方 ～配列を取得する～ 2011Ensembl Genome Browserは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。
前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
4472011-04-06統合TV Curatedを使い倒すはじめに、「統合TV」とはライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。今回紹介する「統合TV Curated」は、「統合TV」の番組の情報をうまく整理し、素早く情報にたどりつけるようにまとめられた=「Curated」なサイトです。
4462011-04-01Reactomeを使い倒す～2・Reactomeへのマッピング～ 2011Reactomeはヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。それぞれの分野の専門家が編集しているため、信頼性の高いデータが得られます。代謝以外にもシグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。
今回はReactomeを使って実験データを解析する方法を紹介します。
4452011-03-28文献管理システム TogoDocの使い方TogoDocはDBCLSが開発・提供している文献管理システムです。
PubMed IDのリストを本システムに登録することで、 興味を持ちそうな関連文献を取得したり、各書誌情報に任意のタグを付けて整理することができます。またPubMed検索結果から適宜書誌情報を登録や、あるいはRIS形式のファイルをアップロードすることでも可能です。
さらに、普段お使いのPC (Win/Mac) にオンラインジャーナルからダウンロードした論文のPDFファイルを効率よく整理できるフリーの文献管理ソフト TogoDoc Client と連携して文献情報を管理することも可能です。
今回の番組では登録、検索、タグ管理、文献の推薦といったサービスの基本的な操作についてソフトウエア、ウェブの両方について動画で解説を交えて紹介しております。
また、このサービスはDBCLSのOpenIDが必要となります。IDを所持していない場合は統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する2010を参考に取得してください。
4442011-03-27文献情報を分析する仕事本日の統合TVは、2011年3月18日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷8から、@y_benjo氏による「文献情報を分析する仕事」をお送りします。
4432011-03-26文献データベースと実験データベースをつなげる仕事本日の統合TVは、2011年3月18日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷8から、@meguu氏による「文献データベースと実験データベースをつなげる仕事」をお送りします。
4422011-03-25国内外のデータベースを網羅する仕事本日の統合TVは、2011年3月18日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷8から、@wakuteka氏による「国内外のデータベースを網羅する仕事」をお送りします。
4412011-03-24次世代シーケンサのデータ解析　技術開発編本日の統合TVは、2011年3月18日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷8から、@mickey24氏による「次世代シーケンサのデータ解析　技術開発編」をお送りします。
4402011-03-22ライフサイエンス分野のイラスト集を作る仕事本日の統合TVは、2011年3月18日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷8から、@riv7氏による「ライフサイエンス分野のイラスト集を作る仕事」をお送りします。
4392011-03-21統合TVのコンテンツを作る仕事本日の統合TVは、2011年3月18日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷8から、@maoringo氏による「統合TVのコンテンツを作る仕事」をお送りします。
4382011-03-20統合データベースプロジェクトと統合牧場本日の統合TVは、2011年3月18日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷8から、@bonohu氏による「統合データベースプロジェクトと統合牧場」をお送りします。
4372011-03-08GXP and GMount: Two small building blocks for large-scale parallel dataIn this video, Kenjiro Taura who is Associate Professor at Department of Information and Communication Engineering, Graduate School of Information Science and Technology, The University of Tokyo talks about parallel data processing. The talk has been at Workshop on Parallel and Distributed Processing of Large Genome Data organized by GCOE Program: Deciphering Genome Sphere from Genome Big Bang.
4362011-03-07Large-scale Text Mining for Biological DataIn this video, Goran Nenadic who is a Senior Lecturer (Associate Professor) in the School of Computer Science, University of Manchester and a group leader in the Manchester Interdisciplinary BioCenter talks about text mining from biomedical literature. The talk has been at Workshop on Parallel and Distributed Processing of Large Genome Data organized by GCOE Program: Deciphering Genome Sphere from Genome Big Bang.
4352011-03-06How to make a monkey: functional adaptation in the primate genomeIn this video, Rutger Vos who is Marie Curie fellow at the University of Reading talks about evolutionary bioinformatics of the primate. The talk has been at Workshop on Parallel and Distributed Processing of Large Genome Data organized by GCOE Program: Deciphering Genome Sphere from Genome Big Bang.
4342011-03-05BioMart: data federation frameworkIn this video, Arek Kasprzyk who is BioMart project leader at Ontario Institute for Cancer Research (OICR) talks about BioMart, which is a query-oriented data management system developed jointly by the OICR and the European Bioinformatics Institute (EBI). The talk has been at Workshop on Parallel and Distributed Processing of Large Genome Data organized by GCOE Program: Deciphering Genome Sphere from Genome Big Bang.
4332011-03-04Managing Very Large Genome DatabasesIn this video, Taro L. Saito who is Assistant Professor at Department of Computational Biology, Graduate School of Frontier Science, The University of Tokyo talks about introduction of the workshop and management of large genome database. The talk has been at Workshop on Parallel and Distributed Processing of Large Genome Data organized by GCOE Program: Deciphering Genome Sphere from Genome Big Bang.
4322011-03-02ESTデータベース Entrez Unigeneを使い倒す 2011NCBIが提供するデータベースの１つにUniGeneがあります。Unigeneは遺伝子のESTデータベースであり、様々な遺伝子のEST配列を取得することが出来ます。ESTとは「expressed sequence tag」の略でRNAの一部に当たる短い配列であり、転写産物の「目印」として使われています。
また、検索した生物と他の生物種のタンパク質配列を比較することで機能を類推したり、ESTが生物の体のどの部位で得られているかなども知ることが出来ます。
今回は、マウスのsox2遺伝子に関して調べた場合を例としてUniGeneの使い方を紹介しています。
4312011-03-01ライフサイエンス新着論文レビュー FirstAuthor's を使い倒す新着論文レビューとは，トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について，論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを，だれでも自由に閲覧・利用できるよう，いち早く公開するサイトです．
皆さんもトップジャーナルに掲載された論文を日本語で読んでみましょう．また，あなたの論文がトップジャーナルに掲載された際には，「新着論文レビュー」の執筆にご協力をお願いいたします！
4302011-02-27Reactomeを使い倒す～1・基本編～ 2011Reactomeはヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。それぞれの分野の専門家が編集しているため、信頼性の高いデータが得られます。代謝以外にもシグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。
今回はパスウェイの閲覧方法を紹介します。
4292011-02-26DDBJ Read Annotation Pipelineによるde novo Assembly解析DDBJ Read Annotation Pipelineは国立遺伝学研究所のDDBJが開発・提供している新型シーケンサの出力データを自動で解析してくれるツールです。
このツールの特徴として、
ボタン操作とテキスト入力のみで解析可能
論文用の基本統計量や図を自動生成
国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータを利用して高速化
などが挙げられます。
現在、Reference Genome Mappingとde novo Assembly解析を行なうことができます。今日からはじめるDDBJ Read Annotation PipelineではReference Genome Mappingについて紹介しましたが、今回の番組ではde novo Assembly解析の方法を紹介しています。
4282011-02-25Local BLAST の使い方～検索実行・オプション編～ 2011今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。
現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。
しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。
そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！今回はその第二弾、”検索実行・オプション編”としてBLASTプログラムの検索実行やオプションをを使っての実行方法について紹介します。
検索実行では前回作成した酵母のアミノ酸配列データベースに対して、サンプル配列と類似の配列を検索しています。オプションの実行では、さまざまなオプションを使って検索結果をしぼったり、表示形式を変更したりする方法について紹介します。
また、Local BLASTは、standalone BLASTとも言われています。
4272011-02-24BioMart を用いて Affymetrix と Agilent のマイクロアレイのプローブ ID 対応表を作成する 2011Biomartは、the Ontario Institute forCancer Research (OiCR) とthe European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。
今回は、この BioMart を用いてAffymetrix と Agilent のプローブ ID 対応表を作成し、タブ区切りファイル（TSV)として保存する方法を紹介します。
4262011-02-23生命科学データベース横断検索を使い倒す　2011DBCLSが統合ホームページで提供している横断検索では、散在する生命科学分野の分子データベースを、特許や文献とあわせて一括して検索できる、Google ライクなサービスです。研究関連の情報をいろいろな情報ソースから入手したいときや、新規分野のレビュー情報の探索に種類の異なる約 230 件の国内外のデータベースを一括してキーワード検索することが可能なので、それぞれのデータベースサイトにいく手間が省けます。
ライフサイエンス辞書を搭載しているので、キーワードを日本語→英語、英語→日本語に翻訳して一括で検索できるのが大きな特徴の一つです。また分子データベースと総説などとを一度に検索できるので、知りたいことの理解を深められます。特許と分子データベースとを同時に検索できる国内初のサービスです。また、さらに「蛋白質核酸酵素」のバックナンバーやゲノム関連の研究報告書、日本生物物理学会や日本農芸化学会の要旨など、これまではあまり重視されてこなかった日本語で書かれた研究情報の横断検索にも力を入れています。
4252011-02-18遺伝子のRefSeq IDを調べる 2011RefSeqとは、Reference Sequenceの略で、NCBIが提供する配列解析に使うための文字通り"reference"（リファレンス）となるべき配列データベースのことです。その配列の多くは核酸配列データベースのDDBJやEMBL、GenBank由来であり、それらの中からもっとも代表としてふさわしい（参照の基準となる）ものが、目で見て選ばれています。
今回の番組では、このRefSeqデータベースから自分の興味ある遺伝子のRefSeq IDを調べ、そのmRNA配列とアミノ酸配列を取得する方法について説明しています。
4242011-02-17microRNA.orgの使い方microRNA.orgは、microRNAのターゲット予測結果と発現プロファイルをまとめたサイトです。ターゲット予測はmiRandaというアルゴリズムを用いて行われています。
このページを使うことで、microRNAによって抑制される遺伝子群やあるmRNAをターゲットとする複数のmicroRNAの予測、さまざまな哺乳類細胞における発現プロファイルを見ることができます。
4232011-02-16ClustalWを使い倒す 2011ClustalW(「クラスタルダブル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。

ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。
4222011-02-03超高速シークエンサーと微生物ゲノム研究の今後本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 オーミクス情報センター 服部正平先生による「超高速シークエンサーと微生物ゲノム研究の今後」をお送りします。
4212011-02-02次世代シークエンサーを活用した細菌叢のゲノム科学本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 オーミクス情報センター 服部正平先生による「次世代シークエンサーを活用した細菌叢のゲノム科学」をお送りします。
4202011-02-01バイオインフォマティクスさらには生物学の進む道本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 有田正規先生による「バイオインフォマティクスさらには生物学の進む道」をお送りします。
4192011-01-31データ中心時代における知識管理 本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 有田正規先生による「データ中心時代における知識管理」をお送りします。
4182011-01-30ライフサイエンス統合データベースの利用法本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 河野信による「ライフサイエンス統合データベースの利用法」をお送りします。
4172011-01-29データベース生物学 本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 新領域創成科学研究科 情報生命科学専攻 高木利久先生による「データベース生物学」をお送りします。
4162011-01-27 次世代シークエンサーによるヒトトランスクリプトームの解読本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻 菅野純夫先生による「次世代シークエンサーによるヒトトランスクリプトームの解読」をお送りします。
4152011-01-26次世代シーケンシングによるエピゲノム解析本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 伊藤隆司先生による「次世代シーケンシングによるエピゲノム解析」をお送りします。
4142011-01-25次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム解析本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 理学系研究科 生物化学専攻 伊藤隆司先生による「次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム解析」をお送りします。
4132011-01-24 新型シーケンサーによる細菌ゲノムの比較解析本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、国立感染症研究所 病原体ゲノム解析研究センター 黒田誠 先生による「新型シーケンサーによる細菌ゲノムの比較解析」をお送りします。
4122011-01-23微生物の病原性関連遺伝子群の情報学的手法による探索 本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 植物ゲノム情報研究室 平川英樹 先生による「微生物の病原性関連遺伝子群の情報学的手法による探索」をお送りします。
4112011-01-22 細菌の近縁ゲノム配列比較から見るゲノム進化のダイナミックス本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻 小林一三先生による「細菌の近縁ゲノム配列比較から見るゲノム進化のダイナミックス」をお送りします。
4102011-01-21新領域創成科学特別講義：はじめに 本日の統合TVは、2010年度夏学期（5~7月）に開講された、東京大学グローバルCOEプログラム「ゲノム情報ビッグバンから読み解く生命圏」新領域創成科学特別講義Iから、世話人の東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカルゲノム専攻 小林一三先生による開講の趣旨説明をお送りします。
4092011-01-20 遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒す 2011BioGPS（「バイオジーピーエス」と読みます）はAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースです。
さらに、検索した遺伝子に対して、種々の外部のデータベースに横断検索した結果を表示することができます。
4082011-01-19 Local BLAST の使い方～導入・準備編～ 2011今回の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。
現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。
しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。
そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！今回はその第一弾、”導入・準備編”としてBLASTプログラムのインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。
4072011-01-13Human Protein Atlas でタンパク質の発現状況を調べる 2011Human Protein Atlasは、スウェーデンの研究グループが提供しているヒトのタンパク質発現情報データベースです。
さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質の発現情報および局在を、特異的抗体を用いて得られた免疫組織化学染色写真をもとに調べることができます。2011年1月13日現在では10,118個の遺伝子について閲覧可能です。これはヒトの遺伝子のうちの半数以上をカバーしているということです。また、蛍光抗体法による染色写真も充実しています。
タンパク質の特異的抗体を用いた実験をする前に一度このデータベースで各組織・細胞株での発現状況や局在を調べてみたりすると興味深い知見が得られるかもしれません。
4062011-01-12PDBj Mineを使ってタンパク質を検索するPDBj(Protein Data Bank Japan:日本蛋白質構造データバンク)は、 大阪大学蛋白質研究所が運営する蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造およびそれに関連する二次データのデータベースです。PDBjは、JST-BIRDの支援を受け、米国RCSB、MBRBおよび欧州PDBeと協力して、国際的に統一化されたアーカイブとして運営されており、また様々な解析ツールを提供しているのが特徴です。
今回紹介するMineはXMLに基づいたタンパク質構造検索サービスです。Mineでは様々な条件で検索することができますが、最も単純な検索はPDB IDまたはキーワード（日本語でもOKです）による検索で、PDBjのトップページから直接検索することができます。
4052011-01-11PCRプライマー設計ツール Primer3の使い方 2011Primer3はPCR用のプライマーを設計するためのツールです。PCR実験成功の可否は、プライマー設計によるところが大きいですが、本ツールはWebブラウザ上で、実験条件に合った様々なパラメータを考慮しながらプライマー設計を行うことが可能です。
ここでは例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer3の使い方を説明します。
4042011-01-10生きている自然と非線形科学本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会から、京都大学名誉教授 蔵本由紀先生による特別講演「生きている自然と非線形科学」をお送りします。
4032011-01-09Extension of DBTSS with SOLEXA sequences and analysis of bi-directional promoters本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、東京大学医科学研究所 山下理宇先生による「Extension of DBTSS with SOLEXA sequences and analysis of bi-directional promoters」をお送りします。
4022011-01-08次世代シーケンサーを使ったアピコンプレクサ原虫のトランスクリプトーム解析本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、東京大学新領域創成科学科 若栗浩幸先生による「次世代シーケンサーを使ったアピコンプレクサ原虫のトランスクリプトーム解析」をお送りします。
4012011-01-07沖縄先端ゲノムプロジェクトの概要と成果　次世代シーケンサSOLiD4の活用本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、株式会社トロピカルテクノセンター/沖縄先端ゲノムプロジェクト 塚原正俊先生による「沖縄先端ゲノムプロジェクトの概要と成果　次世代シーケンサSOLiD4の活用」をお送りします。
4002011-01-06機械学習によるバイオマーカ遺伝子発見のためのパラメータ選出法の検討本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、中外製薬株式会社 芦原基起先生による「機械学習によるバイオマーカ遺伝子発見のためのパラメータ選出法の検討」をお送りします。
3992011-01-05遺伝子発現の短データ長時系列データにおける周期性検出法本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター 富永大介先生による「遺伝子発現の短データ長時系列データにおける周期性検出法」をお送りします。
3982011-01-04改良した主鎖二面角エネルギー項を用いたタンパク質の折りたたみシミュレーションによる二次構造形成の傾向本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、名古屋大学大学院理学研究科 榮慶丈先生による「改良した主鎖二面角エネルギー項を用いたタンパク質の折りたたみシミュレーションによる二次構造形成の傾向」をお送りします。
3972011-01-03立体構造情報を用いた蛋白質エナジェティクスの解析本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、京都大学生命科学系キャリアパス形成ユニット 石北央先生による「立体構造情報を用いた蛋白質エナジェティクスの解析」をお送りします。
3962011-01-02大規模遺伝子ネットワーク解析とその応用本日の統合TVは、2010年9月15日～17日に開催されたCBI学会2010年大会の口頭セッション「バイオインフォマティクス」から、大阪大学大学院情報科学研究科 松田秀雄先生による招待講演「大規模遺伝子ネットワーク解析とその応用」をお送りします。
3952011-01-01コンピュータ技術の進歩と科学へのインパクト本日の統合TVは、2010年9月15日〜17日に開催されたCBI学会2010年大会から、工学院大学情報学部 小柳義夫先生による基調講演「コンピュータ技術の進歩と科学へのインパクト」をお送りします。
3942010-12-21公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法 part2 ランデータの転送方法DRA(DDBJ Sequence Read Archive)は次世代シークエンサからの出力データのためのデータアーカイブです。
公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法 ではメタデータの登録方法について紹介しました。
今回の動画はSCPによるランデータの転送についてWindows,Macの両方の方法について紹介しています。
3932010-12-20特許公報を用いた自然言語処理による業界分析、及びSpotfireによる可視化本日の統合TVは、2010年10月29日に行われた第八回日本スポットファイアー・ユーザー総会 分科会アカデミアセッションから、DBCLS リサーチアシスタント @y_benjo氏による「特許公報を用いた自然言語処理による業界分析、及びSpotfireによる可視化」をお送りします。
3922010-12-16miRBaseの使い方miRBase(ミアベースと読みます)は、microRNAの塩基配列やアノテーション、ターゲット遺伝子の予測、などを提供するデータベースです。
miRBaseに登録されているmicroRNAは全て、cloningされているか、そのmicroRNAが生体中で発現していて、かつprocessingを受けていることが示されているものに限ります。そのため、信頼性の高いデータベースと言えます。
今回は、このデータベースでの検索方法、データのダウンロード方法やそのデータ形式について、例を挙げながら説明します。
3912010-12-09統合DBプロジェクトで見えてきたもの―新センターで解決すべき課題―本日の統合TVは2010年12月8日に開催されたBMB2010のワークショップ「ナショナル統合データベース構築に向けて -統合 DB プロジェクトの目的、現状、課題-」から、東京大学大学院 新領域創成科学研究科 高木利久 教授による「統合DBプロジェクトで見えてきたもの―新センターで解決すべき課題―」をお送りします。
3902010-12-08情報共有-容易にする技術と動機付ける技術-本日の統合TVは2010年12月8日に開催されたBMB2010のワークショップ「ナショナル統合データベース構築に向けて -統合 DB プロジェクトの目的、現状、課題-」から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 大久保公策 センター長による「情報共有-容易にする技術と動機付ける技術-」をお送りします。
3892010-12-07新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには本日の統合TVは2010年12月7日に開催されたBMB2010のワークショップ「新型シーケンサーから得られるデータをどう解釈するか：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 特任准教授による「新型DNAシーケンサーからのデータ解析で統合データベースを使い倒すには」をお送りします。
3882010-12-01Entrez Booksの使い方 2010NCBIが提供するEntrezでは医学、生物学に関する教科書を中身を含めて検索・閲覧することができます。検索できるのは残念ながら英語の原著版のみですが、検索した教科書の内容を、章、チャプタ、パラグラフ毎に全文閲覧することができるだけでなく、教科書に掲載されている図表も細かく閲覧することが可能です。また、キーワード検索も対応しており、教科書の中で閲覧したい箇所を容易に見つけることができます。
今回は例として、細胞生物学や分子生物学を中心に生命科学分野の入門書・教科書として名高い”Molecular Biology of the Cell”(細胞の分子生物学)を検索しています。
3872010-11-25EMBOSS preg を使い倒す今回は DBCLS が提供する EMBOSS Explorer の"preg" を紹介します。"preg" はアミノ酸の配列から正規表現を用いた検索ができます。正規表現を用いることで、ワイルドカードなどを用いた自由度の高い検索ができます。EMBOSS preg で用いられる正規表現については preg のマニュアルをご参照下さい。
今回の動画では例として Zinc Finger モチーフの一つである ZF_A20 の配列パターンを検索しています。そして正規表現にマッチした配列を最終的に BioMart を用いて取得します。
3862010-11-17How to use BodyParts3D/Anatomography 2010BodyParts3D is a web-based tool for generating an anatomical image by freely selecting body parts form a dictionary database. In this database, the shapes and positions of body parts are represented by 3D human models. Users can visualize, for example gene expression data and symptoms of each organ by mapping organ-specific data on the 3D human model data.
3852010-11-16Galaxyを使い倒す 〜あるIDに対応する別のIDをデータに付加する＆解析結果・方法を共有する〜Galaxyは主に生物系のデータ（ゲノムなど）を解析するための環境です。・ウェブ上のインターフェースで簡単に操作できる。・解析方法をワークフローとして保存できる。・ワークフローや解析履歴を他の人と共有できる。といった特徴があります。
今回は、DBCLSがGalaxyに独自の機能を組み込んだDBCLS Galaxyを使用して、マイクロアレイの実験データに別のプローブIDを付加する方法を紹介します。また、IDを付加するためのワークフローを作成し、以後に別のID を容易に付加できるようにする方法を紹介します。そして、解析の結果・方法やワークフローを他人と共有する方法を紹介します。
Galaxyを紹介した他の統合TV(DBCLS Galaxyの利用法とGalaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする)も御覧ください。
3842010-11-09DBTSSを使って遺伝子の発現制御領域を調べる 2010DBTSS(Database of Transcriptional Start Sites)は最新の完全長cDNA配列、 またその配列から明らかになった転写開始点 およびプロモーター領域の情報を公開しているデータベースです。
2010年11月現在でヒトやマウス、その他の動物の転写開始点やプロモーターのデータを登録しています。またアップデートにより次世代シーケンサーのヒト遺伝子のデータが大幅に追加されているのでより詳細に遺伝子の転写開始点およびプロモーター領域を調べることができます。
今回はKLF4とSOX2を例にとり、このデータベースの使い方について紹介します。
3832010-11-04PubMedの検索結果を定点観測する その2 RSSリーダーを使う 2010PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。
PubMedで自分の興味あるキーワード等を検索し、関係のありそうな論文の情報収集を日々行っているという人も多いと思います。ここでは Googleリーダーを使ってPubMedの検索結果のRSSフィードを取得し、新着情報のみをすばやく、効率的に得る方法について説明します。
3822010-11-03まとめ・閉会の挨拶本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、東京大学新領域創成科学研究科 高木利久先生による「まとめ・閉会の挨拶」をお送りします。
3812010-11-02医療情報の研究利用について：外国から学べること本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、神戸学院大学法学部 佐藤雄一郎先生による「医療情報の研究利用について：外国から学べること」をお送りします。
3802010-10-31生命科学のための情報統合とテキストマイニング本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、東京大学大学院情報学環、マンチェスター大学計算機科 辻井潤一先生による「生命科学のための情報統合とテキストマイニング」をお送りします。
3792010-10-30東京大学情報基盤センター 大規模データ解析基盤運用に向けて本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、東京大学情報基盤センター 石川裕センター長による「東京大学情報基盤センター 大規模データ解析基盤運用に向けて」をお送りします。
3782010-10-29バイオマーカー・薬剤作用機序研究におけるデータベースの必要性と課題本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、エーザイ株式会社 青島健先生による「バイオマーカー・薬剤作用機序研究におけるデータベースの必要性と課題」をお送りします。
3772010-10-28私はなぜ統合データベースを立ち上げたのか〜2050年に向けて本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、情報・システム研究機構 堀田凱樹 機構長による「私はなぜ統合データベースを立ち上げたのか〜2050年に向けて」をお送りします。
3762010-10-27ショウジョウバエ脳の神経画像データベースFlybrain: 15年の蓄積と将来への課題本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、東京大学分子細胞生物学研究所 伊藤啓先生による「ショウジョウバエ脳の神経画像データベースFlybrain: 15年の蓄積と将来への課題」をお送りします。
3752010-10-26オーミクス研究者から見たデータベース〜データ生産者の目線〜本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、東京大学理学系研究科 伊藤隆司先生による「オーミクス研究者から見たデータベース〜データ生産者の目線〜」をお送りします。
3742010-10-25統合に関する現状報告本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、長浜バイオ大学、東京医科歯科大学、情報システム研究機構理事 郷通子先生による「開会の挨拶・統合に関する現状報告」をお送りします。
3732010-10-22NCBI Genome Workbenchを使い倒す〜導入・概要編〜NCBI Genome WorkbenchはNCBIが提供するフリーの統合型ゲノム解析環境です。NCBI Genome Workbenchは配列情報の入手・管理やマルチプルアラインメントおよび系統樹作成といった解析機能が一つのパッケージに内包されています。また、 Windows,MacOSX,Linuxの各プラットフォームに対応しています。
統合型ゲノム解析環境の例としては以前の番組で紹介したCLC Sequence Viewerもありますが、NCBI Genome Workbenchではアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置の探索や異なる形状の系統樹作成が可能など、より高度な機能を有しています。また、Enterz GeneなどのWeb上のデータベースにない統合型ゲノム解析環境の利点として、自身のPCに作成したワークスペース上で解析結果を個別に管理・共有を行うことができ、現在の状態を保持したまま保存・再開を行うことができます。
今回は導入編として、NCBI Genome Workbenchのインストール方法および目的遺伝子の塩基配列情報の検索方法を説明します。
なお、NCBI Genome Workbenchを導入するには、導入先のPCにMicrosoft .NET Framework 3.5以上がインストールされている必要があります。
3722010-10-21PubMedの検索結果を定点観測する その1 2010PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。
PubMedで自分の興味あるキーワード等を検索し、関係のありそうな論文の情報収集を日々行っているという人も多いと思います。ここではPubMedの検索結果のRSSフィードを取得し、新着情報のみをすばやく、効率的に得る方法について説明します。
3712010-10-15ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てる 2010ラウス肉腫ウイルス(Rous sarcoma virus)は、ニワトリで発見された腫瘍形成に関わっている腫瘍ウイルスで、 1911年にペイトン・ラウスによって発見されました。2本鎖RNAをゲノムにもつレトロウイルスで、ガンの原因となる遺伝子はsarcomaからsrc と名付けられましたが、実は宿主の細胞にもほとんど同じ遺伝子配列が存在していることが発見されました。ウイルス由来のsrc遺伝子はv-src、細胞由来のものはc-srcと記述されています。
今回はそのv-srcのタンパク質配列を、ラウス肉腫ウイルスのゲノム配列を検索するところから始めて取得し、それをすでに解読されているニワトリのゲノム配列に対してアミノ酸配列のままBLAT検索にかけc-srcがコードされているゲノム上の領域を探し当てます。さらにその2種類のsrcのアラインメントを見ることでsrc遺伝子の遺伝子情報をウイルスがニワトリゲノムから持ち出してから現在に至るまでどこの場所に変異が入ったか、知ることが出来ます。最後に、その場所をUCSC Genome Browserで確認します。
3702010-10-07CNV Control Databaseの使い方CNV Control Database は、様々なラボから得られたコピー数多型(copy number variation)の位置情報を集めているデータベースです。
今回は、このデータベースの基本的な使い方を例を挙げながら紹介します。
3692010-09-29公共アーカイブ DRAへのデータの登録方法DRA(DDBJ Sequence Read Archive)は次世代シークエンサからの出力データのためのデータアーカイブです。
今回の動画はD-wayによるDRAへのデータの登録方法について紹介します。
この番組は2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京よりDDBJ 児玉 悠一アノテータによって紹介された 次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサアーカイブDB〜に基づき基本事項、注意点等をまとめたものです。DRAの概要や詳細についてはそちらを御覧ください。
3682010-09-28Case Control GWAS Databaseの使い方Case Control GWAS database は、アレル頻度、遺伝子型頻度などの頻度情報や、遺伝統計学的な手法を用いたモデル適用の結果を、マップとグラフ上に視覚的に分かりやすくまとめたものです。
今回は、例を用いながら、このデータベースの基本的な使い方を説明します。
3672010-09-24RSS フィードを利用して遺伝子発現バンク(GEO)目次の新着情報を取得する今回の統合TVは、RSS フィードを利用した遺伝子発現バンク(GEO)目次の新着情報の取得についてです。
GEO 目次は、NCBI GEO の遺伝子発現データを利用しやすくするためのシステムですが、このサービスは RSS フィードを提供しています。
RSS フィードとは、 RSS という形式で Web サイトの更新情報を提供するサービスのことで、RSS リーダーというソフトウェアを用いることで Web サイトの更新情報を簡単に取得できます。
ここでは、そのように便利な RSS フィードを利用して、手動でチェックしなくとも遺伝子発現バンクの最新情報を入手するための方法を解説します。
3662010-09-22データおよび知識の共有と統合化に向けて本日の統合TVは、2010年9月20日に開催された、第48回日本生物物理学会年会 フォーラム「デジタル革命の本当のインパクト」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 高木利久 センター長による「データおよび知識の共有と統合化に向けてーライフサイエンス統合データベースプロジェクトの取り組み」をお送りします。
3652010-09-21デジタル革命のインパクトと情報共有本日の統合TVは、2010年9月20日に開催された、第48回日本生物物理学会年会 フォーラム「デジタル革命の本当のインパクト」から、クリエイティブ・コモンズ・ジャパン 理事／国際大学グローバルコミュニケーションセンター 渡辺智暁 主任研究員／講師による「デジタル革命のインパクトと情報共有」をお送りします。
3642010-09-20デジタル革命の本当のインパクト本日の統合TVは、2010年9月20日に開催された、第48回日本生物物理学会年会 フォーラム「デジタル革命の本当のインパクト」から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 大久保公策 センター長による開催趣旨説明をお送りします。
3632010-09-02SAKURAを用いた塩基配列登録の方法(基本編）SAKURAは，DDBJが運用しているウェブ経由の塩基配列データ登録システムです。今回の番組ではSAKURAを用いた塩基配列の登録方法についてデモデータを使いながら紹介します。
この番組は2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DDBJ 小菅 武英 アノテータによる「SAKURAを用いた塩基配列登録の方法」に基づき、登録に関する基本的な注意点などを分かりやすくまとめたものです。登録の詳細についてはこちらの動画をご覧ください。またヘルプ資料（PDF）がありますのでこちらもあわせて参考にしてください。
3622010-09-01How to use Allie abbreviations search with corresponding long forms 2010Allie is a search service for abbreviations and long forms utilized in Life science. It provides a solution to the issue that many abbreviations are used in the literature, and polysemous or synonymous abbreviations appear frequently, making it difficult to read and understand scientific papers that are not relevant to the reader's expertise. "Allie" searches for abbreviations and their corresponding long forms from titles and abstracts in the entire "MEDLINE" a database of the U.S. National Library of Medicine. The search result not only provides corresponding abbreviations or long forms of the inquired item, but also displays co-occurring abbreviations as well as a list of publications that contain the inquired item.
3612010-08-31Allieを使って略語の正式名称を検索する2010Allie（「アリー」と発音します）は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する医学生物系論文書誌情報データベースMEDLINEを対象とし、出現する略語（略字）とその正式名称のペアを検索するシステムです。
生命科学系の論文では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をMEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた論文の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている論文中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。
2009年版と比べると、略語一覧の検索機能が強化されています。また、2009年当時よりもIPS細胞の検索順位が上がっている点も興味深いでしょう。
3602010-08-30GSEA softwareの使い方 〜発展編〜Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用し発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。
GSEA softwareはBroad Instituteによって実装されたGSEAを行うソフトウェアです。
前回は、GSEA softwareのGUI版の導入と簡単な解析方法・結果の閲覧方法を解説しました。今回は、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ（GSE1657:Adipocyte Differentiation [Homo sapiens]のSeries Matrix Files）を表計算ソフトを使い加工し、GSEA softwareに読み込ませ、解析を行う手順を解説します。
3592010-08-29遺伝子発現データベースの活用法本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 小野 浩雅 特任技術専門員による「遺伝子発現データベースの活用法」をお送りします。
3582010-08-28統合TVを使い倒す〜統合TV Curatedの紹介〜本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 小野 浩雅 特任技術専門員による「統合TVを使い倒す〜統合TV Curatedの紹介〜」をお送りします。約23分です。
3572010-08-27R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、埼玉医科大学 国際医療センター トランスレーショナルリサーチセンター 先端医療開発センター 和田 智 助教による「R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析」をお送りします。約32分です。
3562010-08-26ゲノム情報の可視化本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 岡本 忍 特任准教授による「ゲノム情報の可視化」をお送りします。約71分です。
3552010-08-25次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農 秀雅 特任准教授による「次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜」をお送りします。約47分です。
3542010-08-24次世代シーケンサの活用法〜第三世代シーケンサについて〜本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 河野 信 特任研究員による「次世代シーケンサの活用法〜第三世代シーケンサについて〜」をお送りします。約20分です。
3532010-08-23統合データベースプロジェクトのサービスを使い倒す本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農 秀雅 特任准教授による「統合データベースプロジェクトのサービスを使い倒す」をお送りします。約60分です。
3522010-08-22配列データの検索本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 中村 保一 教授による「DDBJの紹介と配列データの検索」から、後半部分の「配列データの検索」をお送りします。
NCBI Entrez を利用したNCBIが提供する各種データベースのcross-database searchの方法（1分13秒〜1分13秒〜）、ARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation) を利用したDDBJエントリの検索方法（23分25秒〜23分25秒〜）、Google Scholarを利用した文献検索方法（30分37秒〜30分37秒〜）、GOLDデータベースを利用したゲノムプロジェクトの検索方法（39分38秒〜39分38秒〜）について紹介いただきました 。
3512010-08-21DDBJの紹介本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 中村 保一 教授による「DDBJの紹介と配列データの検索」から、前半部分の「DDBJの紹介」をお送りします。
DDBJ (DNA Data Bank of Japan) の活動と世界の中でのDDBJの立ち位置について紹介いただきました。
3502010-08-20生命科学系データベースアーカイブの使い方生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明（メタデータ）を統一して検索を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするサービスです。
ここではその使い方を解説します。
3492010-08-16How to use Gene Expression Omnibus (GEO) Overview 2010GEO (Gene Expression Omnibus) is a gene expression data repository that accepts array- and sequence-based data. It is developed and maintained by NCBI (National Center for Biotechnology Information). It has become very difficult to grasp the outline of data accepted by GEO, since GEO accepts a variety of gene expression data, (the accepted data are categorized into three types:Datasets derived from research projects, Samples used and Platform to produce the data) that has been generated using different experimental methods.
To ease this situation, Dr. Okubo and colleagues at the National Institute of Genetics (Japan) have developed the Gene Expression Omnibus (GEO) Overview. It is now maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS). This tutorial describes how to use the "Gene Expression Omnibus (GEO) Overview" . It should be helpful when one wants to find out the outline of the abundant gene expression data available from GEO.
3482010-08-14SNP control databaseの使い方SNP control database は、700サンプルから得られた100万ものSNPが登録されているデータベースです。その他にも、対立遺伝子頻度、遺伝子型頻度、ハーディ・ワインベルグ平衡検定の結果、それぞれのSNPのアノテーションやSNP検出の信頼度が載せられています。
このデータベースでのさまざまなSNP検索方法の中で今回は、SNP IDからの検索、遺伝子名からの検索、染色体上の座標からの検索を、例を挙げながら、紹介します。
3472010-08-13次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター エンジニア 望月 孝子 氏による「次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜クラウド型解析パイプライン・実習assembly/mapping〜」をお送りします。
次世代シーケンサで読んだ枯草菌のリシーケンスデータを DDBJ Read Annotation Pipeline を使って解析する方法について解説していただきました。具体的には、Illuminaでpaired-endで読んだ配列を Velvet を使ってアセンブリし、BLATで公表済みのゲノムにマッピングする、という一連の操作について紹介しています。
3462010-08-12次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサアーカイブDB〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター DDBJ構築チーム アノテータ 児玉 悠一 氏による「次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサアーカイブDB〜」をお送りします。
次世代シーケンサから出てきた生出力データを登録するための公共アーカイブ DRA (DDBJ Sequence Read Archive)の紹介と、D-way を利用したデータの登録方法について解説していただきました。
3452010-08-11次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサのクラウド型解析パイプライン〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 神沼 英里 助教による「次世代シーケンサ配列の登録・データ解析〜次世代シーケンサのクラウド型解析パイプライン〜」をお送りします。
次世代／新型シーケンサの歴史や各機器の特徴などの紹介の後、DDBJで提供しているデータを解析するためのパイプライン DDBJ Read Annotation Pipeline について紹介していただきました。
3442010-08-09DBCLS Galaxyの利用法本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 山口 敦子 特任准教授による「DBCLS Galaxyの利用法」をお送りします。
ゲノムなどの大規模データを対象とした、解析ツールの組み合わせインタフェイス Galaxy の紹介です。Galaxy はプログラミングの知識を必要とせずに、ウェブ上でゲノムなどの大規模データを読み込み、各種解析ツールを使って解析を実行することができます。また、実行した解析手順を保存してワークフローの作成などもでき、実行結果やワークフローは共同研究者と共有することが可能となっています。今回紹介するDBCLS Galaxy は、ペンシルバニア州立大学が中心となって開発している Galaxy をベースとし、日本の生物学研究者を対象として独自のツールや機能を組み込んでいます。
3432010-08-08BodyParts3D/Anatomographyの利用法本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 三橋 信孝 特任研究員による「BodyParts3D/Anatomographyの利用法」をお送りします。
臓器などの人体のパーツを三次元モデルで記述したデータベースBodyParts3Dと、これらのパーツを自由に組み合わせて描画するためのツール Anatomography の紹介です。これまでの進捗状況と今年度より提供が開始された新インターフェイスが説明されています。
3422010-08-07TogoDBの使い方 〜自分のデータベースを作る〜TogoDBはエクセルやメモ帳等で作成されたデータを用いて、データベースを簡単に作ることが出来るサービスです。今回はデータベースの作り方を紹介します。
このサービスを利用するためにはDBCLSのOpenIDが必要となります。IDを取得していない方はこちらを参考にし、IDを取得してください。またこちらの PDFにも書かれていますが一部のブラウザでは編集が出来ないことがあります。
3412010-08-06データベースの統合的活用術：文献検索を中心に本日の統合TVは、2010年7月21日に東京大学農学部にて開催されたアグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 農学生命情報科学特論Iより、DBCLS 仲里 猛留 特任研究員による「データベースの統合的活用術：文献検索を中心に」をお送りします。
3402010-08-05バイオの買物.comを使い倒す 2010バイオの買物.comは、ライフサイエンス分野でよく使われる試薬などの製品情報を各メーカーから収集し、研究者が、最も適した製品を簡単に確実に発見できることを目的としたサイトです。「製品を検索する」だけではなく「新しい製品を発見できる」カタログを目指して作られています。
検索機能が充実しており、各製品が細かくカテゴリー分けされているのが大きな特徴で、より多くの情報を網羅するために、スポンサー以外のメーカーの製品情報も掲載されています。
3392010-08-04日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜ゲノムビュアー編〜Jabion（ジャビオン、と発音します）は、一般社会および専門家の両方を対象とし、生物学分野における分かりやすく正しい情報の提供を目的としたわが国初の日本語バイオポータルサイトです（ 総説PDF ）。このサイトは、一般向けとして生物学用語や科学ニュース等を分かりやすく解説すると同時に、専門家向けとして最新の研究動向や日本語での利用が可能な文献検索やゲノム情報などを提供しています。ちなみに、Jabionの名前の由来は、日本における生物学のトップサイトを目指す意味で、日本 (Japan)と生物学(Biology)の頭文字からもじって命名されました。
前回は「PubMed日本語検索（文献検索）」の機能を紹介しましたが、今回はゲノムビュアーを用いた検索について紹介します。ゲノムビュアーでは、遺伝子名やその他の生物学的なキーワードを日本語で入力すると、該当するもしくは関連のある英語の専門用語に自動で変換したのちに遺伝子情報の検索を行うことができます。
3382010-08-03BodyParts3D/Anatomography の使い方 〜操作編〜BodyParts3D(ボディパーツ3D)は統合ホームページで提供されているツールの一つで人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3Dから解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。また、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することもできます。3Dの人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。
いまなお現在進行形でその改良が進められており、内容の充実とともに使いやすさも日々向上しています。今回は2010年に行われたインターフェイスの変更に伴い、更新されたAnatomographyの操作方法を中心に紹介しています。
3372010-08-02万見(Yorodumi)の使い方〜基本と連携〜万見（よろずみと読みます）は日本蛋白質データバンク(PDBj)が提供するタンパク質構造解析サービスです。万見は立体構造を見て楽しむことをコンセプトとしています。また、Uniprotとの連携により、詳細なデータを得ることも出来ます。
今回は万見によるシアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803由来Heme oxygenase-1（ヘムの脱鉄を行う酵素）の立体構造データをサンプルとしています。
3362010-08-01BodyParts3D/Anatomography の使い方 〜変更点の紹介編〜BodyParts3D(ボディパーツ3D)は統合ホームページで提供されているツールの一つで人体各部位の位置や形状を3次元モデルで記述したデータベースです。Anatomography(アナトモグラフィー)を使って、BodyParts3Dから解剖学用語を選択して自由に人体のモデル図を作成できます。また、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することもできます。3Dの人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報"どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。
いまなお現在進行形でその改良が進められており、内容の充実とともに使いやすさも日々向上しています。今回は2010年に行われたインターフェイスの変更に伴い、更新された点を中心に紹介しています。
3352010-07-31食用生物データベースLUNCHBOXの使い方本日の統合TVは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」におけるアノテータ・キュレータ人材養成プログラムの一環として長浜バイオ大学が作成し、2回生の実習で実施している一番初級（対象：高校生〜大学2年程度）のテキスト「バイオ分野のデータベースの統合的な利用」の自習用動画シリーズ第六弾として「食用生物データベースLUNCHBOXの使い方」をお送りします。
LUNCHBOXは食用生物の由来や薬用、含有する成分などを調べることができます。
3342010-07-30Jabionを使って遺伝子を調べる本日の統合TVは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」におけるアノテータ・キュレータ人材養成プログラムの一環として長浜バイオ大学が作成し、2回生の実習で実施している一番初級（対象：高校生〜大学2年程度）のテキスト「バイオ分野のデータベースの統合的な利用」の自習用動画シリーズ第五弾として「Jabionを使って遺伝子を調べる」をお送りします。
Jabion（ジャビオン、と発音します）は、一般社会および専門家の両方を対象とし、生物学分野における分かりやすく正しい情報の提供を目的としたわが国初の日本語バイオポータルサイトです。
3332010-07-29遺伝資源データベースSHIGENの使い方本日の統合TVは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」におけるアノテータ・キュレータ人材養成プログラムの一環として長浜バイオ大学が作成し、2回生の実習で実施している一番初級（対象：高校生〜大学2年程度）のテキスト「バイオ分野のデータベースの統合的な利用」の自習用動画シリーズ第四弾として「遺伝資源データベースSHIGENの使い方」をお送りします。
SHIGENは実験研究に必要な遺伝資源材料の情報公開サイトを網羅的に調べて提供しています。
3322010-07-28eProtS(タンパク質構造百科事典)の使い方本日の統合TVは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」におけるアノテータ・キュレータ人材養成プログラムの一環として長浜バイオ大学が作成し、2回生の実習で実施している一番初級（対象：高校生〜大学2年程度）のテキスト「バイオ分野のデータベースの統合的な利用」の自習用動画シリーズ第三弾として「eProtS(タンパク質構造百科事典)の使い方」をお送りします。
eProtSは、生物学的に重要なタンパク質を選び、その立体構造を表示するとともに、タンパク質の構造と機能についてわかりやすく解説したものです。
3312010-07-27Avibaseの使い方本日の統合TVは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」におけるアノテータ・キュレータ人材養成プログラムの一環として長浜バイオ大学が作成し、2回生の実習で実施している一番初級（対象：高校生〜大学2年程度）のテキスト「バイオ分野のデータベースの統合的な利用」の自習用動画シリーズ第二弾として「Avibaseの使い方」をお送りします。
Avibaseは全世界に生息する鳥に関するデータベースで、鳥の分布、分類、同義語、各言語での表記法や分布を見ることができます。
3302010-07-26「バイオ分野のデータベースの統合的な利用」講習テキストを入手する本日の統合TVは、文部科学省委託研究開発事業「統合データベースプロジェクト」におけるアノテータ・キュレータ人材養成プログラムの一環として長浜バイオ大学が作成し、2回生の実習で実施している一番初級（対象：高校生〜大学2年程度）のテキスト「バイオ分野のデータベースの統合的な利用」の自習用動画シリーズ第一弾として「講習テキストを入手する」をお送りします。
3292010-07-23GSEA softwareの使い方　〜基本編〜Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用し発現プロファイルを解釈することができます。GSEA softwareはBroad Instituteによって実装されたGSEAを行うソフトウェアです。今回は、GSEA softwareのGUI版の導入と簡単な解析を行い、GSEA softwareで何ができるかを示します。
3282010-07-22UCSC Genome Browser の使い方〜アノテーショントラック編〜UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回はアノテーショントラックの設定方法について説明しています。
3272010-07-20生体分子の熱力学・構造データベースProTherm&ProNITの使い方Protherm及びProNITは九州工業大学が独自に 文献から収集して構築した生化学分子の熱力学・構造のデータベースです。前者はタンパク質の野生型と変異体の熱力学的性質をまとめたデータベース、後者はタンパク質と核酸の熱力学的性質をまとめたデータベースです。
今回の動画は前半はProThermを、後半はProNITをこのデータベースの特徴を交えつつ紹介する内容です。
3262010-07-09遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLSのリサーチアシスタントiNut による「遺伝子発現情報を使い倒す〜Transcriptome Sequenceによる遺伝子発現解析の実際〜」をお送りします。
次世代シーケンサを使ったRNA-seqの解析例としてBowtie、TopHat、Cufflinksを使った方法について紹介しています。
3252010-07-08遺伝子発現情報を使い倒す〜発現統合のサービスを使い倒す〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 坊農 秀雅 特任准教授による「遺伝子発現情報を使い倒す〜発現統合のサービスを使い倒す〜」をお送りします。
現在鋭意開発中の発現情報のリファレンスを提供するサービスRefEXや、遺伝子発現バンク（GEO）目次、Bodymap-XS、植物ESTボディーマップなど、DBCLSで提供している発現情報に関連する各種サービスについて紹介しています。
3242010-07-07遺伝子発現情報を使い倒す〜統合TVを使い倒す〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 小野浩雅 特任技術専門員による「遺伝子発現情報を使い倒す〜統合TVを使い倒す〜」をお送りします。
最初は遺伝子発現のセッションをとりまとめているDBCLS 坊農秀雅 特任准教授による概要説明、2分30秒から統合TVと統合TV Curatedの解説です。
3232010-07-06TogoProtの使い方〜検索と連携〜TogoProtはライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供するタンパク質横断検索サービスです。TogoProtの特徴は複数のデータベースを横断して検索を行うことにより、各データベース間の結果を比較し、またタンパク質の立体構造やタンパク間相互作用などタンパク質の構造と機能をまとめて検索できるという利点も存在します。また、Jabionとも連携しています。
3222010-07-05相同性検索と系統解析 〜BLASTとClustalW〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、国立遺伝学研究所 中村 保一 教授による「相同性検索と系統解析 〜BLASTとClustalW〜」をお送りします。
3212010-07-04SAKURAを用いた塩基配列登録の方法本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DDBJ 小菅 武英 アノテータによる「SAKURAを用いた塩基配列登録の方法」をお送りします。
3202010-07-03文献執筆支援ツールの紹介本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 山本泰智 特任研究員による「文献執筆支援ツールの紹介」をお送りします。
3192010-07-02統合データベースのサービス紹介〜カタログ・アーカイブ・横断検索を中心に〜本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）にて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 川本祥子 特任准教授による「統合データベースのサービス紹介〜カタログ・アーカイブ・横断検索を中心に〜」をお送りします。
3182010-07-01統合データベースプロジェクトの紹介本日の統合TVは、2010年6月23, 24日にDBCLSにて開催されたAJACS & 第22回DDBJing 講習会 in 東京より、DBCLS 高祖歩美 特任研究員による「統合データベースプロジェクトの紹介」をお送りします。
3172010-06-29分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010 応用編ChimeraはPDBファイルなどのデータを元に生体高分子（主にタンパク質）の立体構造を3D画像で表示する分子可視化ソフトです。今回の番組では、基本編の内容を踏まえ、より高度な操作について解説しています。
3162010-06-24MiGAPの使い方〜導入と基本操作〜MiGAP(Microbial Genome Annotation Pipeline)はライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する塩基配列解析サービスです。MiGAPの特徴は原核生物ゲノム塩基配列に対しアノテーション（注釈）をつけることができることです。本サービスは、塩基配列解析にMetaGeneAnnotatorとGlimmerとRNAmmerを、配列相同性解析にNCBI BLASTを使用しています。
3152010-06-22JCGGDBの使い方JCGGDB は質量分析による糖鎖構造解析のスペクトルや、レクチン-糖鎖相互作用のプロファイリング、糖鎖関連遺伝子など、糖鎖に関係するさまざまなデータベースを集めたウェブページです。
今回は横断検索にかけた結果を通して、データベースの種類と特徴について説明します。
3142010-06-18はじめてのRefEx(Reference Expression dataset)RefEx(Reference Expression dataset) は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)によるヒトやマウス遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。4種類の発現データ (EST, GeneChip, iAFLP, CAGE)に対して、NCBIのRefSeq(れふしーく)でデータを整理し、遺伝子発現データ解析のリファレンス（参照）データセットを維持すべく、開発を進めています。対象生物種はヒトとマウスのみですが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能となっているのが特徴です。

今回は、「検索」ボタンから「Descriptionから遺伝子ファミリー(Interpro ID)を検索」する機能を用いて、Wntスーパーファミリーを付与されたInterProのアノテーションの中から検索し（IPR005817 Wnt superfamily）、Wntファミリーに属する遺伝子群をその発現パターンと共に表示し可視化する方法を説明しています。なお、マップされる染色体の位置の順番に並び替えたり、ウェブブラウザの「文字を縮小」する機能を利用して発現パターンを俯瞰することができます。

次に、嚢胞性線維症（「のうほうせいせんいしょう」と読みます）の責任領域としてしられている7q31.2領域のエントリを発現の高い順に表示する方法を紹介します。さらに、その中のNM_000245 met proto-oncogeneに関して遺伝子の情報の詳細（絶対発現量、相対発現量、3D人体マップ上での発現量のヒートマップ表示）をブラウズする方法を説明しています。
3132010-06-17今日からはじめるDDBJ Read Annotation PipelineDDBJ Read Annotation Pipelineは国立遺伝学研究所のDDBJが開発・提供している新型シーケンサの出力データを自動で解析してくれるツールです。
このツールの特徴として、
1. ボタン操作とテキスト入力のみで解析可能
2. 論文用の基本統計量や図を自動生成
3. 国立遺伝学研究所のスーパーコンピュータを利用して高速化
などが挙げられます。
現在、Reference Genome Mappingとde novo Assembly解析を行なうことができます。
3122010-06-11統合データベース講習会: KazusaMartの使い方本日の統合TVは、2010年6月4日に日本大学生物資源科学部にて開催された統合データベース講習会：AJACS湘南3より、かずさDNA研究所 藤澤貴智 研究員による「KazusaMartの使い方」をお送りします。
3112010-06-10PubMed Centralの使い方PubMedは米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理している文献情報データベースで、2010年4月でおよそ 2,000万件の文献情報を提供しており、検索が月におよそ7,000 万件と生命科学分野で最も利用されているウェブサービスの1つです。
その中でPubmed Central (PMC)は、書誌情報、アブストラクトに加えて全文が無料（フリー、オープンアクセス）で公開されている論文を収録・提供しています。PubMed Centralの件数でおよそ 200 万件、雑誌のサイトで全文が提供されているものも含めると300 万件の文献で全文を読むことができます。
今回の統合TVでは、PubMed Centralを使った文献検索の基本と知っておくと便利な小技についてご紹介します。
3102010-06-09STRINGの使い方 〜応用編〜STRINGの使い方 〜基本編〜 では、タンパク質の名前からネットワークを表示させる方法を解説しました。今回は、このような巨大なネットワークを、パラメーターの変更、クラスタリング、ネットワークウォーキングを用いて、整理する方法を紹介します。
3092010-06-08分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 2010ChimeraはPDBファイルなどのデータを元に生体高分子（主にタンパク質）の立体構造を3D画像で表示する分子可視化ソフトです。今回の番組では、このソフトの使い方を、様々な用途別に細かく解説しています。
3082010-06-02STRINGの使い方 〜基本編〜STRING はタンパク質同士の相互作用を視覚的にわかりやすく提供するツールです。相互作用があることの証拠は、文献や実験の結果、STRING独自の予測機能など多岐に渡っています。それぞれに関して詳細な情報を簡単に得ることができます。
今回は、さまざまな機能があるため、基本的な使い方に絞って例を交えながら説明します。
3072010-05-26コモンズに関わる法的課題本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会　第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム　「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、クリエイティブ・コモンズ・ジャパン　野口祐子氏による特別講演「コモンズに関わる法的課題」をお送りします。
3062010-05-25コモンズ構築と利用のための知識表現本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会　第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム　「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、東京大学　Steven Kraines 准教授による招待講演「コモンズ構築と利用のための知識表現」をお送りします。
3052010-05-24材料科学におけるデータベース共通プラットフォームの開発と課題本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会　第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム　「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、東洋大学　芦野俊宏教授による招待講演「材料科学におけるデータベース共通プラットフォームの開発と課題」をお送りします。
3042010-05-23ライフサイエンスにおける統合データベースの構築と課題本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会　第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム　「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、ライフサイエンス統合データベースセンター　高木利久センター長による招待講演「ライフサイエンスにおける統合データベースの構築と課題」をお送りします。
3032010-05-22科学技術コモンズとオープンアクセス本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会　第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム　「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、愛知大学　時実象一教授による基調講演「科学技術コモンズとオープンアクセス」をお送りします。
3022010-05-21科学技術コモンズと情報知識学への期待本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会　第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム　「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、国立国会図書館　長尾真館長による基調講演「科学技術コモンズと情報知識学への期待」をお送りします。
3012010-05-20科学技術コモンズの構築に向けて本日は、2010年5月15日に行われた、情報知識学会　第18回 (2010年度)年次大会記念シンポジウム　「科学技術コモンズと情報知識学の挑戦」から、東京大学　岩田修一教授による開会挨拶「科学技術コモンズの構築に向けて」をお送りします。
3002010-05-19Website for Alternative Splicing Predictionの使い方Website for Alternative Splicing Prediction は、DNA塩基配列上の"Splicing Code"という独自の判定基準と組織から得られた転写産物の情報を用いて、新規のエキソンやそれらを含む組織特異的なsplicingを予測するツールです。今回は、既に行われた予測結果を参照する方法と入力した塩基配列に対して新規に予測する方法について例を交えながら紹介します。
2992010-05-14統合データベース講演会〜統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い創薬研究を目指して〜本日の統合TVは 2010年5月12日に明治薬科大学で開催された統合データベース講演会から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 による「統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い創薬研究を目指して」をお送りします。
文部科学省による統合データベースプロジェクトの中核機関としてライフサイエンス統合データベースセンターが取り組んでいるライフサイエンス分野のデータベースを効率よく利用するためのインフラ整備の意義や提供するサービスについて紹介するとともに、ライフサイエンス分野の現状とその問題点、DBCLSが提案する解決案について最新の知見にもとづいて説明しています。
2982010-05-13Ensembl Tips 〜ArrayExpress の遺伝子発現情報を表示する〜Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。
今回はEBI(European Bioinformatics Institute) が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースである、ArrayExpressのデータを Ensemblに表示する方法を紹介します。
2972010-05-12Copyright in the Digital Age and Its Impact on Scientific Data Sharing (日本語字幕付き)2009年10月5日に開催されたシンポジウム「科学における情報の上手な権利化と共有化」（東京大学弥生講堂一条ホール）におけるローレンス・レッシグ教授（Lawrence Lessig, Harvard Law School, Professor）の講演”Copyright in the Digital Age and Its Impact on Scientific Data Sharing”の字幕付き動画です。情報や創作物の流通が安価で簡便になったインターネット時代における著作権のあり方、中でも科学の発展に適した著作権のあり方についてご講演いただきました。内容は、これからの科学の発展にも大きく影響するテーマだと思いますので、より多くの方にご覧いだけるよう英語講演に日本語の字幕を付けました。
2962010-05-11Primer BLASTの使い方Primer BLAST(ぷらいまーブラストと発音します)は、与えられた配列をPCRで増幅するためのPrimer設計ツールです。同様のツールとしてはPrimer3が挙げられますが、Primer BLASTの良いところはエキソン・イントロン境界を挟むよう指定できる点やPrimerの配列特異性をあらかじめ考慮して設計できる点、またその確認が同ツールの中でできる点などがあります。
ここでは、例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer BLASTの使い方を紹介します。
2952010-05-10CLC Sequence Viewerを使い倒す〜外部データの取り込みから制限酵素切断地図の作成まで〜CLC Sequence ViewerはCLC Bio社が提供するフリーの統合解析環境で、マルチプルアラインメントの作成・編集、系統樹描写、様々なフォーマットに応じた出力機能など多機能を備えています。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットフォームで動作します。
今回はCLC Sequence Viewerの制限酵素切断部位検索機能を用いてヒトFerrochelataseの制限酵素切断地図を作成し、画像として外部出力する方法を紹介します。
2942010-05-07Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べるPfamとはタンパク質ドメインのデータベースです。検索システムにはHMMERが使われており、これにより高速で精度の高い配列解析を行うことが出来ます。今回は、HMMERが組み込まれているInterProScanを使うことにより配列のドメイン検索を行い、そこからPfamを使用してドメインの情報を調べています。
サンプルデータとして、ES細胞の分化多能性を支えるHomeoboxタンパク質であるNanogのアミノ酸配列を使って説明しています。
2932010-04-30日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜文献検索編〜 2010Jabion（ジャビオン、と発音します）は、一般社会および専門家の両方を対象とし、生物学分野における分かりやすく正しい情報の提供を目的としたわが国初の日本語バイオポータルサイトです（ 総説PDF ）。このサイトは、一般向けとして生物学用語や科学ニュース等を分かりやすく解説すると同時に、専門家向けとして最新の研究動向や日本語での利用が可能な文献検索やゲノム情報などを提供しています。ちなみに、Jabionの名前の由来は、日本における生物学のトップサイトを目指す意味で、日本 (Japan)と生物学(Biology)の頭文字からもじって命名されました。
バイオポータルサイトというだけあって、様々なコンテンツがありますが、今回はまず「PubMed日本語検索（文献検索）」の機能を紹介します。 Jabionの文献検索では、日本語キーワードを入力するだけで該当する英語の専門用語に変換したのちにPubMed検索を行うことができます。変換候補が複数ある場合には任意のものを検索対象とすることも可能です。また、検索結果は出版年順だけでなく、ジャーナルごとの被引用率などを用いて著名な文献が優先的にヒットする仕組みを採用しているのが特徴です。
2922010-04-20Ensembl tips 〜DBCLSで提供しているゲノムアノテーションを表示する〜 2010 Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。
第四弾の今回は、DBCLSで提供しているゲノムアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いてEnsemblに追加して表示する方法について紹介しています。今回はヒトのcDNA配列アノテーション(H-Inv DB) と、ヒトのbodymap EST、マウスのRepresentative Transcript set(FANTOM3)を表示します。
2912010-04-16UCSC VisiGeneの使い方UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
UCSC Genome Browserのコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツール BLATや遺伝子間の関連性を探索するGene Sorterなどがありますが、今回はin situハイブリダイゼーション　(ISH)の画像データを検索・閲覧できるVisiGeneについて紹介します。
UCSC VisiGeneを使うことで、生体内におけるmRNAの局在を画像で閲覧することができ、またそれに関する論文などの詳細情報も得ることができます。
2902010-04-15NCBI BLASTの使い方　〜基本編〜 2010NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。
ここでは、DNAデータベース (DDBJ/EMBL/GenBank=INSD) 総覧と検索に収録されている塩基配列を問い合わせ配列として、nr/ntデータベース（冗長性を排した塩基配列データベース）に対して検索を行い、機能を推定する使い方を説明します。もちろん、塩基配列だけではなく、アミノ酸配列に対しても使えます。
2892010-04-14統合データベース講習会AJACS本郷6「in silicoな実験を広める仕事」本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） リサーチアシスタント @iNut による「in silicoな実験を広める仕事」をお送りします。
実験系の研究室に所属している演者が、コンピュータを実験道具として使いこなして「実験」するまでに至った経緯とin silicoな「実験」の実際をデモを交えながら紹介しています。
2882010-04-13統合データベース講習会AJACS本郷6「統合TVのシステムを良くする仕事」本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） リサーチアシスタント @y_benjo による「統合TVのシステムを良くする仕事」をお送りします。
統合ホームページにおいて提供されている統合TVのアクセスログ収集・分析、コンテンツ推薦のしくみ、検索クエリ分析といった統合TVを使いやすくするための縁の下の力持ち的活動について紹介しています。
2872010-04-12統合データベース講習会AJACS本郷6「統合TVのコンテンツを作る仕事」本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） リサーチアシスタント 奥田 裕樹 による「統合TVのコンテンツを作る仕事」をお送りします。
統合ホームページにおいて提供されている統合TVの番組コンテンツの制作現場の実際とその概要・意義についてデモを交えながら紹介しています。
2862010-04-11統合データベース講習会AJACS本郷6「twitterとライフサイエンス分野の橋渡しをする仕事」本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） リサーチアシスタント @mickey24 による「twitterとライフサイエンス分野の橋渡しをする仕事」をお送りします。
統合ホームページにおいて提供されているアナトモグラフィー（BodyParts3Dのデータを利用して人体臓器の3Dモデル画像をWebブラウザで手軽に作成できるWebサービス）するサービスの概要および維持・管理の実際について紹介しています。
2852010-04-10統合データベース講習会AJACS本郷6「蛋白質核酸酵素のテキストデータを自然言語処理する仕事」本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） リサーチアシスタント 吉田 康久 による「蛋白質核酸酵素のテキストデータを自然言語処理する仕事」をお送りします。
生命科学分野における自然言語処理や「辞書」の重要性、また統合ホームページにおいて提供されている蛋白質核酸酵素 全文検索から得られたテキストデータから専門用語の特徴語を抽出する仕組みについて紹介しています。
2842010-04-09統合データベース講習会AJACS本郷6「データベースカタログ・横断検索を維持する仕事」2本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） リサーチアシスタント 横山 貴央 による「データベースカタログ・横断検索を維持する仕事」2をお送りします。
統合ホームページにおいて提供されている、国内外のライフサイエンス系データベースを横断検索するサービスの概要および維持・管理の実際について紹介しています。
2832010-04-08統合データベース講習会AJACS本郷6「データベースカタログ・横断検索を維持する仕事」本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） リサーチアシスタント 林 和弘 による「データベースカタログ・横断検索を維持する仕事」をお送りします。
統合ホームページにおいて公開されている、国内外のライフサイエンス系データベースの情報を提供するデータベースカタログの維持・管理における概要およびその実際について紹介しています。
2822010-04-07「はじめに：統合データベースプロジェクトとは？」本日は2010年3月19日に行われた統合データベース講習会AJACS本郷6からライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS） 坊農秀雅 特任准教授による「はじめに：統合データベースプロジェクトとは？」をお送りします。
文部科学省による統合データベースプロジェクトの中核機関としてライフサイエンス統合データベースセンターが取り組んでいるライフサイエンス分野のデータベースを効率よく利用するためのインフラ整備の意義および概要について紹介しています。
2812010-04-05CLC Sequence Viewerを使い倒す〜配列入手から系統樹作成まで〜CLC Sequence ViewerはCLC Bio社が提供するフリーの統合解析環境で、マルチプルアラインメントの作成・編集、系統樹作成、様々なフォーマットに応じた出力機能など多機能を備えています。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットフォームで動作します。
配列比較に使用したデータはヘム生合成に関与する鉄挿入酵素Ferrochelataseです。比較対照はヒト・マウス・ニワトリの真核生物グループと大腸菌・枯草菌・シアノバクテリアの真性細菌グループの計6生物種です。
今回はCLC Sequence Viewerを用いて配列入手からマルチプルアラインメントの作成から系統樹の描写・画像出力までを紹介します。
2802010-04-03日本農芸化学会2010年度大会ランチョンセミナー 「生命科学系データベースアーカイブ」本日は2010年3月29日に行われた日本農芸化学会 2010年度大会 ランチョンセミナー「情報整理術2010　〜文献とデータを賢く管理する〜」からライフサイエンス統合データベースセンター 畠中 秀樹 特任准教授による「生命科学系データベースアーカイブ」をお送りします。

統合データベースプロジェクトで取り組んでいるデータアーカイブサービスの概要と、アーカイブデータの使い方、お手持ちのデータをアーカイブする方法について紹介しています。
2792010-04-02日本農芸化学会2010年度大会ランチョンセミナー 「文献執筆支援ツールの紹介」本日は2010年3月29日に行われた日本農芸化学会 2010年度大会 ランチョンセミナー「情報整理術2010　〜文献とデータを賢く管理する〜」からライフサイエンス統合データベースセンター 山本 泰智 特任研究員による「文献執筆支援ツールの紹介」をお送りします。

統合データベースプロジェクトで提供している文献執筆支援サービス、略語とその展開形を検索可能なAllie、英語論文中に頻出する英語表現を検索するinMeXes、文献のPDFを効率よく整理するTogoDoc/TogoDocClientが紹介されています。
2782010-04-01日本農芸化学会2010年度大会ランチョンセミナー 「情報整理術2010」〜文献とデータを賢く管理する〜本日は2010年3月29日に行われた日本農芸化学会 2010年度大会 ランチョンセミナー「情報整理術2010　〜文献とデータを賢く管理する〜」からライフサイエンス統合データベースセンター 川本 祥子 特任准教授による統合データベースプロジェクトの紹介をお送りします。

情報爆発時代に突入して明らかになってきた生命科学系データベースの問題点や、それらの解決に向けた統合データベースプロジェクトの取り組みが紹介されています。
2772010-03-31Ensembl Tips 〜Ensembl Archivesを使い倒す〜 2010Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。

今回は、Ensemblの古いバージョン(Ensembl Archives)を閲覧する方法について紹介しています。Ensembl のバージョンとゲノム配列のバージョンの違いは混同しやすいですが、ゲノム配列を使ったデータベースやアノテーションはどのバージョンのゲノム配列に対応しているかが非常に重要です。
2762010-03-29BioMartを使い倒す　比較ゲノミクス編BioMartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。これを使うといろいろなことができますが、今回は二つの生物種の対応するデータを取得する方法を解説します。

他の使い方はBiomartを使い倒す〜遺伝子の上流配列を取得する〜2009や、Biomart を使い倒す-マイクロアレイprobeIDの対応表を作るでも紹介しています。
2752010-03-26遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す 2010NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現バンクとして、主にマイクロアレイデータの受け皿となっています。様々な種類の遺伝子発現データを受け入れるため、そのデータ単位がデータセット（研究・目的ごとにまとめられた発現データの集合 (発現データマトリクス)）、サンプル（測定に附された生体試料）、プラットフォーム（発現定量のための測定プロトコル）の3種類あることや、実験手法の多様さによって全体のデータの傾向を掴みづらいのも事実です。

そこで、この NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み「遺伝子発現バンク(GEO)目次」、通称「GEO目次」が国立遺伝学研究所の大久保公策教授らによって開発され、現在DBCLSによって維持されています。今回はその使い方の概略を紹介します。数多く登録されている遺伝子発現データの大まかな傾向をつかむのに役に立つことでしょう。
2742010-03-23統合TVをiTunesで見る 2010統合TVの番組はビデオキャスト (videocast) としてiTunesで見ることができます。iTunesで統合TVを見られることの利点は一度番組をダウンロードしておけば、ネットワーク環境にいないときでもいつでも繰り返し見られることです。またお手持ちのiPodやiPhoneで番組を見ながらパソコンの操作を同時に行えます。

今回の番組では、iTunesで統合TVを見るための方法および設定の仕方について説明しています。
2732010-03-15Ensembl tips 配列の比較をする 2010Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。以前、統合TVの番組でもEnsemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める などを紹介してきましたが、その利便性の高さの一部しかお伝えできていません。そこで数あるEnsemblの便利機能を皆さんに知ってもらうために、"Ensembl tips"というかたちでシリーズ化して今後放送していく予定です。

今回は、その第一弾として多くの人が直面するであろう「配列の比較」に焦点を当てています。Ensemblでは、ヒトやマウスなど生物種間での配列のアラインメント表示はもちろんのこと、系統樹の表示やなどが可能です。それらの使い方を紹介しています。
2722010-03-05OReFiLを使い倒す 2010 DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとしてOReFiLがあります。
OReFiLは、(an Online Resource Finder for Lifesciences, 「オレフィル」と読みます)は、ライフサイエンス分野のパブリッシュされた文献に記載されているウェブリソース(データベースやツールなど)を検索します。近年の分子生物学の発展によって大量のデータが生産され、それに付随する形でデータベースやツールなどが数多く作成されており、インターネットを通じて提供されています。

多くのリソースが提供されている状態は選択肢が多いという点では歓迎すべきことですが、逆に情報が氾濫し「何を使えばよいのかわからない」、「リソースがどこにあるのかわからない」、「そもそもリソースがあるかどうかもわからない」という事態を招いてしまっています。Googleなどの検索エンジンは、ウェブ上のあらゆる情報を収集しているため、ノイズとなる情報も多く、必ずしも目的のリソースにアクセスすることが難しいのが現状です。そこで、 OReFiLではMEDLINEのアブストラクトやオープンアクセスの文献などの査読を経た情報からウェブ上のリソースを収集して、検索できる仕組みを提供しています。収集したテキストの情報を解析しているため、検索の際に問い合わせに対して適切な結果を返してくれます。そのため、容易に目的のリソースにアクセスすることができます。
2712010-03-04 Jalviewを使い倒す〜配列解析・系統樹編〜Jalviewは多重アラインメントのビューワー/エディターです。Javaで作られており、Web上で動作するプラットフォームもあります。今回は、PCにインストールしたJalviewを使用して、多重アラインメントの結果から系統樹を作成し、また多重アライメントされた配列を削除・追加します。

Jalviewのインストールは、Jalviewの「Download」から、「Install with InstallAnywhere」をクリックします。そして、自分のOSに合ったインストーラ(本動画の場合MacOSX)をダウンロードします。

今回使用するデータは「ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写する」の中で行っているClustalwの解析結果です。また、追加する配列はUniProt ID:Q6EV72です。
2702010-03-03PubMedの使い方〜発展編〜PubMedは医学・看護学・歯学・獣医学・ヘルスケア・臨床科学の分野における、雑誌・引用・要約などを数百万件に渡り検索できるデータベースです。従来の MEDLINE と基本的には同じデータベースです。

PubMedは米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理しており、1997年よりインターネットでの無料公開が始まりました。また、PubMedは関連するWebサイトや他のNCBI分子生物学リソースへのリンクへのアクセスを提供しています。

今回の統合TVでは、PubMedを使った文献検索の発展編として、Single Citation Matcher、Clinical Queries、MeSH DatabaseおよびJournals Databaseといったある検索条件に特化した絞り込み検索の方法についてご紹介します。
2692010-03-02CLC Sequence Viewerを使い倒す〜導入から基本操作まで〜CLC Sequence ViewerはCLC Bio社が提供するフリーの統合解析環境で、マルチプルアラインメントの作成・編集、系統樹作成、様々なフォーマットに応じた出力機能など多機能を備えています。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットフォームで動作します。

今回は導入編として、CLC Sequence Viewerのインストールおよび配列情報の管理方法について紹介します。
2682010-02-27PubMedの使い方〜基本編〜PubMedは医学・看護学・歯学・獣医学・ヘルスケア・臨床科学の分野における、雑誌・引用・要約などを数百万件に渡り検索できるデータベースです。従来の MEDLINE と基本的には同じデータベースです。

PubMedは米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理しており、1997年よりインターネットでの無料公開が始まりました。また、PubMedは関連するWebサイトや他のNCBI分子生物学リソースへのリンクへのアクセスを提供しています。

今回の統合TVでは、PubMedを使った文献検索の基本とかゆいところに手が届く検索設定の方法についてご紹介します。
2672010-02-26EMBOSS restrict,remapを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、restrictについて紹介しています。

restrictを使うと、塩基配列中の制限酵素切断部位を検索することができます。

remapを使うと、配列の制限酵素切断部位や翻訳配列などを表示することができます。
2662010-02-25統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得する2010OpenIDは、一つのIDで対応する Webサービスに認証ができる仕組みです。OpenID 対応サービスを利用する場合には、各サービス毎にアカウントやユーザ情報を管理する必要がなくなります。

統合DBセンターでは今後さまざまなサービスを提供していく予定ですが、それらのサービスは一つのOpenIDを取得すればすべて利用できます。また、センターのサービスに限らず、OpenIDに対応しているサイトであれば、すべてのサービスを一つのIDで利用でき、サイト毎にユーザ名やパスワードを変える必要がなくなり大変便利です。今回は統合DBからOpenIDを取得する方法と、取得したIDを使ってサービスにログインする方法について紹介します。
2652010-02-18クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの付け方Creative Commons (CC)は、創造的な作品に柔軟な著作権を定義するライセンスシステムを提供するNPO法人です。クリエイティブ・コモンズ・ライセンスは、文書、動画、音楽、写真など多様な「作品」を対象としています。

なぜそのようなライセンスが必要なのかというと、情報を共有しようとするとき、知的所有権法や著作権法が障害になる場合があります。CCはこれらの法的問題を解決し、広く情報を利用できるように設けられたライセンスです。CCを使って「作品」を公開することは、著作権者側にも利用者側にもメリットがあります。

さあ、あなたもクリエイティブ・コモンズ・ライセンスを使いこなして、研究活動の成果を再利用しやすくしてみませんか！
2642010-02-17How to use inMeXesThis tutorial will describe how to use inMeXes, a system that rapidly searches for English expressions in PubMed/MEDLINE. “inMeXes” is developed and maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS).

"inMeXes" incrementally searches expressions of multiple words appearing not less than 10 times in PubMed/MEDLINE titles and abstracts.

The search results display candidate expressions together with the number of appearance among PubMed/MEDLINE indexed publications. Using inMeXes, users can for example, search for candidate prepositions that follow a certain verb or usage of a certain word in English.
2632010-02-16KazusaMartを使い倒す〜オーソログ一覧を作成する〜KazusaMartはかずさDNA研究所が提供するBioMartシステムによるゲノム情報統合型データベースの一つで、シアノバクテリアのゲノム情報に特化していることが特徴です。今回は、KazusaMartを用いてシアノバクテリアAnabaena sp. PCC7120の光合成に関連する遺伝子のオーソログ一覧の作成方法を紹介します。
2622010-02-04KazusaMartを使い倒す～塩基配列を入手する～KazusaMartはかずさDNA研究所が提供するBioMartシステムによるゲノム情報統合型データベースの一つで、シアノバクテリアのゲノム情報に特化していることが特徴です。今回は、KazusaMartを用いてシアノバクテリアSynechocystis sp. PCC6803の光合成に関連する遺伝子の塩基配列の入手する方法を紹介します。
2612010-02-03統合TVの作り方 in Camtasia Studio 6 ～編集編今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。今回は、Camtasia Studio (カムタジア スタジオ) 6を用いた制作場面における動画の撮影編に続いて、動画の編集編をお送りします。

さあ、あなたも統合TVを作ってみませんか?!
2602010-01-30How to use DNA database overview and searchDNA database overview and search is one of the services developed and maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS) in Japan. It is available from the LSDB home page.

“DNA database overview and search” is developed and maintained as part of the “Integrated Database Project”, funded by the Japanese Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology. It is a rapid search system that retrieves records maintained by the International Nucleotide Sequence Databases (INSD) and displays and organizes the results by taxonomy (species type), and project type (molecule type).

For example, using “DNA database overview and search”, users can download nucleotide sequences of a particular species, submitted by a particular research institution in one click. In addition, a BLAST search, direct links to publications and patents, and histograms that show changes in the number of nucleotide submission are available.
2592010-01-29統合TVの作り方 in Camtasia Studio 6 〜撮影編今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。今回は、Camtasia Studio (カムタジア スタジオ) 6を用いた制作場面のうち、動画の撮影編をお送りします。つづく動画の編集編はこちらです。

さあ、あなたも統合TVを作ってみませんか?!
2582010-01-28ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写するClustalWは複数のDNA配列やアミノ酸配列に対してマルチプルアライメントを行うツールです。EMBL-EBIの他にDDBJやKEGGでも同様のサービスが提供されています。また、TreeView Xはデンドログラムや系統樹などを描写するフリーソフトで、WindowsやUNIXでも利用できるマルチプラットフォームのソフトウェアです。

今回使用するデータは「BLAST検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得する 」で取得された上位20件のアミノ酸配列を使用し、ClustalWで解析されたデンドログラムの情報を使って系統樹を描写しています。

今回はClustalwとTreeView Xを使用していますが、そのほかにも動画内で紹介しているJalViewでも同じようなことができます。
2572010-01-27生命科学分野のデータベースを統合する仕事：落ちこぼれ大学生が.DB（Doctor of the database）にいたるまで本日の統合TVは、2010年1月8日に行われた、東北大学グローバル COE　脳神経科学を社会へ還流する教育研究拠点　第 10回脳科学GCOEキャリアパスセミナーから、ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授 坊農秀雅による「生命科学分野のデータベースを統合する仕事：落ちこぼれ大学生が.DB（Doctor of the database）にいたるまで」をお送りします。
2562010-01-21How to use Taxonomy icon in LSDBTaxonomy icon is one of the services developed and maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS) in Japan. It is available from the LSDB home page.

Taxonomy icon contains icons (or images) and information of species that are familiar to people working in the Life Sciences. The icons and related information are organized by taxonomy. The icons are available under a Creative Commons license (Attribution 2.1 Japan). New icons will be uploaded regularly and will be available for use.
2552010-01-20How to use TogoWS REST serviceTogoWS REST service is one of the services provided by the Database Center for Life Science (DBCLS).

TogoWS enables users to access and utilize major biological databases (such as those maintained by NCBI, EBI, DDBJ, KEGG, PDBj and CBRC) without any additional software to create interoperable workflows. While the APIs of major biological database have different query mechanisms and syntax, we have integrated them so that the user can query and retrieve data in a unified manner. We hope that TogoWS will reduce the necessity to learn new programming languages and provide a user friendly environment for creating workflows. The tutorial is a guide on how to use the REST service. In the REST service, users only need to specify the database names and entries (IDs) in a URL to retrieve information from a database. The REST service also allows users to retrieve a particular field of an entry from the database.
2542010-01-14How to use OReFiLOReFiL (Online Resource Finder for Lifesciences) is one of the services developed and maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS).

It facilitates a search for online resources (databases and tools) that are introduced in peer-reviewed papers.

The advancement of molecular biology has generated large amounts of data and produced databases and tools that can be accessed via the Internet.

While the abundance of resources and information on these resources is a good thing on the one hand, it creates a difficult situation for the users. For example, users have difficulty finding or accessing resources that fulfill their needs and users do not know if the resource even exists or is available via the Internet.

Using popular search engines to overcome this situation, is one solution, but this is often very inefficient and time consuming, because popular search engines index various types of web pages, most of which may not be relevant at all.

We have developed OReFiL as a better way to solve this problem. It is a search system that extracts all of the URLs from MEDLINE abstracts and PubMed-indexed BioMed Central full-papers (implementation or availability sections), and indexes them with MeSH terms and author names.

Since OReFiL carries out a full-text search amongst peer-reviewed papers, the search results are more relevant to the user’s inquiry and as a result provide an easy access to resources the user is looking for.
2532010-01-07How to use database catalog in LSDBDatabase catalog in LSDB is one of the services provided by the Database Center for Life Science (DBCLS). It is a database of databases.

There are so many databases in the world, while there are so many users who complain about “databases”. They say “I cannot find appropriate databases for my project!”, “ I cannot really see what kinds of databases are available!” and so on. It is not too much to say that how to make use of databases is a key issue for your research projects.

Database catalog organizes the database records by database type, data type, subjects of the study and database provider. And users can post comments on any database.
2522010-01-04MacOSXをUNIXとして使い倒す・その壱今回の統合TVでは、MacOSXをUNIXとして利用する方法を紹介します。分子生物学の研究において有益なツールには、当センターのライフサイエンス統合データベースでご紹介している通り、Webベースで利用出来るものもありますが、ローカル、つまり自分のコンピュータにインストールしなければ利用出来ないものもあります。その際、ただダウンロードしてインストールするだけで良いもの、つまりバイナリとして配布されているものではなく、ソースコードを自分でコンパイルすることでしか利用出来ないものを使ってみたい、でもUNIXはちょっとよく分からない…という方に向けて、この第１回目ではUNIXの基本的なコマンドやコンパイルの方法について、EMBOSS を例にして説明しています。
2512010-01-01分子生物学会フォーラム〜ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み〜2010年最初の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、ライフサイエンス統合データベースセンター センター長 高木利久 による「ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの目指すもの、またデータ共有・統合化にまつわる問題と、その解決に向けた統合データベースセンターの取り組みや役割について紹介されています。
2502009-12-31分子生物学会フォーラム〜賢く著作物を共有する方法（クリエイティブコモンズの使い方）〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、NPO法人クリエイティブ・コモンズ・ジャパン／国立情報学研究所 野口祐子 弁護士による「賢く著作物を共有する方法（クリエイティブコモンズの使い方）」をお送りします。

実際にクリエイティブ・コモンズ・ライセンスを付ける方法については「クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの付け方」という番組にて紹介していますので、こちらもあわせてご覧ください。
2492009-12-30分子生物学会フォーラム〜医学研究におけるプライヴァシーデータの共有を進めるために〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、神戸学院大学 法学部 佐藤雄一郎 准教授 による「医学研究におけるプライヴァシーデータの共有を進めるために」をお送りします。
2482009-12-29分子生物学会フォーラム〜データ秘匿は知財立国を助けるのか？〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、末吉総合法律事務所（現 潮見坂綜合法律事務所） 末吉亙 弁護士 による「データ秘匿は知財立国を助けるのか？」をお送りします。
2472009-12-28分子生物学会フォーラム〜なぜ今共有なのか？個人プレーから社会プレーへ〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長 大久保公策 による「なぜ今共有なのか？個人プレーから社会プレーへ」をお送りします。

フォーラムの趣旨説明、時代に合わせてどのように制度を変えていくべきかについての問題提起をされています。
2462009-12-27分子生物学会ワークショップ〜実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会：統合データベースプロジェクトのユーザ評価〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 高祖歩美 による「実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会：統合データベースプロジェクトのユーザ評価」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースセンターの広報が行っている活動や、毎年実施している統合データベースプロジェクトのユーザ評価について、その実施方法と結果、結果を受けてのサービス改善の具体例、課題について紹介されています。
2452009-12-26分子生物学会ワークショップ〜TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、首都大学東京大学院 理工学研究科 生命科学専攻 鐘ヶ江健 先生による「TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースプロジェクトで提供している、誰でも簡単にデータベースを構築できるサービス「TogoDB」を使って、シダESTのデータベースを構築した実例をお話いただきました。TogoDBを使ったデータベース構築の手順や、実際に構築したデータベース「AcEST」の機能について紹介されています。
2442009-12-23分子生物学会ワークショップ〜ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、日本大学大学院 生物資源科学研究科 小野浩雅 による「ブタ成熟脂肪細胞および顆粒層細胞における脱分化ならびに多能性獲得機構の統合トランスクリプトミクス」をお送りします。

ウエット研究者が情報技術を駆使して実験結果を解析した実例が紹介されています。また、解析に使われたツールについての紹介や、データを使う側／提供する側双方に必要な心構えについて、ご自身の経験を基にお話いただきました。
2432009-12-22分子生物学会ワークショップ〜かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター／かずさDNA研究所 岡本忍 による「かずさアノテーションを用いた分散型ゲノムアノテーションの実証実験」をお送りします。

集合知を利用した分散型アノテーションの試み、特に遺伝子と文献情報を関連付ける Gene Indexing について、実際のアノテーションにかかった時間やコスト、得られた成果について紹介されています。また、Gene Indexing で得られた成果の応用例として、Cytoscape を使ったネットワークの表示や抽出、genoDive Pro/Eu を使ってゲノム上でアノテーション情報を俯瞰する例が紹介されています。
2422009-12-21分子生物学会ワークショップ〜統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い分子生物学を目指して〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農秀雅 による「統合データベースプロジェクト：オープンで知のめぐりの良い分子生物学を目指して」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースプロジェクトが目指すもの、また現在鋭意開発中の次世代シーケンサーを使った発現情報の統合化システム togoexp について紹介されています。
2412009-12-20分子生物学会ワークショップ〜はじめに〜本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために：統合データベースプロジェクトからの提案」から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 中村保一 教授によるワークショップ開催の趣旨説明をお送りします。
2402009-12-19統計解析ソフト「R」の使い方 〜ヒートマップ編〜Rは、フリーウェアでオープンソースのデータ解析環境です。Rはデータの操作や計算、可視化のためのソフトが統合されたもので、それらのサンプルデータが豊富に用意されていることやそれらを対話的に実行できることが特徴です。また、Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。

近年、生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』が立ち上がり、多くの関連パッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。
2392009-12-18EMBOSS showalignを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、showalignについて紹介しています。

showalignを使うとマルチプルアラインメントを見やすく装飾して表示することができます。
2382009-12-17UCSC Genome Browserの使い方 〜配列取得編UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。

今回は以前番組で紹介した、UCSC Genome Browserを使った興味のある遺伝子の検索、結果の表示までの基本編、得られた表示結果の見方、使い方までの表示編に続いて、検索した遺伝子の詳細情報と、その配列の様々な取得方法について詳しく説明しています。
2372009-12-16inMeXesを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供する、文献中の英語表現を軽快に検索するサービスinMeXesを紹介します。

PubMed/MEDLINEに含まれる書誌情報のタイトルやアブストラクトに10回以上出現する2語以上から成る英語表現を入力のたびごとに即座に候補を検索します。結果はPubMed/MEDLINE中での出現頻度と共に表示され、ある動詞の後に続く適切な前置詞を検索したり、ある単語の前後にどういう語がくることが多いかなどを検索することができます。
2362009-12-14二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKの使い方 『KNApSAcK』とは、生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に開発・公開されている二次代謝産物データベースシステムです。

KNApSAcKでは分子式、分子量、生物種名や実験により得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等を行うことができます。
2352009-11-26UCSC Genome Browserの使い方 〜表示編UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。

今回は以前番組で紹介した、UCSC Genome Browserを使った興味のある遺伝子の検索、結果の表示までの基本編に続いて、得られた表示結果の見方、使い方などを詳しく説明しています。
2342009-11-20統合データベース講習会：AJACSりんくう〜DNAデータベースの使い方〜本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター 小笠原理 先生 による「DNAデータベースの使い方（DNA データバンクには何が入っているか）」をお送りします。

実際にDDBJ (DNA Data Bank of Japan) でDNAデータバンク事業に関わっていらっしゃる先生に、データベースの見方、検索のコツを講演していただきました。さらに、データバンクのデータを再整理してライフサイエンス統合データベースプロジェクトからサービスしている、DNAデータベース総覧と検索についても紹介していただきました。約30分です。
2332009-11-19統合データベース講習会：AJACSりんくう〜FANTOM4プロジェクトに見る次世代シーケンサの可能性とデータベース〜本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、理化学研究所 オミックス基盤研究領域 川路英哉 先生 による招待講演「FANTOM4プロジェクトに見る次世代シーケンサの可能性とデータベース」をお送りします。

理化学研究所オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアム、FANTOM4 (Functional Annotation of the Mammalian Genome)プロジェクトの紹介と、FANTOM4でメインに使われた次世代シーケンサについて、その可能性についてご紹介いただきました。また、大量のデータを扱う上でのデータベースのあり方についても紹介いただきました。
2322009-11-18統合データベース講習会：AJACSりんくう〜科学データは誰のものか〜本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長、ライフサイエンス統合データベースセンター 大久保公策 教授 による特別講演「科学データはだれのものか〜デジタル科学の最後のステップ〜」をお送りします。

デジタル時代におけるデータ共有のあり方を、ご自身の体験を交えながらお話しいただきました。
2312009-11-17統合データベース講習会：AJACSりんくう〜生物アイコン〜本日の統合TVは、2009年11月6日に大阪府立大学りんくうキャンパスにて開催された 統合データベース講習会：AJACSりんくう から、ライフサイエンス統合データベースセンター 坂東明日佳 による「生物アイコン〜生物種画像レポジトリサイトの紹介〜」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースセンターで提供している生物アイコンの利用法や使用例の紹介、アイコン配布に利用しているクリエイティブコモンズライセンスについてわかりやすく説明されています。センターでは生物アイコン作成に利用するために、皆様がお持ちの生き物の写真を募集しております。ぜひ、皆さんのご協力をお願いします！
2302009-11-16第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 〜多様なデータが広く活用されるために〜本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 畠中秀樹 特任准教授 による「多様なデータが広く活用されるために」をお送りします。

生命科学系データベースアーカイブサービス、ならびに現在開発中のタンパク質IDによるデータベースの横断検索（名称未定）の紹介です。
2292009-11-15第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 〜統合DBプロジェクトのサービス紹介　データベースを役立てよう〜本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 川本祥子 特任准教授 による「統合DBプロジェクトのサービス紹介〜データベースを役立てよう〜」をお送りします。

プロジェクトの概要、提供しているサービス（データベースカタログ、横断検索、inMeXes、統合TV）の紹介です。
2282009-11-14第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 〜はじめに〜本日の統合TVは、2009年10月31日にアスティ徳島にて開催された 第47回日本生物物理学会年会 ランチョンセミナー 「データベース統合の多面的展開」から、ライフサイエンス統合データベースセンター センター長 高木利久 による開催趣旨・背景説明をお送りします。
2272009-11-13UCSC Genome Browserの使い方 〜基本編UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。UCSC Genome Browserの他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATや遺伝子間の関連性を探索するGene Sorterなどがあります。

今回は、UCSC Genome Browserを使って、興味のある遺伝子を検索し、結果を表示するまでの基本的な使い方を説明しています。
2262009-11-12EMBOSS wordmatcherを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、wordmatcherについて紹介しています。

wordmatcherを使うと2配列間で同一（完全一致）部分を見つけることができます。
2252009-11-06EMBOSS waterを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、waterについて紹介しています。

waterを使うと、 Smith-Waterman法 を用いた２配列間のアラインメントを行うことができます。
2242009-11-05UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索するUCSC Gene Sorterは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツール BLATなどがあります。

UCSC Gene Sorterは、興味のある遺伝子周辺もしくは遺伝子同士の関連性を、UCSC Genome Browserが持つさまざまなデータを文字通り「ソート」することによって容易に探索することができるツールです。関連性のある遺伝子をリストアップした後、それらの遺伝子に関するIDや配列をまとめて取得することができます。今回は、脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多い FABP4(Fatty Acid Binding Protein 4)を例にして使い方を説明しています。
2232009-10-31DNAデータベース総覧と検索を使い倒す〜配列検索編DNAデータベース総覧と検索は、文部科学省統合データベースプロジェクトにおいて開発、維持されている、巨大な国際DNAバンク(INSD(International Nucleotide Sequence Database)と呼ばれるDDBJ/EMBL/GenBankのことです)を高速に検索し生物種、分子、プロジェクト別に分類して表示するシステムです。

ある研究機関から発表されたある生物のゲノムデータを一括してダウンロードするというような研究単位でのデータ取得ができます。BLASTによる配列検索、核酸関連の特許公報へのダイレクトリンク、レコードの時系列展開も可能です。

今回はその使い方の配列検索編で、ブタの脂肪代謝遺伝子(PPARG)の配列検索を例にとって紹介しています。
2222009-10-30EMBOSS emmaを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、emmaについて紹介しています。

emmaは複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。

ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。
2212009-10-29NEXTBIOを使い倒すNEXTBIOは、米国NEXTBIO社の検索システムで、膨大な数のあらゆるライフサイエンスに関する情報を、自分の目的に応じて複合的に検索できるシステムです。

NEXTBIOでは1つのキーワードから、文献・詳細な研究内容・遺伝子発現情報・疾患・化合物・臨床試験など、関連する様々な情報が一度に検索できます。また研究者自身の持つデータをデータベースに登録することも可能です。
2202009-10-22DNAデータベース総覧と検索を使い倒す〜基本編DNAデータベース総覧と検索は、文部科学省統合データベースプロジェクトにおいて開発、維持されている、巨大な国際DNAバンク(INSD(International Nucleotide Sequence Database)と呼ばれるDDBJ/EMBL/GenBankのことです)を高速に検索し生物種、分子、プロジェクト別に分類して表示するシステムです。

ある研究機関から発表されたある生物のゲノムデータを一括してダウンロードするというような研究単位でのデータ取得ができます。BLASTによる配列検索、核酸関連の特許公報へのダイレクトリンク、レコードの時系列展開も可能です。

今回はその使い方の基本編を紹介しています。
2192009-10-16統合TVの使い方 2009統合TVのコンテンツ数は放送開始から２年を経て200を超えました。コンテンツ数の増加とともに自分が使いたいデータベースやツールが見つかりにくくなってきたかもしれません。そこで今回の番組では、統合TV内での番組検索の仕方を中心に統合TV自体の使い方を紹介します。
2182009-10-15Allieを使って略語の正式名称を検索する2009Allie（「アリー」と発音します）は、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する医学生物系論文書誌情報データベースMEDLINEを対象とし、出現する略語（略字）とその正式名称のペアを検索するシステムです。

生命科学系の論文では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をMEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた論文の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている論文中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。
2172009-10-08生命科学データベース横断検索を使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供している横断検索では、従来の基本的な分子生物学系データベースに加えて、特許のデータベースや「蛋白質 核酸酵素」の過去記事(1985年〜2005年)も検索対象となっており、一度にこれらすべてのデータベースに検索がかかるようになっています。

今回の統合ＴＶでは、横断検索の基本的な使い方および注意点について説明します。
2162009-09-25DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析するDAVIDはマイクロアレイ実験から得られたデータを解析するツールです。このツールを使うことで発現変動のあった遺伝子群の特徴を可視化し、直感的に分析することができます。DAVIDという名前は The Database for Annotation, Visualization and Integrated Discoveryの頭文字に由来しています。

ムービーではサンプルデータとして、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ（GSE1657:Adipocyte Differentiation [Homo sapiens]）を用いて、ヒトの脂肪細胞の分化過程で発現増加した上位500個の遺伝子群のリストを使って説明しています。
2152009-09-24EMBOSS needleを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、needleについて紹介しています。

needleを使うと、Needleman-Wunsch global algorithm を用いた２配列間のアラインメントを行うことができます。
2142009-09-22データベースからの生命科学本日の統合TVは、2009年9月7日に北海道大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS蝦夷2」から、お茶の水女子大学・理学部情報科学科の瀬々潤 准教授による招待講演「データベースからの生命科学」をお送りします。

情報系の研究者から見た生命科学研究について、実例を交えながら大変わかりやすく解説していただきました。
2132009-09-18EMBOSS dottupを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、dottupについて紹介しています。

dottupを使うと、2配列間の一致した部分をドットでグラフ上に表現することで、塩基配列の相同性を直感的に確認することができます。
2122009-09-05Spotfireを用いたSNP解析における頻度差の可視化今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたSNP解析の一事例を紹介します。

複数の集団でタイピングされたSNP(1塩基多型)の多型頻度差をお互いに関連付けて、多型頻度の集団による違いをプロットによって視覚化する例を紹介します。SNPのデータはHapMapプロジェクトが提供するHapMartから、容易に取得することができます。今回例として用いたデータは、HapMartで得られるJapanese、Yoruba、Han ChineseのSNPデータです。
2112009-09-04EMBOSS mergerを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、mergerについて紹介しています。

mergerを使うと、入力した２つの塩基配列をアラインメントすることができます。mergerの場合、オプションとしてギャップ開始ペナルティとギャップ伸長ペナルティの値を自由に設定することができます。
2102009-09-03SOSUIとTMHMMを使って膜タンパク質の膜貫通領域を予測するSOSUIとTMHMMは、アミノ酸配列を元に、膜タンパク質であるかどうかの判別や、膜貫通領域を予測するツールです。

SOSUIは配列相同性などを参照しない物理化学的な手法により、99%という高精度で膜タンパク質を判別することができます。 また、TMHMM (Transmembrane Hidden Markov Model) は、隠れマルコフモデルを使った膜貫通領域予測ツールです。
2092009-09-02SigmaAldrichのYour Favorite Geneを使ってパスウェイや相互作用ネットワークを可視化するSigma-AldrichのYour Favorite Geneは、遺伝子や疾患、組織、パスウェイなどを検索対象として、そのパスウェイや相互作用ネットワークを表示させるツールです。今回は「PPAR-γ」と呼ばれる脂肪細胞分化や筋肉でのグルコース取り込みに関係する核内レセプターを例として用いて、そのパスウェイや相互作用ネットワークを表示させています。

また、今回紹介している機能に加えて、Ingenuity Pathways Analysis(IPA)のライセンスを購入することによって、より多くの機能を使用することが出来ます。
2082009-08-29QUMAを使い倒す〜2、統計解析モード〜QUMA(QUantification tool for Methylation Analysis)とはBisulfite sequencing法はDNAメチル化の解析に広く用いられている方法ですが、得られた配列の処理と解析は大変困難であり、非常に手間のかかる作業です。このQUMAは技術の成熟度に関係なく、条件が同じなら誰が行っても、たった数秒で同じ結果が得られるという、大変便利で簡単なツールです。

QUMAには2通りの使い方があり、用途に合わせて使い分けることが出来ます。今回は統計解析モードについて紹介します。
2072009-08-28QUMAを使い倒す〜2、統計解析モード〜QUMAを使い倒す〜1、メチル化状態解析モード〜QUMA(くま)：QUantification tool for Methylation Analysis とは、熊木 勇一 氏と岡野 正樹 氏(理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 哺乳類エピジェネティクス研究チーム)によって開発された、バイサルファイト配列の解析ツールです。

Bisulfite sequencing法はDNAメチル化の解析に広く用いられている方法ですが、得られた配列の処理と解析は大変困難であり、非常に手間のかかる作業です。このQUMAは技術の成熟度に関係なく、条件が同じなら誰が行っても、たった数秒で同じ結果が得られるという、大変便利で簡単なツールです。

QUMAには2通りの使い方があり、用途に合わせて使い分けることが出来ます。今回はメチル化状態解析モードについて紹介します。
2062009-08-22Spotfireを用いた比較トランスクリプトミクス今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。

マイクロアレイ上に載っている遺伝子群（プローブセット）を異なる生物種間（今回はヒトとマウス）で対応付けを行い、同じ臓器での発現パターンを比較解析する例を紹介します。マイクロアレイIDの対応付けはEnsemblのBioMartで容易に取得することができます。今回例として用いたデータは、BioGPS で閲覧できるヒト・マウスの各組織・細胞株のマイクロアレイデータです。
2052009-08-21EMBOSS sixpackを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、sixpackについて紹介しています。

sixpackを使うと、入力した塩基配列をアミノ酸配列に翻訳することができます。sixpackの場合、６つの読み枠を一度に表示することができます。最も終止コドンの出現が少ない翻訳パターンを探すことで正しいアミノ酸配列と塩基配列のコドン位置を推測できます。

今回はサンプル配列としてヒトの脂肪代謝遺伝子 peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をアミノ酸配列に翻訳する場合を例に説明しています。
2042009-08-14NCBI Biosystemsを使ってレチナールの代謝経路を調べるNCBIの提供するBioSystemsは、 KEGGやBioCycといったパスウェイ（経路）のデータベースをNCBIの各種ツール(MMDB, PubMedなど)と連動させたもので、NCBI Structureツールの一つとして提供されています。

例としてレチナールの代謝経路を取り上げ、基本的なBioSystemsの使い方を解説します。
2032009-08-09Spotfireを用いたマイクロアレイデータのゲノム上の位置情報による統合と可視化今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。

概要としては、究極の物理地図であるゲノム配列(golden pathと呼ばれる)を元にして、ゲノム上での各遺伝子の位置情報をマイクロアレイデータと関連付けた後、トレリス(trellis)の機能を使って染色体ごとに分け、ゲノム上の位置の順番に並べて発現比のヒートマップ表示を行う、という流れです。

今回例として用いたデータは、BioGPS で閲覧できるマウスの各組織・細胞株のマイクロアレイデータ(GSE10246)です。
2022009-08-08Spotfireを用いたマイクロアレイデータのGene Ontologyによるアノテーション今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。

概要としては、公共マイクロアレイデータベースから取得したマイクロアレイデータに対し、各プローブに GO Term を対応付け、異なる条件下で発現が変わる遺伝子群の生物学的な意味を考察できるよう可視化する、という流れです。

今回例として用いたデータは、ヒトの脂肪細胞分化のマイクロアレイデータ(GSE1657)を一部改変したサンプルデータを用いています。
2012009-08-07The Arabidopsis Information Resource (TAIR)を使い倒すThe Arabidopsis Information Resource (TAIR) とは、カーネギー財団の植物生物学研究部門と米国国立ゲノムリソースセンターとの共同プロジェクトとして、Arabidopsis thaliana(シロイヌナズナ)の総合的なゲノム情報を提供しているデータベースです。TAIRでは、全塩基配列が決定したゲノム情報をはじめ、幅広い情報が提供されています。

GOコンソーシアムの一員としてGene Ontology(GO)の構築と発展に大きく寄与しており、植物ゲノム研究の中心として位置づけることができる優れたデータベースです。
2002009-08-06GO Terms Classifications Counterを使ってマイクロアレイデータを可視化するGO Terms Classifications Counterは、マイクロアレイ実験などで得られた発現変動のあった遺伝子群に付けられたGO termのフラットファイルをuploadすると分類して可視化（集計表とパイチャート）してくれるツールです。このツールを使うことで、発現変動のあった遺伝子群の特徴を概観することができます。なお、現在では「CateGOrizer」として名称が変更されています。

ムービーではサンプルデータとして、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ（GSE1657:Adipocyte Differentiation[Homo sapiens]）を用いて、脂肪細胞の分化過程で発現増加した上位100個の遺伝子群のGO IDのリストを使って説明しています。
1992009-07-25EMBOSS geeceeを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、geeceeについて紹介しています。

geeceeを使うと、入力した塩基配列のＧＣ含量を計算することができます。

今回はサンプル配列としてヒトの脂肪代謝遺伝子 peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列のＧＣ含量を計算する場合を例に説明しています。
1982009-07-24EMBOSS prettyseqを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、prettyseqについて紹介しています。

prettyseqを使うと、入力した塩基配列をアミノ酸配列に翻訳することができます。

今回はサンプル配列としてヒトの脂肪代謝遺伝子 peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をアミノ酸配列に翻訳する場合を例に説明しています。
1972009-07-23OMIMを使い倒す 家族性乳がんの関連遺伝子をさぐる今回は、ヒトの乳がんの約５パーセントを占める、遺伝的要素の強い家族性乳がんを例に、ヒトの遺伝性疾患データベースであるOMIM(Online Mendelian Inheritance in Man)の使い方をご紹介します。

家族性乳がんのリスク因子として、がん抑制遺伝子であるBRCA1/2遺伝子の変異が知られています。2009年現在保険診療には含まれていませんが、この変異を持っていると、持っていない場合より遺伝性の乳がんを発症する可能性が高まりますが，変異があれば必ず乳がんになる訳ではなく、遺伝性を疑われる乳がんを発症した人全てでこの変異が見つかる訳でもありません。

ところで、乳がんの発症に関与する他の遺伝子や、他にBRCA1/2遺伝子が関与している疾患はないのでしょうか。

それらをデータベースを用いて知る一つの方法は，例えば、ある疾患のページでどのような遺伝子が引用されているかを見ていく事です。 Molecular Genetics という項目をつぶさに眺めれば、それらの関係を読み取る事ができるでしょう。あるいは、疾患のページからClinical Synopsisというページで概略を掴む事もできます。また、大まかな傾向を掴みたいだけなら、もう一つの方法もあります。

OMIMデータベースには大きく分けて疾患の情報と、その原因やリスク因子である遺伝子の情報の二種類が収録されていますが、この二つはID番号の違いや、検索オプションを用いると、疾患の情報と遺伝子の情報とに分けられます。つまり、疾患について言及している遺伝子や、遺伝子について言及している疾患のページを一覧できるのです。特定の遺伝子について興味があるが、その遺伝子がどのような疾患や表現型に関与しているかを知りたい場合に、この機能が役に立つかもしれません。
1962009-07-22Gene Ontologyを使って特定遺伝子の機能情報を検索するGene Ontologyとは、遺伝子の機能の記述に関して、生物学分野における共通語彙の作成を目指した用例辞書の一つです。Gene Ontologyの特徴として、定義された用語は

* bioogical process(生物学的プロセス)
* cellular component(細胞の構成要素)
* molecular function(分子機能)

の3つのカテゴリーに分類されます。そして、個々の用語はDAG(無閉路有向グラフ)という階層構造として意味的な包含関係を表す形で関連づけられています。

ここでは、ヒトのHomeoboxタンパク質であるnanogを例にとって、その機能情報を検索しています。
1952009-07-21鎌状赤血球症を引き起こす変異ヒトヘモグロビンをJmolで確認する鎌状赤血球症（Sickle-cell disease）は、赤血球の形状が鎌状になって酸素運搬機能が低下することにより発生する、遺伝性の貧血症です。

以前の統合TV 「HapMapを使い倒す 鎌状赤血球のSNPをさぐる」では、HapMapの使い方を解説する例として、鎌状赤血球症を引き起こすSNP(Single Nucleotide Polymorphism)の位置を特定しました。

今回は、SNPによるアミノ酸の違いを確認します。PDBに登録された正常型、変異型双方のタンパク質構造を比較し、変異したアミノ酸をJmolを用いて実際に確認します。
1942009-07-19Allen Brain Atlasを使い倒す〜応用編〜The Allen Mouse Brain Atlasとは

米国シアトルのAllen脳科学研究所が提供する、マウス脳を網羅する21000個以上の遺伝子発現を詳細に示した三次元マップを構築するためのデータベースです。

マウス脳を数十万個の切片にし、in situ hybridizationを行い、すべての遺伝子の発現パターンを細胞レベルまで示しています。

今回は三次元マップを構築する方法と、一度に複数のデータを見る方法を紹介します。
1932009-07-18Allen Brain Atlasを使い倒す　〜基本編〜The Allen Mouse Brain Atlasとは

米国シアトルのAllen脳科学研究所が提供する、マウス脳を網羅する21000個以上の遺伝子発現を詳細に示した三次元マップを構築するためのデータベースです。

マウス脳を数十万個の切片にし、in situ hybridizationを行い、すべての遺伝子の発現パターンを細胞レベルまで示しています。
1922009-07-17Trace Archiveを使い倒すTrace Archiveは大規模配列決定プロジェクトに由来する DNA sequence chromatogram (trace), 塩基判定 (base call), 品質評価 (quality estimate)のアーカイブです。これにより、まだゲノム配列の決まっていないような生物種の断片的な配列を検索することができます。

今回の統合ＴＶでは、例としてヒトの熱ショック転写因子を問い合わせ配列として、ブタ(Sus scrofa)の配列検索を行う方法を紹介しています。
1912009-07-08NCBI BLASTを使って類似配列を検索するNCBI BLASTは、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない基本的なツールとなっています。

ここでは、ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を用いて、Environmental samples(環境DNA)に対して検索を行い、類似した配列を検索しています。

環境DNAとは、土壌や海洋などの環境中に生息する微生物から抽出したDNAのことです。今回はヒトのheat shock factorの類似配列をその環境DNAのデータベースで検索したのですが、左の画像にあるように環境中の微生物にもN末端に近い部分に同様の配列が認められました。このことから、この部分に何らかの機能が存在する、ということが推測されます。
1902009-07-07PyMOLを使い倒すPyMOLは、Pythonで書かれたオープンソースの分子ビューアです。PyMOLのインストールから基本的な使い方までは、「PyMOLの使い方（基本編）」をご覧下さい。

今回は「PyMOLの使い方（応用編）」として、タンパク質の中から条件に合う原子を選択する方法、原子間の距離や角度・二面角を測る方法、アミノ酸を置換する方法を説明します。

サリンは殺傷能力が非常に高い神経ガスの一種です。その作用機構は、アセチルコリンエステラーゼ(AChE)の活性部位にサリンが不可逆的に結合し、結果として神経伝達物質であるアセチルコリンの分解を阻害して、神経を麻痺させるというものです。

今回例として用いている2WHPは、アセチルコリンエステラーゼの活性部位（Ser203）にサリン分子が結合したものです。このタンパク質内部のサリンに着目しながら、様々な方法で見て行きます。
1892009-06-30Entrez SNP を使い倒す（後編）下戸遺伝子の多型をさぐる今回は下戸遺伝子(Asian Blush)として知られるALDH2の点突然変異を例に、Entrez SNP(dbSNP)の使い方をご紹介します。

エタノール（エチルアルコール）の代謝産物であるアセトアルデヒドをさらに分解する、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼという酵素をコードしているのが、ヒトでは12番染色体に存在するALDH2遺伝子です。この遺伝子は一塩基多型(SNP)が酵素活性の顕著な違いを生む例としても有名です。ALDH2の多型はGG, AG, AAの３タイプがあり、AGタイプはいわゆる酒に弱く、AAのタイプの人は全く酒を飲む事ができません。欧米人はほとんどがGGタイプであるのに対し、アジア人ではAG,AAタイプの割合が高いことが知られています。

このALDH2の多型を判定できるキットは多数存在し、高校・大学等の学生実習や市民向け実験講座等でひろく使用され、遺伝子多型による個人差の例を検出できる優れた実験として確立されています。

ですが、判定結果だけではなく「実際にどのSNPの多型を見ているのか」が知りたい場合、どのように検索を行えばよいのでしょうか。

ひとつの方法は、あらかじめ知っているSNPの情報（ミスセンス変異であること、A/G多型である事など）をLimits機能で使用し絞り込む事です。動画の前半ではこの方法で多型にたどり着ける事をお見せします。しかし、ある遺伝子内でどのような多型が重要であるか、他にどんな多型が重要であるかを概観したい場合は、この方法は視覚的に優れているとはいえません。そこで便利なのが、動画の後半でご紹介するGeneViewという機能です。

Entrez SNP:Geneview では、遺伝子領域内のSNPリストを一覧表示する事で，「翻訳後のタンパクで何番目のアミノ酸が変異しているか」「どんな塩基が何に置換されるか」「PubMed/OMIMへ引用されているか」などの情報を手がかりに、目的とする多型を探し出すことができるのです。
1882009-06-27PubMedの検索結果を定点観測する その2PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。

2009年6月20日放送の「PubMedの検索結果を定点観測する その1」の続編として、webブラウザ Firefoxを使った場合のRSSフィードの取得・購読の仕方について説明しています。
1872009-06-26WolframAlphaを使い倒すWolframAlphaは、ウルフラム・リサーチが開発した質問応答システムです。

ユーザがテキストフィールドに質問や計算リクエスト、キーワードなどを入力すると、構造化されたデータを使って計算、検索し、直接答えを返してくれる便利なオンラインサービスとして注目されてきています。ここではWolframAlphaの基本的な使い方、そして遺伝子名、塩基配列、染色体番号をキーワードとして入力したときの返答結果を紹介しています。
1862009-06-25NCBIの構造ツールを使いこなすNCBI Structure Groupのページから、NCBIの提供するタンパク質立体構造関連のツールが利用できます。

これらのツール群は大きく分けてMMDB(Molecular Modelling DataBase)、PubVast(Vector Alignment Search Tool)、PubChem、CDD(Conserved Domain Database)、BioSystemsの5つであり、相互に連携しています。

今回の統合TVでは、ドーパミンD1受容体(Dopamine receptor D1)を例に、NCBI構造系ツール群の使い方を解説します。
1852009-06-24Entrezを使って配列を検索する ~ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を得る~Entrezは、NCBIで提供されているさまざまなデータベースを横断的に検索するための検索エンジンです。

ここでは、ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を取得する方法を通じて、Entrezの使い方の一例を示します。
1842009-06-22Entrez SNP を使い倒す（前編）PubMed/OMIMへの扉をひらくEntrez SNP(dbSNP)は、１〜数塩基の置換、挿入/欠失や反復等の多型情報からなるデータベースです。前編となる今回は、基本的な検索例とPubMed・OMIMとの連携にスポットを当ててご紹介します。

生物医学文献データベースであるPubMedと、ヒトの遺伝性疾患データベースであるOMIMはともにNCBIにより管理されているEntrez データベース群の一部であり、一部の文献情報や疾患・疾患関連遺伝子の情報はEntrez SNPの多型データからリンクされています。
1832009-06-20PubMedの検索結果を定点観測する その1PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。

PubMedで自分の興味あるキーワード等を検索し、関係のありそうな論文の情報収集を日々行っているという人も多いと思います。ここでは Pubmedの検索結果のRSSフィードを取得し、新着情報のみをすばやく、効率的に得る方法について説明します。
1822009-06-19高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す2009BLAT（The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか（ゲノムランディング(genome landing)といいます）探索するのに用いられています。

ここではヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す方法を紹介します。

ちなみに今回紹介するのに使っているURL http://genome.brc.mcw.edu/cgi-bin/hgBlat はUCSC Genome Browserのミラーサイトの一つで Medical College of Wisconsin, Milwaukee, WIのURLで、本家は http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat になります。
1812009-06-18統計解析ソフト「R」の使い方 〜導入編〜Rは、フリーウェアでオープンソースのデータ解析環境です。Rはデータの操作や計算、可視化のためのソフトが統合されたもので、それらのサンプルデータが豊富に用意されていることやそれらを対話的に実行できることが特徴です。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットホームで動作します。

近年、生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』が立ち上がり、多くの関連パッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。

今回はその導入編として、RとBioConductorのインストール方法について紹介しています。

BioConductorのインストールはRを起動してから、下記のコマンドを実行します。実際に使うときはここからコピー＆ペーストするとスペルミスもなく便利でしょう。

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
1802009-06-17PyMOLを使ってタンパク質の構造を見るPyMOLは、Pythonで書かれたオープンソースの分子ビューアです。Ver.1.0以降コンパイル済みのバイナリは有料化されていますが、自分でソースコードからコンパイルするか、教職員もしくは学生として登録すれば無料で利用できます。今回は、PyMOLの使い方(基本編)とMacへのインストール方法を解説しています。応用編のTVはこちらです。

例として用いている3B7Eは、 1918年に流行したスペイン風邪の原因となったH1N1型インフルエンザウイルスの増殖を助ける、ノイラミニダーゼ（NA: Neuraminidase) というタンパク質です。
1792009-06-13GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べるGenePaintは、ドイツのマックス・プランク研究所が公開しているマウスの発生過程における遺伝子発現の局在をin situ hybridization（ISH）により調べた組織切片画像のデータベースです。

登録されている切片画像はズームイン可能で、遺伝子によっては各部位における発現状況がランク付けされています。また、ある部位で特に強く発現している遺伝子や特徴的なパターンで発現している遺伝子のなどの条件で検索結果の絞込みを行うことも可能です。
1782009-06-12生命科学 学協会 カタログを使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生命科学 学協会 カタログがあります。
ここでは、生命科学に関連した様々な学協会を検索し、簡単にそのカタログやホームページを閲覧することが出来ます。
1772009-06-10ライフサイエンス辞書をローカルに使い倒す MacOSX (Leopard) ことえり編ライフサイエンス辞書(WebLSD)は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。

文章などを書いていて、生命科学分野の専門用語にからっきし弱いパソコンのかな漢字変換システムにイライラを覚えたことのある方は多いのではないのでしょうか？前回紹介したLSDプロジェクトで制作されている各種辞書はオンラインでの提供だけではなく、自分のパソコンにダウンロード・インストールして使える辞書も提供されています。今回は、MacOSX用かな漢字変換辞書を自分のマック（厳密にはことえり）に導入して、快適な生命科学用語変換ライフを送る方法について紹介します。
1762009-06-04InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索するInterProScanは、アミノ酸配列の特徴を複数のデータベースを対象にまとめて検索することによって、問い合わせた配列が属するタンパク質ファミリーやドメイン構成およびモチーフなどの特徴を効率的に推測することができるツールです。

興味のあるタンパク質の機能が未知であるとき、配列解析によって機能注釈を行いたいといった場面で、配列相同性検索と同様によく用いられるのがモチーフ・ドメイン検索です。InterProScanはそういった場面で用いられる最も代表的なツールです。

ムービーではサンプルデータとして、ES細胞の分化多能性を支えるHomeoboxタンパク質であるNanogのアミノ酸配列を使って説明しています。
1752009-06-01統合TV番組作成体制（2009年6月現在）新たに手伝ってくれる方が増えましたので、紹介します（敬称略）。所属は全員、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)です。
1742009-05-30統合ホームページへようこそ 2009統合ホームページは文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。今回の番組では、統合ホームページを使いこなす上で知っておくと便利な特徴や小技などを初めての人でも分かるように紹介しています。
1732009-05-29Reactomeを使い倒す〜3・PathFinder〜Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。

今回は、２つの化合物間の最短パスウェイを知ることができる“PathFinder”というツールを紹介します。
1722009-05-27DBAliを使ってタンパク質の構造アラインメントを行うDBAliは、PDBに登録されている立体構造を「MAMMOTH」によって比較した結果が格納されているデータベースです。

任意の二つのタンパク質がどの程度構造が似ているか調べたり、配列の相同性は低くても構造が似ているタンパク質を探したりすることができます。今回は、2004年に取られたウシロドプシン(Bovine Rhodopsin)の立体構造（PDBID:1GZM）を例として検索します。

ただし、2007 年にPDBファイルのバージョンが変更されて以降は計算が行われていないため、2007年10月6日以降に登録された立体構造は検索対象外となっています。
1712009-05-23生命科学系データベースカタログを使い倒す 2009生命科学系データベースカタログは、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する「データベースのデータベース」です。データベースが数多く存在する昨今、データベースをうまく使いこなすことが研究の進展を左右するといっても過言ではありません。しかし実際の利用者からは「必要なデータベースが見つからない」「何のデータベースがあるのか分からない」という声をよく聞きます。

生命科学系データベースカタログでは、国内外のデータベースを目的や対象、生物種、提供機関別に分類し、それらの説明が日本語で書かれているのが特徴です。また個々のデータベースについて利用者がコメントをつけることもできます。
1702009-05-22ATTEDIIを使い倒すATTED-IIは、シロイヌナズナの遺伝子発現データを用いて、その機能や共発現遺伝子などを調べることができるデータベースです。

今回の統合TVでは、ATTED-IIの検索機能の一つであるGene Tableを使って興味のある遺伝子の機能や細胞内局在予測部位を調べる方法を紹介しています。
1692009-05-19COILSとPaircoil2を使ってコイルドコイル構造を予測するCOILSと Paircoil2は、アミノ酸配列からコイルドコイル構造の位置を予測するプログラムです。

コイルドコイル構造とは、二本以上のαヘリックスが組み合わさって形成されたタンパク質構造モチーフの一つで、７残基繰り返しの特徴的な周期配列を持ちます。今回は、酵母の転写活性化因子であるGCN4のアミノ酸配列を例として用い、COILSとPaircoil2を使った予測方法を解説します。
1682009-05-11HapMapを使い倒す 鎌状赤血球のSNPをさぐる国際HapMap計画は、ヒトの一塩基多型（SNP(Single Nucleotide Polymorphism)、スニップと発音します）のデータベースです。

2003年にヒトゲノムが解読されましたが，これはモデルタイプにすぎず，実際には個々人は少しずつ違うゲノム配列を持っています。それらの差異の中で，よく見られるものが今回扱うSNPです。

今回は、高校生物で学習する一塩基多型原因疾患である「鎌状赤血球症」を引き起こすSNPを実際につきとめることを目的としています。
1672009-05-08Reactomeを使い倒す〜2・Reactomeへのマッピング〜Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。

今回は、発現データなどの網羅的なデータから関連するパスウェイを抽出するSkyPainterというツールを紹介します。
1662009-05-01Human Protein Atlasを使って組織・細胞におけるタンパク質発現情報を調べる 2009Human Protein Atlas(ヒューマンプロテインアトラスと読みます)は、スウェーデンの研究グループが提供しているヒトのタンパク質発現情報データベースです。

さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質の発現情報および局在を、特異的抗体を用いて得られた免疫組織化学染色写真をもとに調べることができます。2009年5月1日現在では6,103個の抗体および5,683,196枚の染色写真が閲覧可能です。また、蛍光抗体法による染色写真も充実しています。

タンパク質の特異的抗体を用いた実験をする前に一度このデータベースで各組織・細胞株での発現状況や局在を調べてみたり、2008年10月14日に放送しましたBioGPSと比較してmRNAとタンパク質の発現状況の違いを調べたりすると興味深い知見が得られるかもしれません。
1652009-04-28RCSB PDBを使って立体構造の特集記事を読むタンパク質の立体構造データベースであるRCSB PDB (Protein Data Bank)では、毎月一個の分子を取り上げた、 "Molecule of the Month" という特集記事がアップされています。

今回は、"Molecule of the Month"の読み方や、過去記事の閲覧方法を解説します。また、PSI (Protein Structure Initiative) やその他の特集記事も紹介します。
1642009-04-24Reactomeを使い倒す〜1・基本編〜Reactomeは、ヒトの生体中での反応やパスウェイを整備したデータベースです。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているため、非常に信頼性の高いデータベースです。代謝パスウェイだけでなく、シグナル伝達や膜輸送、感染など様々なパスウェイが扱われています。DNAマイクロアレイやプロテオーム解析、メタボローム解析の結果を解釈する際に利用できます。

今回は、Reactomeの基本的な使い方を紹介しています。
1632009-04-22RCSB PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べるRCSB PDB (Protein Data Bank)は、タンパク質の立体構造データベースです。立体構造のデータは、タンパク質を構成する原子の座標データとして保存されています。

今回は、オプシンを例として「タンパク質の立体構造を調べる」という基本的な利用方法を解説するほか、PDBファイルをダウンロードせずに内容を参照したり、ブラウザ上で構造を確認する方法を解説します。

PDB IDやキーワード以外にもAuthor・タンパク質の分類・分子機能など様々な条件から構造を検索することが可能です。
1622009-04-17ArrayExpressを使い倒す 2ArrayExpressはEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。

ArrayExpressは、以前紹介したNCBI GEOと双璧をなすデータベースで、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが2009年4月8日現在、7,886実験分（233,221枚のマイクロアレイ）のデータが蓄積されています。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。

今回は、Atlas of Gene Expressionを使って、様々な実験条件における興味のある遺伝子の発現状況の高低を、グラフや色の濃淡で表示することにより、分かりやすく閲覧できる方法を紹介しています。例として、筋分化決定因子である"myogenic differentiation 1(myod)"の遺伝子発現状況を検索しました。
1612009-04-15Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする2009Jpredは、複数の相補的な二次構造予測の結果を統合して、それにマルチプルアラインメントの情報を追加することで二次構造予測を行うことができるツールで、英国の Dundee大学が提供しています。

このツールの特徴として、二次構造予測を行う前に質問配列と相同な配列を持つタンパク質が立体構造データベースにすでに存在するかを調べることが可能で、Jpredを使って二次構造予測をする必要があるかを前もって知ることができます。また、二次構造予測結果はJavaによるマルチプルアラインメントエディター／ビューワーとして有名なJalviewで表示することもできます。今回は、ロドプシンのアミノ酸配列を使って説明しています。
1602009-04-08ArrayExpressを使い倒す 1ArrayExpressはEuropean Bioinformatics Institute (EBI)が提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。

ArrayExpressは、以前紹介したNCBI GEOと双璧をなすデータベースで、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが2009年4月8日現在、7,886実験分（233,221枚のマイクロアレイ）のデータが蓄積されています。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。ArrayExpressにあるデータがNCBI GEOにある場合、それらへのリンクが張られていることも一つの特徴です。

今回は、まずArrayExpressの検索インターフェースを使って、自分の興味のあるマイクロアレイ実験データセットにたどり着く方法およびその生データのダウンロード方法について説明しています。
1592009-04-03GOLD Genomes Online Databaseを使い倒す 2009GOLDデータベースはゲノム塩基配列解読プロジェクトを集めたデータベースです。

既に解読が終了したゲノムプロジェクトや、現在進行中のゲノムプロジェクトについて調べることができます。塩基配列や、発表された論文、解析を実施している機関などへのリンクがあります。
1582009-04-01オープン科学に望まれる制度とは？2009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」から、大久保公策 国立遺伝学研究所・ライフサイエンス統合データベースセンター 教授による「オープン科学に望まれる制度とは？」をお送りします。
1572009-03-31今日から使える！情報検索 lifesciencedb.jp2009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」から、河野信 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員による「今日から使える！情報検索 lifesciencedb.jp」です。
1562009-03-30データ共有が変える日本の生命科学2009年3月28日に日本農芸化学会2009年度大会（於：福岡国際会議場、マリンメッセ福岡）にて行われましたランチョンセミナー「データ共有が変える日本の生命科学」を三部作でお送りします。第一弾の今回は、川本祥子 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授による「データ共有が変える日本の生命科学」です。
1552009-03-28植物ESTボディーマップを使い倒す植物ESTボディーマップは植物の各臓器、組織における遺伝子の発現量をESTを使って推定したデータベースであり、動物のボディーマップBodyMap-Xs を補間するデータを提供しています。植物解剖用語の自動分類プログラムを用いて2772の植物ライブラリをカテゴリー分類し、カテゴリー別遺伝子別にINSDCに登録されているESTの数を数えた結果です。

今回の統合TVでは、植物に対する相同性検索について紹介しています。例として、ヒトの遺伝性乳がんに関与しているといわれている遺伝子"BRCA2"のアミノ酸配列をクエリとして相同な遺伝子を持つ植物を検索し、さらにその詳細を見ています。
1542009-03-27biomartを使い倒す〜遺伝子の上流配列を取得する〜2009biomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。

今回は、Ensemblのbiomartを用いて、全ての遺伝子の転写開始点から上流の配列1kbをマウスゲノムから抽出してFASTA形式で得る方法について説明しています。
1532009-03-19統計解析ソフト「R」の使い方 〜正規化編〜Rは、フリーウェアでオープンソースのデータ解析環境です。Rはデータの操作や計算、可視化のためのソフトが統合されたもので、それらのサンプルデータが豊富に用意されていることやそれらを対話的に実行できることが特徴です。また、Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。

近年、生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』が立ち上がり、多くの関連パッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。

前回のインストール編に引き続き、今回は、Rを用いたマイクロアレイ解析の前処理として必須なデータの正規化の方法について紹介しています。サンプルとしたマイクロアレイデータは、皮膚の線維芽細胞からiPS細胞を作製したときのデータで、以前に統合TVで紹介したNCBI Gene Expression Omnibus (GEO)からマイクロアレイの生データをダウンロードする方法で取得したものを用いています。また、マイクロアレイデータの正規化手法はさまざまなものが知られていますが、今回は、RMA (robust multiarray average)とMAS5 (Affymetrix MicroArray Suite 5)を用いており、正規化したデータをそのままタブ区切りテキストファイルとして保存する方法を紹介しています。さらにMAS5に関してはPresent/Absentコールを同様に保存する方法も説明しています。

この統合TVで紹介しているコマンドは下記の通りです。実際に使うときはここからコピー＆ペーストするとスペルミスもなく便利でしょう。

library(affy)
write.exprs(justRMA(), file="RMA_expression.txt")
write.exprs(mas5(ReadAffy()), file="MAS5_expression.txt")
write.exprs(mas5calls(ReadAffy()), file="MAS5calls_expression.txt")
1522009-03-14ライフサイエンス辞書をローカルに使い倒す2009ライフサイエンス辞書(WebLSD)は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。

文章などを書いていて、生命科学分野の専門用語にからっきし弱いパソコンのかな漢字変換システムにイライラを覚えたことのある方は多いのではないのでしょうか？前回紹介したLSDプロジェクトで制作されている各種辞書はオンラインでの提供だけではなく、自分のパソコンにダウンロード・インストールして使える辞書も提供されています。今回は、Windows XP/Vista 用かな漢字変換辞書を自分のパソコンに導入して、快適な生命科学用語変換ライフを送る方法について紹介します。
1512009-03-13統計解析ソフト「R」の使い方 〜導入編〜Rは、フリーウェアでオープンソースのデータ解析環境です。Rはデータの操作や計算、可視化のためのソフトが統合されたもので、それらのサンプルデータが豊富に用意されていることやそれらを対話的に実行できることが特徴です。また、Windows, MacOSX, UNIXとマルチプラットホームで動作します。

近年、生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』が立ち上がり、多くの関連パッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。

今回はその導入編として、RとBioConductorのインストール方法について紹介しています。

BioConductorのインストールはRを起動してから、下記のコマンドを実行します。実際に使うときはここからコピー＆ペーストするとスペルミスもなく便利でしょう。

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()
1502009-03-12How to list the intersection of specific TFBS and upstream region of genes using GalaxyGalaxy is metaserver for integrative analysis of genomic data developed and maintained at Center for Comparative Genomics and Bioinformatics, Pennsylvania State University. Utilizing public Galaxy server at DBCLS, we will introduce how to list the intersection of specific TFBS(Transcription Factor Binding Sites) and upstream region of genes using Galaxy(This server now requires login to use, so for trial you may access to original main server).
1492009-03-10Galaxyを使い倒す特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップするGalaxyは、Penn State University Center for Comparative Genomics and Bioinformaticsで開発されているゲノムデータの統合解析のためのメタサーバー(Metaserver for integrative analysis of genomic data)です。これを使うといろいろなことができますが、今回はDBCLSで公開予定のGalaxyサーバーを利用して、特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする方法を紹介しています（20090422追記：こちらのサーバーはログインを要求されるので、一時的に試す場合は本家のサーバーを利用するとよいでしょう）。

具体的には、Galaxy のインターフェースから UCSC Table Browser（以前に統合TVでも「UCSC Table Browserを使い倒す」にて紹介）にアクセスして knownGeneという名で呼ばれているヒトの既知遺伝子のセットの上流200bpをまずリストアップします（データセット1とします）。その後に、転写因子p53の予測結合領域を同じくUCSC Table Browserからヒトのデータだけにフィルタして取得します（データセット2）。そして、そのデータセット1と2をGalaxy 中の Tools の Operate on Genomic Intervals の Intersect the intervals of two queries を用いてゲノム座標レベルで比較、1bpでも重なる「交差点」の領域がある場合に該当する予測結合領域をリストアップします（データセット3）。最後にデータセット3をワンクリックで UCSC Genome Browser にインポートして眺める、という一連の流れを説明しています。データセット1を作成するときに遺伝子コード領域そのまま、のゲノム座標ではなく、上流領域のゲノム座標を指定している点がキーポイントです。今回は上流200bpとかなり狭い領域を指定していますがこれは自由に変更出来ますし、今回例示した TP53以外の別の転写因子の予測結合領域をリストアップすることも（UCSC Table Browserから計算結果が提供されていれば）可能です。また重なり具合も自由に設定出来ます。
1482009-03-07NCBI GEOの使い方4　データセットブラウザをさらに使い倒すNCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ) のデータベースです。

今回はGEOの使い方第4弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットを解析するツールの使い方をさらに詳しく紹介しています。例として、まず、GEOに登録されている様々な実験条件におけるnanogの発現データを検索してその発現が特徴的な実験条件のデータを選択し、その選択したデータに関して色々な解析をデータセットブラウザで行います。データセットブラウザ中のデータセット解析ツールで、注目したい遺伝子の検索や、階層的、非階層的なクラスタリングの結果を手法や距離の定義を変えてヒートマップ等で詳細に閲覧したりすることができます。さらにデータのt検定や平均値の差による統計解析や、箱ひげ図による発現分布の見方についても紹介しています。
1472009-03-06ライフサイエンス辞書を使い倒す2009〜その他のサービス編〜ライフサイエンス辞書は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。

今回紹介するサービスはオンデマンド英語教材とオンライン変換サービスの2つです。オンデマンド英語教材は生命科学(ライフサイエンス)関連の英文記事を、日本語の注釈つきで学習できるツールです。毎週記事の追加更新が行われています。大学院の入試など、生命科学系の英文をお探しの方にお勧めです。またオンライン変換サービスでは英文を入力するだけで、web上で専門用語の英和単語帳を作成したり、自作の英文のスペルチェックをすることも出来ます。
1462009-03-04How to make probeID list for microarray using BiomartBiomart has been query-oriented data management system developed and maintained by the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) and the European Bioinformatics Institute (EBI). We can submit various queries to retrieve lists of interest from Biomart. In this togotv, we will introduce how to make ID conversion list for microarray analysis on the BioMart Central Portal website as of 20090225.

From all genes in mouse genome, genes which have corresponding entries in Affymetrix mouse430 2 GeneChip are considered for further analyses. Genes with Affymetrix GeneChip ID mentioned above are associated with Agilent ProbeID and RefSeq ID via Ensembl Gene ID. You can download the results in TSV (Tab Separated Value) format with GNU-zip(gzip) compression.
1452009-02-28PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べるPDBj(Protein Data Bank Japan:日本蛋白質構造データバンク)は、 大阪大学蛋白質研究所が運営する蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造およびそれに関連する二次データのデータベースです。PDBjは、JST-BIRDの支援を受け、米国RCSBおよび欧州EBIと協力して、国際的に統一化されたアーカイブとして運営されており、また様々な解析ツールを提供しているのが特徴です。

今回紹介するxPSSS（XML-based Protein Structure Search Service）はXMLに基づいたタンパク質構造検索サービスです。xPSSSでは様々な条件で検索することができますが、最も単純な検索はPDB IDまたはキーワードによる検索で、PDBjのトップページから直接検索することができます。
1442009-02-27ライフサイエンス辞書を使い倒す2009〜オンライン辞書編〜ライフサイエンス辞書は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。

今回紹介するWebLSDオンライン辞書は、英和・和英検索が2009年1月1日に改訂され、 英語9.3万語，日本語10.5万語に拡張されています。また共起検索およびシソーラスも充実しています。これらの辞書は、学術論文の計量的な解析を行って作成した独自のデータに基づいており，その解析材料としてはPubMedで公開されている膨大な文献抄録の他，協力を得られた出版社，学会などから提供されたテキスト情報を用いられているのが最大の特徴です。
1432009-02-26NCBI Taxonomy Browserを使って、生物分類と配列情報を関連させて調べるTaxonomy Browserは生物分類に基づいて整理されたデータベースのブラウザです。様々な生物種の系統（lineage）が階層的に表示され、各々の階層における類縁の生物を調べることができます。また、それぞれの生物種におけるEntrez中の配列や論文などの情報を簡単に得ることができます。今回は、A型インフルエンザウイルス"H1N2"について検索してみました。
1422009-02-25Biomartを使い倒すマイクロアレイprobeIDの対応表を作るBiomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。これを使うといろいろなことができますが、今回は以前にも紹介しましたIDの対応表を作成するやり方を 2009年2月25日現在の最新のBiomartのウェブインターフェースで再度紹介しています。

具体的には、BioMart Central Portalを使って、Affymetrix mouse430 2のマイクロアレイにある遺伝子セットに絞り込んでから、Ensembl Gene IDを介して Agilent ProbeID とRefSeq ID とを対応づけた表を作成し、タブ区切りテキストにしてダウンロードする手順を紹介しています。その過程で結果に含めるカラム（列）を推敲するのがこの Biomartでは容易にできることも紹介しています。作成した表はAffymetrixとAgilentのマイクロアレイのプローブIDの対応表となります。
1412009-02-24自然言語処理技術の活用実例本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合データベースセンターの仲里猛留による「自然言語処理技術の活用実例」をお送りします。

1.自然言語とは？から始まり、2.なぜ自然言語リソースに注目するか（4分20秒〜）、3.自然言語リソースをどう使うか？（8分40秒〜）、 4.自然言語処理技術の活用実例（15分〜）が、自身で開発したGendooとともに紹介されています。
1402009-02-21NCBI GEOの使い方３　データセットブラウザを使い倒すNCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報(マイクロアレイ) のデータベースです。

今回はGEOの使い方第3弾として、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、一つの実験データセットにおける様々な遺伝子発現を詳細に調べる方法を紹介しています。解析の例として、まず、GEOに登録されている様々な実験条件におけるnanogの発現データを検索してその発現が特徴的な実験条件のデータを選択し（そのデータセットでのoct4の発現パターンをチェックしたり）、その選択したデータに関して詳細な解析をデータセットブラウザで行います。データセットブラウザ中で、階層的クラスタリングの結果を詳細に閲覧したり、ヒートマップを好みの色のグラデーションに変更したり、クラスタリングに用いる距離の定義(Uncentered Correlation, Pearson Correlation, Euclidean)や階層化手法(UPGMA, Single Linkage, Complete Linkage)を変更したり、興味のある部分の遺伝子発現データをテキスト形式で取得したりする方法を紹介しています。
1392009-02-20Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜2009Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。

第三弾の今回は、Ensemblを使って遺伝子の塩基配列を生物種間で比較し、そのアラインメントを作成・閲覧する方法について紹介しています。以前の番組で紹介した CLUSTALWで配列のアラインメントを作成すると内容的には同じですが、CLUSTALWを用いる場合は比較する塩基配列を自分で用意しなければいけません。 Ensemblではその手間が省けるほか、遺伝子のプロモーター配列が存在する上流配列などを付加した上で簡単にアラインメントを作成することができます。
1382009-02-19生命科学横断検索の利用法本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合データベースセンターの川本祥子 特任准教授による「生命科学横断検索の利用法」をお送りします。

データベース検索の基本的な仕組みの説明に始まり、様々な検索エンジンの紹介 [想-IMAGINE Book Search、clustermed、iHOP、SAGOOL、SPYSEE] （13分〜）、よりよい検索のための工夫（20分〜）、文章の構造化について（24分〜）、ソーシャルブックマーク（31分〜）、横断検索（35分〜）が紹介されています。
1372009-02-18ヒト統合ボディーマップ 2.染色体領域で眺める、他ヒト統合ボディーマップは、国立遺伝学研究所大久保研究室によるヒト遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。統合データベースプロジェクトの成果の一つ（平成18年度）で、統合ホームページの「H18年度成果公開サイト」から辿れます。5種類のヒト発現データ (iAFLP, Affymetrix GeneChip, EST, SAGE-NCBIのタグマップ, SAGE-大久保研独自タグマップ)に対して対応するNCBIのUniGene(ユニジーン)でデータを整理しました。対象生物種はヒトのみですが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能です。

前回「ヒト統合ボディーマップ1.発現パターンから探す」に引き続き、今回は「染色体領域で眺める」機能を使い倒す方法ほかを紹介しています。

1. まず、統合ホームページの横断検索で「嚢胞性線維症」（「のうほうせいせんいしょう」と読みます）で検索し責任領域をOMIM(Online Mendelian Inheritance in Man; 「おーみむ」と読みます)のエントリから読み取り、その結果を利用してその領域のエントリを発現の高い順に表示する方法を紹介します。さらに、その中で一番発現の高い嚢胞性線維性膜貫通調節因子(CFTR)に関してその発現データの詳細をブラウズする方法を説明しています。
1362009-02-17遺伝子発現データの活用事例本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、統合TVのプロデューサー 小野浩雅による「遺伝子発現データの活用事例」をお送りします。

前半部分は、統合TVについての説明、番組の検索方法などが紹介されています。後半部分が、ヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベース BioGPS の検索実習（11分〜）、マウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベース MGI (Mouse Genome Informatics) の検索実習（20分〜）となっています。
1352009-02-13NCBI GEOの使い方２　遺伝子プロファイルを検索するNCBI GEOはNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。

今回はGEOの使い方第２弾として、GEOに登録されている多くのマイクロアレイデータのなかから興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介しています。
1342009-02-10BodymapXSを使い倒すBodymap-XS（ボディーマップエックスエスもしくはボディーマップクロススピーシーズ）は、国立遺伝学研究所大久保研究室による分類学と解剖学による動物のESTカウント数データの統合サイト(taxonomical and anatomical breakdown of latest animal EST data)です。NCBI UniGene（ユニジーン）の目次のようなサービスですが、分類学的指標としてはNCBI Homologene（ホモロジーン）ではなくInparanoid（インパラノイド）データベースから取得したオーソログデータ(Eukaryotic Ortholog Groups)を利用し、独自に構築した階層的な解剖学的分類によってデータが整理されています。遺伝子発現データとしてEST配列データのみが使われていますが、複数の生物種（動物）のカウンターパート遺伝子の発現パターンの比較が可能となっています。

以前「ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探す」で取り上げたクレアチンキナーゼ（Creatine Kinase、略してCKとよく血液検査の結果などで呼称されます）を例として、さまざまな生物種のクレアチンキナーゼのオーソログのESTカウント数をその発現データとしてブラウズする方法を説明しています。さらに、配列類似性検索(BLASTP)を併用してオーソログと判定されなかったものの配列相同性のあると考えられるものも合わせてブラウズする方法も説明しています。
1332009-02-06Ensembl tips 〜配列を取得する〜 2009Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。

前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
1322009-02-05アナトモグラフィー／BodyParts3Dの利用法本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、ライフサイエンス統合データベースセンター の誇る「メディカルアーティスト」 藤枝香による「アナトモグラフィー／BodyParts3Dの利用法」をお送りします。

前半部分は、アナトモグラフィーとは？現在までの進捗状況、今後の開発予定などが紹介されています。後半部分で、アナトモグラフィーのエディターで画像を作成する（心臓を描く）実習（14分〜）、人体ヒートマップを作成する実習（20分〜）が紹介されています。
1312009-02-04ヒト統合ボディーマップ 1.発現パターンから探すヒト統合ボディーマップは、国立遺伝学研究所大久保研究室によるヒト遺伝子の解剖学的な発現パターンデータの統合サイトです。統合データベースプロジェクトの成果の一つ（平成18年度）で、統合ホームページの「H18年度成果公開サイト」から辿れます。5種類のヒト発現データ (iAFLP, Affymetrix GeneChip, EST, SAGE-NCBIのタグマップ, SAGE-大久保研独自タグマップ)に対して対応するNCBIのUniGene(ユニジーン)でデータを整理しました。対象生物種はヒトのみですが、複数の手法による客観的な遺伝子発現データの比較が可能です。

今回は「発現パターンから探す」機能を使って、全体のクラスタリング結果のヒートマップイメージから筋で特徴的に発現の高い遺伝子を視覚的に選んでリストを表示し（そしてそのリストを染色体上の位置でソートしてみたりもし）、その中で（ESTカウント数で）二番目に発現量が多かったクレアチンキナーゼ（Creatine Kinase、略してCKとよく血液検査の結果などで呼称されます）に関してその発現データの詳細をブラウズする方法を説明しています（一番目はミオシンでしたが、5種類の発現測定結果がそろっていなかったたので二番目のクレアチンキナーゼで説明しました）。
1302009-02-03統合データベースプロジェクトとは？本日の統合TVは、2009年1月23日に東京工業大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS長津田」から、ライフサイエンス統合データベースセンター　坊農秀雅　特任准教授による「統合データベースプロジェクトとは？」をお送りします。（プレゼン資料）

センターができるまでの経緯やその目指すものについて熱く語られています。
1292009-01-31Webブラウザを生命科学向けにカスタマイズする2009何か検索したい時にWebブラウザの検索バーを使う人が多いのではないでしょうか？今回はIE7とFirefoxを例にして、この検索バーを少しカスタマイズするだけで、生命科学向けの検索がグッと簡単になる方法について説明します。（注・IE6およびFirefox 1.x系ではこのカスタマイズはできませんのでご注意ください。）
1282009-01-30生物アイコンを使い倒す2009DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生物アイコンがあります。ここでは、生命科学の分野でしばしば登場する生物の画像とその詳細情報が分類ごとに整理されています。ここに載っている生物の画像はクリエイティブ・コモンズ・ライセンスのもとで自由に使用することが可能です。

今後も新しいアイコンが随時アップされていく予定です。
1272009-01-29Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める2009Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを眺めることができますEnsembl

ある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。

ここでは、ゲノムブラウザの使い方の一つ（ゲノムブラウザは色々な使い方ができます！）を、Googleマップと対比させて説明しています。
1262008-12-28Local blast の使い方〜オプションを使った検索編〜本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。

現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！

今回は最終回、さまざまなオプションを使って検索結果をしぼったり、表示形式を変更したりする方法について紹介します。
1252008-12-27Local blast の使い方〜検索実行編〜本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。

現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！

今回はその第四弾、いよいよBLAST検索を実行する方法について紹介します。前回作成した酵母のアミノ酸配列データベースに対して、サンプル配列と類似の配列を検索しています。
1242008-12-26Local blast の使い方〜データベース準備編〜本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。

現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！

今回はその第三弾、 BLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。BLASTでは検索を高速化するために formatdb というコマンドを使って、マルチファスタの配列ファイルをBLAST専用のファイルに変換する必要があります。
1232008-12-25Local blast の使い方〜設定編〜本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。

現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！

今回はその第二弾、 BLASTプログラムを実行するにあたっての設定方法、1) マトリックスファイルの場所を指定する方法と、2) BLASTプログラムにパスを通す（コンピュータ上のどこのディレクトリからでもプログラムを呼び出せるようにする）方法を紹介します。
1222008-12-24Local blast の使い方〜ダウンロード編〜本日の統合TVは、自分のコンピュータでBLAST検索を実行する方法を紹介します。

現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう！今回はその第一弾、 BLASTプログラムのインストール方法を紹介します。
1212008-12-19Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary JSBi20082008年12月15日に大阪の千里ライフサイエンスセンターで行われた、JSBi2008から、大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)の仲里猛留の発表、"Functional profiling of OMIM data using MeSH vocabulary"をお送りします。
1202008-12-18遺伝子発現情報データベース NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) の使い方NCBI GEO（Gene Expression Omnibus; 「ジオ」あるいは「ゲオ」と発音します）はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。

今回は、まずGEOの検索インターフェースを使って、自分の興味のあるマイクロアレイ実験データセットにたどり着く方法およびその生データのダウンロード方法について説明しています。
1192008-12-11tRNAデータベース『tRNADBCE』の使い方『tRNADB-CE』とは、３種類のtRNA遺伝子予測プログラムを用いて、広範な生物ゲノムからtRNA遺伝子の候補を網羅的に探索し、プログラム間で相異のあるケースについてはシニア世代の専門家がマニュアルにより精査した結果が収録されているtRNAデータベースです。
1182008-12-06EMBOSS fuzznucを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、fuzznucについて紹介しています。

fuzznucを使うと、塩基配列、そしてその相補配列(complement)の中から、配列のパターンを検索することが出来ます。

今回はサンプル配列として iPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列から、配列パターン"ATGC"を検索する場合を例に説明しています。
1172008-12-05MGIの使い方2　発現情報を調べるMGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。

ここでは脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIに登録されているさまざまな実験条件で得られた発現情報を閲覧する方法を紹介します。
1162008-12-01統合TV番組作成体制（2008年12月現在）新たに手伝ってくれる方が増えましたので、紹介します（敬称略）。所属がとくに書かれていない方は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)です。
1152008-11-30EMBOSS backtranseqを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、backtranseq について紹介しています。

backtranseqを使うと、アミノ酸配列から塩基配列を求めることができます。

今回は、サンプル配列として iPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のアミノ酸配列を例に説明しています。
1142008-11-29EMBOSS revseqを使い倒す今回の統合TVでは、DBCLSが提供するEMBOSS Explorerの解析ソフトの中から、revseqについて紹介しています。

revseqを使うと、塩基配列を逆相補配列(reverse complement)、逆配列(reverse)、相補配列(complement)に変換することが出来ます。

今回はサンプル配列として iPS細胞樹立に必須な因子であるOct4(POU5F1)のmRNA配列を例に説明しています。
1132008-11-28MGIの使い方その1　ノックアウトマウス情報の有無を調べるMGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。

ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIで閲覧することのできる主な情報と、特にノックアウトマウスの表現型を検索する方法を紹介します。
1122008-11-17Kazusa Annotation Suiteの活用本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、かずさDNA研究所 植物ゲノム研究部 植物ゲノム情報研究室 中村保一 室長による「Kazusa Annotation Suiteの活用」をお送りします。

統合データベースプロジェクトの参画機関の一つである、かずさDNA研究所の中村研究室が開発・提供しているゲノムアノテーションの統合環境、 Kazusa Annotation Suiteについて紹介していただいています。Kazusa Annotation Suiteは、ソーシャル・ゲノム・アノテーションツールのkazusa annotation、研究者コミュニティーのためのソーシャルネットワーク(SNS)サービスのkazusa navigation、生物関連の情報まとめサイトのkazusa wikiからなっており、今回は特にゲノムのアノテーションシステム、kazusa annotationを作成するに至った経緯や、その思想が説明されています。
1112008-11-10KEGG Atlas と KAAS アノテーション　〜　KEGG における最近の開発から本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター　五斗進　准教授による「KEGG Atlas と KAAS アノテーション　〜　KEGG における最近の開発から」をお送りします。

京都大学で開発・提供されているKEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)といえばパスウェイデータベースKEGG PATHWAYが世界的に有名ですが、今回は約120の代謝パスウェイマップを統合化し、さらにGoogle Mapsのようにインタラクティブな閲覧を可能にしたKEGG Atlasについて紹介していただいています。

また、近年のゲノム解読生物の増加により、マニュアルでの機能アノテーションが追いつかない現状を受けて開発された、自動アノテーションシステムKAAS (KEGG Automatic Annotation Server)についても紹介していただいています。
1102008-11-08Spotfireを用いた公共マイクロアレイデータとローカルなデータの統合今回の統合TVでは、データ可視化ツールであるSpotfire DecisionSiteを用いたマイクロアレイ解析の一事例を紹介します。

概要としては、公共マイクロアレイデータベースから取得したマイクロアレイデータに自分の実験のデータを追加した上で、それらのデータを正規化 (Normalize)し、階層的クラスタリング(Hierarchical clustering)を行う、という流れです。

今回例として用いたデータは、GNF symatlasのデータと、ヒトの脂肪細胞分化のマイクロアレイデータ(GSE1657)を一部改変したサンプルデータを用いています。
1092008-11-07ESTデータベース Entrez Unigeneを使い倒すNCBIが提供するデータベースの１つにUnigeneがあります。Unigeneは遺伝子のESTデータベースであり、様々な遺伝子のEST配列を取得することが出来ます。ESTとは"expressed sequence tag"の略でRNAの一部に当たる短い配列であり、転写産物の“目印”として使われています。

また、検索した生物と他の生物種のタンパク質配列を比較することで機能を類推したり、ESTが生物の体のどの部位で得られているかなども知ることが出来ます。

今回は、ブタのsox2遺伝子に関して調べた場合のUnigeneの使い方を紹介しています。
1082008-11-05ライフサイエンス用語の意味推定本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、金沢大学大学院自然科学研究科　佐藤賢二　准教授による「ライフサイエンス用語の意味推定」をお送りします。

Medlineの文章を解析して単語の意味を自動的に分類した結果の紹介や、それの応用として単語の意味を自動的に推定するシステムの紹介をしていただいています。
1072008-10-31統合データベース講習会：AJACS博多　科学データは誰のものか？本日の統合TVは、2008年10月18日に九州大学にて開催された「統合データベース講習会：AJACS博多」から、大久保公策 国立遺伝学研究所　教授による「科学データは誰のものか？」をお送りします。

知識やデータベースを統合しようとするときに立ちはだかる文献やデータの著作権に関する問題や、これらのオープンアクセス化運動の一つであるサイエンスコモンズなどが、多少？過激に紹介されています。
1062008-10-24Entrez Book検索を使い倒すNCBIが提供するEntrezでは医学、生物学に関する教科書を中身を含めて検索・閲覧することができます。検索できるのは残念ながら英語の原著版のみですが、検索した教科書の内容を、章、チャプタ、パラグラフ毎に全文閲覧することができるだけでなく、教科書に掲載されている図表も細かく閲覧することが可能です。また、キーワード検索も対応しており、教科書の中で閲覧したい箇所を容易に見つけることができます。

今回は例として、細胞生物学や分子生物学を中心に生命科学分野の入門書・教科書として名高い”Molecular Biology of the Cell”(細胞の分子生物学)を検索しています。
1052008-10-11配列のアラインメント作成ツールClustalWを使い倒すClustalW(「クラスタルダブル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。

ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。
1042008-10-10分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 応用編『chimera』はPDBファイルなどのデータを元に生体高分子（主にタンパク質）の立体構造を3D画像で表示する分子可視化ソフトです。前回の番組では、このソフトの使い方を、様々な用途別に細かく解説しましたが、今回の番組ではChimeraを使った応用編として、アミノ酸残基の性質別の色分けの方法や原子間距離に応じた範囲選択とそれに伴う原子同士の接触判定の方法についてその使い方を解説しています。
1032008-10-04遺伝子発現プロファイルデータベースBioGPSを使い倒すBioGPS（「バイオジーピーエス」と読みます）は Affymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたヒト、マウス、ラットのさまざまな組織や細胞(株)における遺伝子発現プロファイルのデータベースです。このデータベースは昨年の番組でも紹介したGNF SymAtlasのメジャーアップデート版です。

今回から新たにマウスのMOE430 アレイなどのデータが追加され、検索できる遺伝子の数や対象となる組織や細胞(株)の種類が拡充されています。また、マウスのエキソンアレイのデータも参照することが可能で、遺伝子のスプライシングバリアント(Splicing variant)の発現状況も調べることができます。さらに、検索した遺伝子に対して、種々の外部のデータベースに横断検索した結果を表示することができます。
1022008-10-03TogoWS RESTサービスを使い倒すRESTとは、DBCLSが統合ホームページで提供しているTogoWSにおいて提供されているサービスの一つです。TogoWSでは、ウェブサービスによって DDBJ, KEGG, PDBj, CBRCの４センターをバーチャルに統合し、国内の主要データベースと解析サービスを透過的に利用可能にする取り組みを行っています。これまで４センターで独自に開発されてきたウェブサービスの API を、ライフサイエンス統合データベースセンターにおいて一元的に利用できるようにし、相互に連携するために必要な追加機能を提供することで、ワークフローを容易に構築できる環境をユーザに提供します。このRESTサービスでは、URLにデータベース名やそのエントリを追加するだけで簡単にそのデータベースから欲しい情報を得ることが出来ます。また特定の情報だけを選んで取得することも出来ます。
1012008-09-27オンライン人体地図サービス「アナトモグラフィー」を使い倒す 2008秋アナトモグラフィーは統合ホームページで提供されているツールの一つで、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することができます。人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報" どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。

昨年および前回と紹介してきた同ツールですが、いまなお現在進行形でその改良が進められており、内容の充実とともに使いやすさも日々向上しています。今回はトップページの変更に伴い、新たに追加された内容を中心に使い方の説明をしています。
1002008-09-26遺伝子のRefSeq IDを調べるRefSeqとは、Reference Sequenceの略で、NCBIが提供する配列解析に使うための文字通り"reference"（リファレンス）となるべき配列データベースのことです。その配列の多くは核酸配列データベースのDDBJやEMBL、GenBank由来であり、それらの中からもっとも代表としてふさわしい（参照の基準となる）ものが、目で見て選ばれています。

今回の番組では、このRefSeqデータベースから自分の興味ある遺伝子のRefSeq IDを調べ、そのmRNA配列とアミノ酸配列を取得する方法について説明しています。
992008-09-25ライフサイエンス統合データベースセンターへの行き方〜千代田線・根津駅編〜本日の統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンターへの行き方がよくわからない、という声にお答えして、センターまでの道順を動画にしてみました。

センターへはいくつかの駅が利用できますが、今回は最寄り駅である東京メトロ 千代田線 根津駅からのルートを紹介します。根津駅の1番出口（9号車付近、綾瀬・北千住方面行きは前側、大手町・日比谷・代々木上原方面は後ろ側が便利です。）からのルートです。2番出口から出てしまっても、オレンジ色の牛丼屋さんを目指して歩けば1番出口に行けます。

ちなみに、東京駅からは二重橋前駅で乗り換えると便利らしいです。
982008-09-24分子可視化ソフト『Chimera』の使い方 『chimera』はPDBファイルなどのデータを元に生体高分子（主にタンパク質）の立体構造を3D画像で表示する分子可視化ソフトです。今回の番組では、このソフトの使い方を、様々な用途別に細かく解説しています。
972008-09-12OReFiLを使い倒す DBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとしてOReFiLがあります。
OReFiLは、(an Online Resource Finder for Lifesciences, 「オレフィル」と読みます)は、ライフサイエンス分野のパブリッシュされた文献に記載されているウェブリソース(データベースやツールなど)を検索します。近年の分子生物学の発展によって大量のデータが生産され、それに付随する形でデータベースやツールなどが数多く作成されており、インターネットを通じて提供されています。

多くのリソースが提供されている状態は選択肢が多いという点では歓迎すべきことですが、逆に情報が氾濫し「何を使えばよいのかわからない」、「リソースがどこにあるのかわからない」、「そもそもリソースがあるかどうかもわからない」という事態を招いてしまっています。Googleなどの検索エンジンは、ウェブ上のあらゆる情報を収集しているため、ノイズとなる情報も多く、必ずしも目的のリソースにアクセスすることが難しいのが現状です。そこで、 OReFiLではMEDLINEのアブストラクトやオープンアクセスの文献などの査読を経た情報からウェブ上のリソースを収集して、検索できる仕組みを提供しています。収集したテキストの情報を解析しているため、検索の際に問い合わせに対して適切な結果を返してくれます。そのため、容易に目的のリソースにアクセスすることができます。
962008-09-11蛋白質核酸酵素全文検索を使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして蛋白質核酸酵素全文検索があります。
ここでは、生命科学分野の総合レビュー誌で、和文総説誌として唯一PubMedにも掲載されている蛋白質核酸酵素（共立出版）のバックナンバーを全文検索することができます。自分の専門外の分野について概要を知りたいときなどに役立ちます。
952008-09-05統合ホームページへようこそ統合ホームページは文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。今回の番組では、統合ホームページを使いこなす上で知っておくと便利な特徴や小技などを初めての人でも分かるように紹介しています。
942008-08-26生命科学 学協会 カタログを使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生命科学 学協会 カタログがあります。
ここでは、生命科学に関連した様々な学協会を検索し、簡単にそのカタログやホームページを閲覧することが出来ます。
932008-08-25文科省「ゲノム」研究報告書全文検索を使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして文科省「ゲノム」研究報告書全文検索があります。ここでは、ゲノム特定領域における様々な報告書データを簡単に検索することが出来ます。
922008-08-08PCRプライマー設計ツール Primer3の使い方Primer3は PCR用のプライマーを設計するためのツールです。PCR実験成功の可否は、プライマー設計によるところが大きいですが、本ツールはWebブラウザ上で、実験条件に合った様々なパラメータを考慮しながらプライマー設計を行うことが可能です。

ここでは例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer3の使い方を説明します。
912008-08-06統合データベース講習会：AJACS本郷1　DBCLS独自サービス「目次」、「カタログ」系の使いこなし術/教育・人材育成のリソース紹介他本日の統合TVは、2008年7月3日に統合データベースセンターにて開催された「統合データベース講習会：AJACS本郷1」から、坊農秀雅 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授による「DBCLS独自サービス「目次」、「カタログ」系の使いこなし術/教育・人材育成のリソース紹介他」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースセンターで提供している、データベースカタログ（統合TV:生命科学系データベースカタログを使い倒す）や、GenBank/EMBL/DDBJに登録されているDNA塩基配列を整理したDNAデータバンク総覧（統合TV:DNAデータベース総覧と検索を使い倒す）、遺伝子発現データベースGEOに登録されている発現情報を整理したGEO目次 （統合TV:遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す−その壱）についての解説や使い方が紹介されています。また、統合プロジェクトで提供しているゲノムアノテーションをゲノムブラウザで表示する方法（統合TV:Ensembl tips 〜DBCLSで提供しているゲノムアノテーションを表示する〜）についても紹介されています。
902008-08-05統合データベース講習会：AJACS本郷1　OReFiLとAllie本日の統合TVは、2008年7月3日に統合データベースセンターにて開催された「統合データベース講習会：AJACS本郷1」から、山本泰智 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員による「OReFiLとAllie」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースセンターで開発している、web上で利用可能なデータベースやツール等を検索するOReFiLや、生命科学分野で使われる略語の展開形を調べるAllie （統合TV:Allieを使って略語の正式名称を検索する）についての解説や使い方が紹介されています。
892008-08-04統合データベース講習会：AJACS本郷1　アナトモグラフィー本日の統合TVは、2008年7月3日に統合データベースセンターにて開催された「統合データベース講習会：AJACS本郷1」から、三橋信孝 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任研究員による「アナトモグラフィー」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースセンターで開発している、三次元人体地図サービスアナトモグラフィー（統合TV:オンライン人体地図サービス「アナトモグラフィー」を使い倒す）や、解剖学用語に基づいた臓器の三次元形状や人体中の位置についてのデータベースBodyParts3D (旧ポリゴンマン辞書)についての解説や使い方が紹介されています。講習会のページにあるプレゼン資料にそって説明がなされているので、こちらもあわせてご覧ください（画面には映っていませんが、動画の左側にはアナトモグラフィーのページが表示されています）。
882008-08-01学会要旨統合検索を使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして学会要旨統合検索があります。ここでは、生命科学の分野に関連した学会の講演要旨を簡単に検索することができます。
872008-07-31統合データベース講習会：AJACS本郷1　生命科学横断検索の利用法本日の統合TVは、2008年7月3日に統合データベースセンターにて開催された「統合データベース講習会：AJACS本郷1」から、川本祥子 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授による「生命科学公横断検索の利用法」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースセンターで開発している、横断検索についての解説や使い方が紹介されています（統合 TV:「統合ホームページ」を使い倒す−横断検索）。横断検索は、ライフサイエンス系データベースのエントリや特許、報告書、新聞記事、共立出版社より発行されている蛋白質核酸酵素の記事などを串刺しにして検索することができるサービスです。講習会のページにそって説明がなされているので、こちらもあわせてご覧ください（画面には映っていませんが、動画の左側には講習会のページが表示されています）。
862008-07-30統合データベース講習会：AJACS本郷1　使いこなすための最低限のコンピュータ使いこなし術本日の統合TVは、2008年7月3日に統合データベースセンターにて開催された「統合データベース講習会：AJACS本郷1」から、坊農秀雅 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授による「使いこなすための最低限のコンピュータ使いこなし術」をお送りします。

ライフサイエンスの分野に限らず、さまざまな情報を検索する際に便利なTipsや、IP Messenger等を利用して研究室内でファイルを共有する簡便な方法などを紹介しています。講習会のページにそって説明がなされているので、こちらもあわせてご覧ください（画面には映っていませんが、動画の左側には講習会のページが表示されています）。
852008-07-29統合データベース講習会：AJACS本郷1　統合データベースプロジェクトとは本日の統合TVは、2008年7月3日に統合データベースセンターにて開催された「統合データベース講習会：AJACS本郷1」から、高木利久 ライフサイエンス統合データベースセンター センター長による「統合データベースとは」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースプロジェクトが開始されるに至った経緯や、プロジェクトの目的などを紹介しています。
842008-07-20統合TVの使い方統合TVのコンテンツ数は放送開始丸一年で80を超えました。コンテンツ数の増加とともに自分が使いたいデータベースやツールが見つかりにくくなってきたかもしれません。そこで今回の番組では、統合TV内での番組検索の仕方を中心に統合TV自体の使い方を紹介します。
832008-07-18新聞記事検索を使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして新聞記事検索があります。ここでは、生命科学の分野に関連した毎日新聞の記事を簡単に検索することができます。
822008-07-15新たなる有用遺伝子候補を探索する 現在、世界の遺伝子情報データベース上には、機能に関する情報が記載されていないままの膨大な数の塩基配列が眠っています（特に環境微生物由来のメタゲノム配列など）。それらの中から機能が判明している遺伝子と高い相同性を持つものが見つかれば、それは同等の機能を持つ可能性の高い新規遺伝子の候補発見となります。

今回の番組では、その方法についてBLASTによる相同性検索とORFfinderの使いこなしを交えて詳細に説明しています。
812008-07-09統合TVの作り方（MacOSX版）統合TVが始まって早いもので一年になりました。そこで今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。統合TVは WindowsXPとMacOSXの両方の環境で制作されていますが、今回はMacOSXでの制作場面をさまざまなノウハウとともにお送りします。

さあ、あなたも統合TVを作ってみませんか?!
802008-07-04生物アイコンを使い倒すDBCLSが統合ホームページで提供するサービスの一つとして生物アイコンがあります。ここでは、生命科学の分野でしばしば登場する生物の学名に対応した和名と画像が分類ごとに整理されています。ここに載っている生物の画像はクリエイティブ・コモンズ・ライセンスのもとで自由に使用することが可能です。
792008-06-27統合TVの作り方（Windows版） 統合TVが始まってまもなく１年になろうとしています。そこで今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。統合TVは WindowsXPとMacOSXの両方の環境で制作されていますが、今回はまずWindowsXPでの制作場面をさまざまなノウハウとともにお送りします。

さあ、あなたも統合TVを作ってみませんか?!
782008-06-23遺伝子発現バンク(GEO)目次を使い倒す−その壱NCBI GEO(Gene Expression Omnibus)は、遺伝子発現バンクとして、主にマイクロアレイデータの受け皿となっています。様々な種類の遺伝子発現データを受け入れるため、そのデータ単位がデータセット（研究・目的ごとにまとめられた発現データの集合 (発現データマトリクス)）、サンプル（測定に附された生体試料）、プラットフォーム（発現定量のための測定プロトコル）の3種類あることや、実験手法の多様さによって全体のデータの傾向を掴みづらいのも事実です。

そこで、この NCBI GEO を快適に使い、データの全容を俯瞰するための仕組み「遺伝子発現バンク(GEO)目次」、通称「GEO目次」が国立遺伝学研究所の大久保公策教授らによって開発され、現在DBCLSによって維持されています。今回はその使い方の概略を紹介します。数多く登録されている遺伝子発現データの大まかな傾向をつかむのに役に立つことでしょう。
772008-06-13機能既知遺伝子をデータベースから検索する（3/3 TreeViewによる系統樹作成）機能未知の遺伝子がどのような機能を持っているのかを調べるときにまず行われるのは、機能が分かっている遺伝子との比較です。前々回の番組でDDBJ (DNA Data Bank of Japan)の検索サービスであるARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation)を使って、検索した遺伝子の近縁配列を入手する方法を紹介しました。また、前回の番組でClustalWを使って系統樹を作成するための系統解析データを入手する方法を紹介しました。今回は３部作の締めくくりとして、TreeViewというツールを使って得られた系統解析データから系統樹を作成・表示する方法について紹介しています。
762008-06-12機能既知遺伝子をデータベースから検索する（2/3 ClustalWによる系統解析）機能未知の遺伝子がどのような機能を持っているのかを調べるときにまず行われるのは、機能が分かっている遺伝子との比較です。前回の番組でDDBJ (DNA Data Bank of Japan)の検索サービスであるARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation)を使って、検索した遺伝子の近縁配列を入手する方法を紹介しました。今回は、これらの取得した配列データ群から系統樹を作成するためにClustalWを実行する方法を紹介しています。
752008-06-11機能既知遺伝子をデータベースから検索する（1/3 ARSA による既知遺伝子の検索）機能未知の遺伝子がどのような機能を持っているのかを調べるときにまず行われるのは、機能が分かっている遺伝子との比較です。今回はDDBJ (DNA Data Bank of Japan)(でぃーでぃーびーじぇい、と読みます)の検索サービスであるARSA (All-round Retrieval of Sequence and Annotation)(あるーさ、と読みます)を使って、データベース上から機能既知遺伝子を検索する方法を『ペニシリン合成遺伝子の検索』を例に紹介します。
742008-06-10「統合ホームページ」用Firefox検索プラグインを使い倒す2008年6月2日に「統合ホームページ」が公開されました。今回は、統合ホームページ専用Firefox検索プラグインを自分のFirefoxに設定して、横断検索を便利に使う方法を紹介します。

実際にそれを利用し、「糖尿病」で検索するとGoogle検索ではインターネット全体から約87万ものヒットがありますが、統合ホームページの横断検索を利用することで生命科学データベースに対してのみ特化した検索結果が得られます。
732008-06-06オンライン人体地図サービス「アナトモグラフィー」を使い倒すアナトモグラフィーは統合ホームページで提供されているツールの一つで、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することができます。人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報" どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。

昨年放送した番組で紹介した同ツールですが、その後改良が進められ、内容の充実とともに使いやすさも向上しています。今回はアップデートされた内容を中心に使い方の説明をしています。
722008-06-03「統合ホームページ」を使い倒す−横断検索昨日2008年6月2日に「統合ホームページ」が公開されました。統合TVでは、新たに公開されたデータベースやサービスを今後紹介して行きます。今回は一番の目玉、横断検索を取り上げ、その基本的な使い方および注意点について説明します。

横断検索では従来の基本的な分子生物学系データベースに加えて、特許のデータベースや「蛋白質 核酸酵素」の過去記事(1985年〜2005年)も検索対象となっており、一度にこれらすべてのデータベースに検索がかかるようになっています。今回の例に挙げている'pparg'のような略語で検索することが多いかと思いますが、検索ヒット数を増やすためには前に紹介したAllieを使って略語の正式名称を調べて検索し直すとよいでしょう。
712008-06-01統合TV番組作成体制（2008年6月現在）これまでとくに統合TVの番組作成体制を公表してきませんでしたが、新たに手伝ってくれる方が増えましたので、紹介します（敬称略）。所属はとくに書いていない方は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)です。
702008-05-23Biomartを使い倒すIDの対応表を作成するBiomartは、the Ontario Institute for Cancer Research (OiCR) と the European Bioinformatics Institute (EBI) が共同で開発している（になりました）クエリ指向型データ管理システムです。これを使うといろいろなことができますが、今回は以前にも紹介しましたIDの対応表を作成するやり方を最新のBiomartのウェブインターフェースで再度紹介しています。 具体的には、BioMart Central Portalを使って、

1. Affymetrix mouse430 2のマイクロアレイにある遺伝子セットに絞り込んでから
2. Ensembl Gene IDを介してRefSeq IDとEntrezGene IDを対応づけた表を作成し
3. タブ区切りテキストにしてダウンロードする手順を紹介しています。
692008-05-22Allieを使って略語の正式名称を検索するAllie（「アリー」と発音します）は、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する医学生物系論文書誌情報データベースMEDLINEを対象とし、出現する略語（略字）とその正式名称のペアを検索するシステムです。

生命科学系の論文では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をMEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた論文の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている論文中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。
682008-05-14DNAデータベース総覧と検索を使い倒すDNAデータベース総覧と検索は、文部科学省統合データベースプロジェクトにおいて開発、維持されている、巨大な国際DNAバンク(INSD(International Nucleotide Sequence Database)と呼ばれるDDBJ/EMBL/GenBankのことです)を高速に検索し生物種、分子種、プロジェクトに分類して表示するシステムです。

ある研究機関から発表されたある生物のゲノムデータを一括してダウンロードするというような研究単位でのデータ取得ができます。BLASTによる配列検索、核酸関連の特許公報へのダイレクトリンク、レコードの時系列展開も可能です。

今回はその使い方の概要を特許として登録されているDNA配列の閲覧を例にその使い倒し方を紹介しています。
672008-05-12WiredMarkerを使いこなすWired-Markerは、文部科学省統合データベースプロジェクトにおいて、データベース構築を支援するソフトウェアとして開発されたフリーウェアです（開発名称：ScrapParty）。

WiredMarkerはWebページに引く「消えないマーカー」で、色・形自在のマーカーは再訪問を案内する"電子栞"であり、マークした情報は自動的にスクラップされます。データベース構築作業において、Webページとして参照可能な論文等の情報源からの情報収集をサポートします。
662008-05-08生命科学系データベースカタログを使い倒す生命科学系データベースカタログは、 ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する「データベースのデータベース」です。データベースが数多く存在する昨今、データベースをうまく使いこなすことが研究の進展を左右するといっても過言ではありません。しかし実際の利用者からは「必要なデータベースが見つからない」「何のデータベースがあるのか分からない」という声をよく聞きます。

生命科学系データベースカタログでは、国内外のデータベースを目的や対象、生物種、提供機関別に分類し、それらの説明が日本語で書かれているのが特徴です。また個々のデータベースについて利用者がコメントをつけることもできます。
652008-05-07統合DBを使い倒すためにOpenIDを取得するOpenIDは、一つのIDで対応する Webサービスに認証ができる仕組みです。OpenID 対応サービスを利用する場合には、各サービス毎にアカウントやユーザ情報を管理する必要がなくなります。

統合DBセンターでは今後さまざまなサービスを提供していく予定ですが、それらのサービスは一つのOpenIDを取得すればすべて利用できます。また、センターのサービスに限らず、OpenIDに対応しているサイトであれば、すべてのサービスを一つのIDで利用でき、サイト毎にユーザ名やパスワードを変える必要がなくなり大変便利です。今回は統合DBからOpenIDを取得する方法と、取得したIDを使ってサービスにログインする方法について紹介します。
642008-05-02UCSC Table Browserを使い倒すTable Browserは、UCSCTableBrowser 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツール BLATやGene Sorterなどがあります。

Table Browserは、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。以前に統合TVの番組でも紹介したBioMartとやれることは似ています。今回の番組では、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト(TFBS: Transcription Factor Binding Site)の情報からエストロゲン受容体α(ER-alpha)の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローを説明しています。
632008-05-01Ensembl tips 〜Ensembl Archivesを使い倒す〜Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。

第五弾の今回は、Ensembl の古いバージョン(Ensembl Archives)を閲覧する方法について紹介しています。Ensembl のバージョンとゲノム配列のバージョンの違いは混同しやすいですが、ゲノム配列を使ったデータベースやアノテーションはどのバージョンのゲノム配列に対応しているかが非常に重要です。DBCLSで提供しているゲノムアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いてEnsemblに追加して表示する方法については前々回の放送で紹介しましたが、その中にはマウスゲノムの一つ前のバージョンであるNCBI m36に対応づけたFANTOM3の cDNAセットがあります。このようなデータをEnsembl上で閲覧したいときなどはEnsembl Archivesを使う必要があります。
622008-04-25バイオの買い物.comを使って生命科学製品の比較をするバイオの買い物.comは、 日本語による生命科学関連製品の検索・比較サイトです。類似のサイトとして以前の番組で紹介したBiocompareがあります。まだサービスがスタートしたばかりですが、Biocompareのいくつかの問題点を解決し、利用者の利便性を追求したサイトの開発がなされています。現時点での大きな特徴として、製品検索の絞り込み条件が豊富、ユーザレビュー書き込み機能、製品価格や更新時期の表示、検索時に自動で候補を補完してくれる、などが挙げられます。
612008-04-18Ensembl tips 〜DBCLSで提供しているゲノムアノテーションを表示する〜Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。

第四弾の今回は、DBCLSで提供しているゲノムアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いてEnsemblに追加して表示する方法について紹介しています。今回は、ヒト、マウスの遺伝子発現を組織細胞の種類ごとに解析したデータベースであるBodyMapの ESTデータをEnsembl上で表示させています。
602008-04-03統合TVをiTunesで見る統合TVの番組はビデオキャスト (videocast) としてiTunesで見ることができます。iTunesで統合TVを見られることの利点は一度番組をダウンロードしておけば、ネットワーク環境にいないときでもいつでも繰り返し見られることです。またお手持ちのiPodやiPhoneで番組を見ながらパソコンの操作を同時に行えます。

今回の番組では、iTunesで統合TVを見るための方法および設定の仕方について説明しています。
592008-03-24かずさにおける新しいアノテーションの試み本日の統合TVは、2008年3月5日に科学技術振興機構(JST)にて開催されました統合データベース講習会: AJACS東京 の講演の模様をお伝えします。今回はかずさDNA研究所の岡本さんによる「かずさにおける新しいアノテーションの試み」をお送りします。かずさDNA研究所の紹介、アノテーション・キュレーションとはなんぞや？というお話から、実際にかずさDNA研究所で取り組まれているアノテーションについて紹介していただいています。
582008-03-22統合データベースへの期待本日の統合TVは、2008年3月5日に科学技術振興機構(JST)にて開催されました統合データベース講習会: AJACS東京 の講演の模様をお伝えします。今回は初！の統合DBセンター以外の方の講演、大日本住友製薬の樋口さんによる「統合データベースへの期待」をお送りします。センター主催の講演会ということで、多少のお世辞はあると思っておりますが、期待を裏切らないようがんばらにゃいかん。と感じた次第です。前半は製薬会社の視点から見たトランスクリプトミクス、プロテオミクス、メタボロミクスの現状および問題点を指摘されています。24分30秒からセンターに期待することについてお話をいただきました。
572008-03-17UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索するUCSC Gene Sorterは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているUCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては以前の番組でも紹介した高速アラインメントツール BLATなどがあります。

UCSC Gene Sorterは、興味のある遺伝子周辺もしくは遺伝子同士の関連性を、UCSC Genome Browserが持つさまざまなデータを文字通り「ソート」することによって容易に探索することができるツールです。関連性のある遺伝子をリストアップした後、それらの遺伝子に関するIDや配列をまとめて取得することができます。今回は、脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多いFABP4(Fatty Acid Binding Protein 4)を例にして使い方を説明しています。
562008-03-13使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその３本日の統合TVは、2008年2月28日に岩手大学にて開催されました第60回COEフォーラムの講演の模様をお伝えします。1時間半にも及ぶ長丁場だったため、3分割してお伝えしています。今回はその第3弾、統合データベースセンターの紹介です。ライフサイエンス系データベースの問題点やセンターにて提供されているサービスが紹介されています。
552008-03-12使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその２本日の統合TVは、2008年2月28日に岩手大学にて開催されました第60回COEフォーラムの講演の模様をお伝えします。1時間半にも及ぶ長丁場だったため、3分割してお伝えしています。今回はその第2弾で、遺伝子発現解析のパートで、マイクロアレイの実験から得られるデータを解析して生物学的に解釈することを概説しています。
542008-03-11使い倒し系バイオインフォマティクス入門ーその１本日の統合TVは、2008年2月28日に岩手大学にて開催されました第60回COEフォーラムの講演の模様をお伝えします。1時間半にも及ぶ長丁場だったため、3分割してお伝えする予定です。今回はその第1弾です。バイオインフォマティクスとは何か？から始まり、分野の歴史、ゲノム解析について講演しております。
532008-03-10テキスト処理して生命科学本日の統合TVは、2008年1月25日に長浜バイオ大学にて開催されましたライフサイエンス統合データベース講演会の内容紹介第2弾です。

今回は「テキスト処理して生命科学」をお届けします。なじみのある方は少ないかもしれませんが、いわゆる「テキストマイニング」と呼ばれる分野に関する発表です。近年の生命科学分野の発展に伴って文献情報が爆発的に増加しており、一人の研究者が関連する分野のすべての情報を収集するのは困難になりつつあります。今後は、いかに効率的に文献から情報を取り出すか、が重要になってくるものと思われます。今回の発表では文献処理の基礎から説明されており、テキストマイニングに興味のある方には必見の内容になっています。
522008-03-06Ensembl tips 〜塩基配列のアラインメントを作成する〜Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。

第三弾の今回は、Ensemblを使って遺伝子の塩基配列を生物種間で比較し、そのアラインメントを作成・閲覧する方法について紹介しています。以前の番組で紹介した CLUSTALWで配列のアラインメントを作成すると内容的には同じですが、CLUSTALWを用いる場合は比較する塩基配列を自分で用意しなければいけません。 Ensemblではその手間が省けるほか、遺伝子のプロモーター配列が存在する上流配列などを付加した上で簡単にアラインメントを作成することができます。
512008-02-28Biocompareを使って生命科学関連製品を横断検索するBiocompareは、 生命科学関連製品の横断検索サイトです。メーカーや取り扱い業者を越えた検索が可能なため、目的とする製品をより広い範囲から探すことができます。製品の詳細情報が得られるだけでなく、類似製品と詳細部分まで比較して最適な選択ができるようになっているのが特徴です。特に、メーカーも種類も多い抗体の検索などに威力を発揮します。

後半では、このBiocompareと学術誌Natureが共同で運営しているNatureproductsというサービスも紹介しています。このサービスでは、Natureオンライン版掲載論文の「方法」欄にある製品名およびメーカー名をクリックすると、各製品、メーカーのオンライン情報へと直接飛ぶことができ、実験で用いられた機器や試薬の入手元情報を簡単に得ることが可能です。このサービスも英語版ですが、使い方の動画が提供されています。
502008-02-21Ensembl tips 〜配列を取得する〜Ensemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。

前回はEnsembl tipsの第一弾として配列の比較方法について紹介しましたが、今回はその第二弾としてEnsemblを使った「配列の取得」方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。
492008-02-18ライフサイエンス辞書をローカルに使い倒す MacOSX (Leopard) ことえり編ライフサイエンス辞書(WebLSD)は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。

文章などを書いていて、生命科学分野の専門用語にからっきし弱いパソコンのかな漢字変換システムにイライラを覚えたことのある方は多いのではないのでしょうか？前回紹介したLSDプロジェクトで制作されている各種辞書はオンラインでの提供だけではなく、自分のパソコンにダウンロード・インストールして使える辞書も提供されています。今回は、MacOSX用かな漢字変換辞書を自分のマック（厳密にはことえり）に導入して、快適な生命科学用語変換ライフを送る方法について紹介します。
482008-02-14Ensembl tips 配列の比較をするEnsemblは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteとEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。以前、統合TVの番組でもEnsemblでSayaMatcherDAS やEnsemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める などを紹介してきましたが、その利便性の高さの一部しかお伝えできていません。そこで数あるEnsemblの便利機能を皆さんに知ってもらうために、"Ensembl tips"というかたちでシリーズ化して今後放送していく予定です。

今回は、その第一弾として多くの人が直面するであろう「配列の比較」に焦点を当てています。Ensemblでは、ヒトやマウスなど生物種間での配列のアラインメント表示はもちろんのこと、ドットプロット（dotplot; ハープロット(harplot)ともいう）による表示や当該領域の並列表示などが可能です。それらの使い方を紹介しています。
472008-02-07ライフサイエンス辞書をローカルに使い倒すライフサイエンス辞書(WebLSD)は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。

文章などを書いていて、生命科学分野の専門用語にからっきし弱いパソコンのかな漢字変換システムにイライラを覚えたことのある方は多いのではないのでしょうか？前回紹介したLSDプロジェクトで制作されている各種辞書はオンラインでの提供だけではなく、自分のパソコンにダウンロード・インストールして使える辞書も提供されています。今回は、Windows XP/Vista 用かな漢字変換辞書を自分のパソコンに導入して、快適な生命科学用語変換ライフを送る方法について紹介します。
462008-01-31ライフサイエンス辞書(WebLSD)を使い倒すライフサイエンス辞書(WebLSD)は、 京都大学大学院薬学研究科の金子周司先生が開発されている生命科学向けの辞書サービスで、生命科学用語について総合的で新しい語彙を収録した英日対訳およびシソーラス情報を教育研究者および学生に提供し，ひいては我が国の生命科学の発展に寄与することを目的としています。このプロジェクトでは、広範な生命科学の学問領域で使われる専門用語，対訳，用法，各種の統計情報を分析，収集するとともに，実際に電子メディアで活用することのできる電子辞書やパソコンツールを開発し，そのほとんどを無償で配布しています。

今回紹介するライフサイエンス辞書(WebLSD)は、学術論文の計量的な解析を行って作成した独自のデータに基づいており，その解析材料としては PubMedで公開されている膨大な文献抄録の他，協力を得られた出版社，学会などから提供されたテキスト情報を用いられているのが最大の特徴です。
452008-01-29ライフサイエンス分野の統合DBプロジェクト本日の統合TVは、2008年1月25日に長浜バイオ大学にて開催されましたライフサイエンス統合データベース講演会の内容を紹介します。

今回はいくつか行われた発表の中から、統合DBプロジェクトの"しょこたん"こと、川本しょうこ先生による"ライフサイエンス統合データベースプロジェクト"をお届けします。
442008-01-24日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜遺伝子百科編〜Jabion（ジャビオン、と発音します）は、一般社会および専門家の両方を対象とし、生物学分野における分かりやすく正しい情報の提供を目的としたわが国初の日本語バイオポータルサイトです（ 総説PDF ）。このサイトは、一般向けとして生物学用語や科学ニュース等を分かりやすく解説すると同時に、専門家向けとして最新の研究動向や日本語での利用が可能な文献検索やゲノム情報などを提供しています。ちなみに、Jabionの名前の由来は、日本における生物学のトップサイトを目指す意味で、日本 (Japan)と生物学(Biology)の頭文字からもじって命名されました。

前回は「PubMed日本語検索（文献検索）」の機能を紹介しましたが、今回はさらに「遺伝子百科」検索の機能について紹介します。遺伝子百科検索では、遺伝子名やその他の生物学的なキーワードを日本語で入力すると、該当するもしくは関連のある英語の専門用語に自動で変換したのちに遺伝子情報の検索を行うことができます。
432008-01-17日本語バイオポータルサイトJabionを使い倒す 〜文献検索編〜Jabion（ジャビオン、と発音します）は、一般社会および専門家の両方を対象とし、生物学分野における分かりやすく正しい情報の提供を目的としたわが国初の日本語バイオポータルサイトです（ 総説PDF ）。このサイトは、一般向けとして生物学用語や科学ニュース等を分かりやすく解説すると同時に、専門家向けとして最新の研究動向や日本語での利用が可能な文献検索やゲノム情報などを提供しています。ちなみに、Jabionの名前の由来は、日本における生物学のトップサイトを目指す意味で、日本 (Japan)と生物学(Biology)の頭文字からもじって命名されました。

バイオポータルサイトというだけあって、様々なコンテンツがありますが、今回はまず「PubMed日本語検索（文献検索）」の機能を紹介します。 Jabionの文献検索では、日本語キーワードを入力するだけで該当する英語の専門用語に変換したのちにPubMed検索を行うことができます。変換候補が複数ある場合には任意のものを検索対象とすることも可能です。また、検索結果は出版年順だけでなく、ジャーナルごとの被引用率などを用いて著名な文献が優先的にヒットする仕組みを採用しているのが特徴です。
422008-01-10WINGproを使ってバイオ分野の多様なデータベースを知るWINGproは、文部科学省「ライフサイエンス分野の統合データベース整備事業平成 18年度」の受託業務の一環として運営されているライフサイエンス分野の多種多様なデータベースの内容を収録した「データベースのデータベース」です。

多種多様なデータベースが存在する現在、各データベースの内容を理解し利用できるようになることは非常に有用です。しかし、自分の関心のある分野において、どのようなデータベースが利用可能でどこにあるのか、などが分かりにくいのが現状です。WINGproでは、国内外のデータベースの情報をデータベースの構築法による分類と生物種および対象による分類で一覧することが可能です。

またWINGproは、閲覧するだけでなくユーザが新規データベースに関する記事の投稿、既登録データベース関しても利用方法やTipsに関する追記することで内容の充実に参加することができるのが特徴です。
412007-12-27DBTSSを使って遺伝子の発現制御領域（プロモーター領域）を調べるDBTSSは、最新の完全長cDNA配列、またその配列から明らかになった転写開始点およびプロモーター領域の情報を公開しているデータベースです。

2007年12月現在、約15000種類のヒト遺伝子やほぼ同数のマウス遺伝子、その他のいくつかの生物種の遺伝子の転写開始点の情報を閲覧することができます。また最近のアップデートで、次世代高性能シーケンサーであるSolexaを用いてMCF7(ヒト乳癌細胞株)とHEK293(ヒト胎児腎細胞株)から得られたデータが閲覧可能であり、より詳細に遺伝子の転写開始点およびプロモーター領域を調べることができます。

今回は、今話題のiPS細胞を樹立するのに必要とされる4遺伝子のうちの1つであるSOX2 (sex determining region Y box 2)を例にして説明しています。
402007-12-20Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をするJpredは、複数の相補的な二次構造予測の結果を統合して、それにマルチプルアラインメントの情報を追加することで二次構造予測を行うことができるツールで、英国の Dundee大学が提供しています。

このツールの特徴として、二次構造予測を行う前に質問配列と相同な配列を持つタンパク質が立体構造データベースにすでに存在するかを調べることが可能で、Jpredを使って二次構造予測をする必要があるかを前もって知ることができます。また、二次構造予測結果はJavaによるマルチプルアラインメントエディター／ビューワーとして有名なJalviewで表示することもできます。

今回は、骨芽細胞分化の決定因子として知られるRunx2（Runt-related transcription factor-2）のアミノ酸配列を使って説明しています。
392007-12-19togoTV JSBi20072007年12月17日にお台場の日本科学未来館で行われた、JSBi2007のプレゼンを恥ずかしげもなくあげてみました。
382007-12-13NCBI Entrezの総エントリー数を調べるNCBI Entrezは皆さん「NCBIのサイト」としてよく使う検索手段かと思いますが、その中のデータベースごとにどのくらいの数のエントリーが登録されているか気になったことはありませんか？たとえば、今日現在PubMedに載っているアブストラクトの数が何個あるのだろうか、GEOに掲載されている遺伝子発現データの数はどれぐらいあるんだろう、などなど。今回の番組は、そんな疑問に答えるトリビア的な内容になっています。
372007-11-22GenePaintを使ってマウスの胚や脳における遺伝子発現の局在を調べるGenePaintは、ドイツのマックス・プランク研究所が公開しているマウスの発生過程における遺伝子発現の局在をin situ hybridization（ISH）により調べた組織切片画像のデータベースです。

登録されている切片画像はズームイン可能で、遺伝子によっては各部位における発現状況がランク付けされています。また、ある部位で特に強く発現している遺伝子や特徴的なパターンで発現している遺伝子のなどの条件で検索結果の絞込みを行うことも可能です。
362007-11-20EMBOSS transeqで塩基配列をアミノ酸配列に変換するtranseq はEMBOSSプロジェクトで提供されている塩基配列をアミノ酸配列に変換するツールです。transeq

EMBOSSとはEuropean Molecular Biology Open Software Suiteの略で、200を越えるアプリケーションから構成されている統合パッケージです。無料で利用できます。
352007-11-15InterProScanを使ってアミノ酸配列の特徴を検索するInterProScanは、アミノ酸配列の特徴を複数のデータベースを対象にまとめて検索することによって、問い合わせた配列が属するタンパク質ファミリーやドメイン構成およびモチーフなどの特徴を効率的に推測することができるツールです。

興味のあるタンパク質の機能が未知であるとき、配列解析によって機能注釈を行いたいといった場面で、配列相同性検索と同様によく用いられるのがモチーフ・ドメイン検索です。InterProScanはそういった場面で用いられる最も代表的なツールです。

ムービーではサンプルデータとして、ES細胞の分化多能性を支えるHomeoboxタンパク質であるNanogのアミノ酸配列を使って説明しています。
342007-11-08GO Terms Classifications Counterを使ってマイクロアレイデータを可視化するGO Terms Classifications Counterは、マイクロアレイ実験などで得られた発現変動のあった遺伝子群に付けられたGO termのフラットファイルをuploadすると分類して可視化（集計表とパイチャート）してくれるツールです。このツールを使うことで、発現変動のあった遺伝子群の特徴を概観することができます。

ムービーではサンプルデータとして、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ（GSE1657:Adipocyte Differentiation[Homo sapiens]）を用いて、脂肪細胞の分化過程で発現増加した上位100個の遺伝子群のGO IDのリストを使って説明しています。
332007-11-07NEBcutterでDNA配列を切り倒す！NEBcutter はNEW ENGLAND BioLabs Inc. 社が提供する、DNA配列を切断する制限酵素について調べるツールです。NEBcutter 配列を入力して、その配列を切断できる酵素（またはその配列を切らない酵素）を探すことができます。また、配列を制限酵素で処理したときに生成する断片をシミュレートすることができ、さらにアガロースゲル電気泳動したときの泳動位置も表示することが可能です。　　

DNA配列をベクターにクローニングしたり、切り貼りしたりするときに大変便利なツールです。企業によって提供されているツールですが、なんと無料です！タダです！
322007-11-01InfoPubMedを使って遺伝子・タンパク質間相互作用情報を調べるInfo-PubMed(インフォパブメドと読みます)は、東京大学辻井研究室が提供している遺伝子・タンパク質間相互作用情報を検索するツールです。

Info-PubMedでは、PubMedに収録された文献情報（アブストラクト）からキーワードの共起やその関係性を機械的に抽出することによって得られた遺伝子・タンパク質間の相互作用情報を検索することができます。画面の操作はドラッグ&ドロップで簡単に行うことが可能で、流れるように操作できるのが特徴です。
312007-10-25Human Protein Atlasを使って組織・細胞におけるタンパク質発現情報を調べるHuman Protein Atlas(ヒューマンプロテインアトラスと読みます)は、スウェーデンの研究グループが提供しているヒトのタンパク質発現情報データベースです。

さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質の発現情報および局在を、特異的抗体を用いて得られた免疫組織化学染色写真をもとに調べることができます。2007年10月25日現在では3,015個の抗体および2,827,440枚の染色写真が閲覧可能です。また、まだ数は少ないですが免疫蛍光染色の写真も追加されています。

タンパク質の特異的抗体を用いた実験をする前に一度このデータベースで各組織・細胞株での発現状況を調べてみたり、2007年8月16日に放送しましたGNF SymAtlasと比較してmRNAとタンパク質の発現状況の違いを調べたりすると興味深い知見が得られるかもしれません。
302007-10-18オンライン人体地図サービス「アナトモグラフィー」を使い倒すアナトモグラフィーは統合ホームページで提供されているツールの一つで、器官別の発現解析データ、疾患別症状分布などの手持ちのデータを人体の3D画像にマッピングして俯瞰することができます。人体地図にデータをマップすることで、"体に関する情報" どうしの関係を視覚的・直感的に理解したい場面で真価を発揮します。

現在も改良が続けられていますが、現段階での使い方および注意点について説明します。
292007-10-16PSIBLASTで類縁の配列を調べ倒すPSI-BLASTは、BLAST検索の結果を利用して検索を繰り返して行くことで、配列自体の類似度が低くくても機能的に関連している配列を見つけ出すことができる非常に強力な検索方法です。psi-blast

機能未知のアミノ酸配列の機能を推定するために、BLAST検索がよく使われます。しかし、ヒットしてきた配列に有用なアノテーションが付いておらず、機能の推定が難しい場合があります。こんなときに、PSI-BLASTを試してみましょう。PSI-BLASTではBLAST検索でヒットしてきた類似配列から、部位特異的スコア行列(PSSM: Position Specific Scoring Matrix)を作成して類縁のアミノ酸配列を検索します。BLASTでヒットしてきた配列の"特徴"を使ってBLAST検索を行うため、配列自体の類似性が低くても、配列の特徴が類似しているアミノ酸配列を得ることができます。このようにして得られた遠縁のアミノ酸から有用な情報が得られることもあります。
282007-10-11Webブラウザの検索バーを生命科学向けにカスタマイズする何か検索したい時にWebブラウザの検索バーを使う人が多いのではないでしょうか？今回はIE7とFirefoxを例にして、この検索バーを少しカスタマイズするだけで、生命科学向けの検索がグッと簡単になる方法について説明します。
272007-10-05「統合ホームページ」でデータベース横断検索を使いこなす本日2007年10月5日にDBCLSが提供するライフサイエンスデータベースのポータルサイト「統合ホームページ」が公開されました。

今回はその公開を記念して数あるコンテンツのうちからライフサイエンスデータベース横断検索を取り上げ、その使い方および注意点について簡単に説明します。
262007-10-04PubMedの検索結果を定点観測する その2PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。

2007年9月20日放送の「PubMed の検索結果を定点観測する その1」の続編として、取得したRSSフィードが更新された場合の見方について説明します。

さらに、おまけとしてwebブラウザ Firefoxを使った場合の RSSフィードの取得・購読の仕方についても説明しています。
252007-09-27遺伝子発現パターンが似ている遺伝子群のゲノム上流配列を一気に取得する今回は、数回前の番組「Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺める」（2007年9月12日放送）の最後の「そこでBioMartですよ！」を受ける形で、望みの配列情報を取得する方法を紹介しております。ただ、それだけでは生物学的におもしろくないので、以前に紹介したGNF Symatlas（2007年8月16日放送）を用いて脂肪細胞のマーカーとして用いられることの多いFABP4(Fatty Acid Binding Protein4)の発現パターン（発現プロファイル、発現プロフィールも同じ）を調べ、それと似た発現パターン（＝脂肪細胞で発現が高い）を持つ遺伝子をリストアップします。それらの遺伝子のゲノム上の上流配列をEnsemblのBioMartを用いて一気に取得する方法を紹介します。
242007-09-26BLAST検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得するここでは、BLAST検索の結果で得られた、問い合わせ配列と類似性のある配列群の配列をマルチファスタフォーマットで取得する方法について説明しています。この方法を使うことで、配列を1個1 個コピー＆ペーストすることなく、まとめて配列を取得することができます。multi fasta

ムービー中で使用した問い合わせ"P19526"はswissprot (現UniProt)に収録されている humanのフコース転移酵素Fucosyltransferase1のエントリです。

自分の注目する配列と関連した配列群を集めることで、マルチプルアラインメントや系統樹の作成など、更なる解析に応用することができます。

ここでは、BLAST検索の結果から配列を集めていますが、NCBIのサイトではBLASTの結果でなくても配列IDのリストを作ればmulti fastaファイルを得ることが可能です。

オマケとして、multi fastaファイルから注釈行のみを取り出す方法やエントリIDのリストを取得する方法を、Mac OSXに標準でインストールされている「ターミナル」を使って説明しています。
232007-09-20PubMedの検索結果を定点観測する その1PubMed（「パブメド」と発音します）は、米国のNCBIから提供されている生物医学文献データベースです。

PubMedで自分の興味あるキーワード等を検索し、関係のありそうな論文の情報収集を日々行っているという人も多いと思います。ここでは Pubmedの検索結果のRSSフィードを取得し、新着情報のみをすばやく、効率的に得る方法について説明します。
222007-09-14ウイルスの持ち出した宿主の遺伝子配列がコードされている領域をアミノ酸配列レベルでゲノム中から探し当てるラウス肉腫ウイルス(Rous sarcoma virus)は、ニワトリで発見された腫瘍形成に関わっている腫瘍ウイルスで、1911年にペイトン・ラウスによって発見されました。2本鎖RNAをゲノムにもつレトロウイルスで、ガンの原因となる遺伝子は sarcomaからsrcと名付けられましたが、実は宿主の細胞にもほとんど同じ遺伝子配列が存在していることが発見されました。ウイルス由来のsrc遺伝子はv-src、細胞由来のものはc-srcと記述されています。

今回はそのv-srcのタンパク質配列を、ラウス肉腫ウイルスのゲノム配列を検索するところから始めて取得し、それをすでに解読されているニワトリのゲノム配列に対してアミノ酸配列のままBLAT検索にかけc-srcがコードされているゲノム上の領域を探し当てます。さらにその2種類のsrcのアラインメントを見ることでsrc遺伝子の遺伝子情報をウイルスがニワトリゲノムから持ち出してから現在に至るまでどこの場所に変異が入ったか、知ることが出来ます。最後に、その場所をUCSC Genome Browserで確認します。
212007-09-13MGIの使い方その2　発現情報を調べるMGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。

ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIに登録されているさまざまな実験条件で得られた発現情報を閲覧する方法を紹介します。
202007-09-12Ensemblゲノムブラウザを使って遺伝子を眺めるEnsembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを眺めることができますEnsembl

ある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。

ここでは、ゲノムブラウザの使い方の一つ（ゲノムブラウザは色々な使い方ができます！）を、Googleマップと対比させて説明しています。
192007-09-07MGIの使い方その1　ノックアウトマウス情報の有無を調べるMGI（Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と普通に発音します）は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory（ジャクソン研究所）が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。

ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIで閲覧することのできる主な情報と、特にノックアウトマウスの表現型を検索する方法を紹介します。
182007-09-06siDirectでsiRNAを設計するsiRNA(「エスアイアールエヌエー」と読みます；small interfering RNAの略です)を用いてRNAi(RNA interference)を起こして目的のmRNAをノックダウンすることが哺乳類に対してもできることが最近わかってきました。

siDirect（「エスアイダイレクト」と読みます）はそのsiRNAをデザインする日本発のツールです。インターフェースや説明書きがすべて英語となっており日本語化されていないので素人にはなじみにくいかもしれませんが、設計した siRNAが他の遺伝子に影響を及ぼさないか他の遺伝子配列にたいする配列類似性検索も同時に行うことができ、便利なツールとなっています。ただ、その siRNAが実際に効いたかどうか等の実験結果は反映されていないのが残念な点です（効いたかどうか確かめたもの(verified)を集めたsiRNA がライブラリという形で売られていますが自分の目的とする細胞(cell line)や組織で効くかどうかはまた別問題です）。
172007-08-31OReFiLを使ってライフサイエンス分野のwebリソースを検索するOReFiL (an Online Resource Finder for Lifesciences, 「オレフィル」と読みます)は、ライフサイエンス分野のパブリッシュされた文献に記載されているウェブリソース(データベースやツールなど)を検索します。

近年の分子生物学の発展によって大量のデータが生産され、それに付随する形でデータベースやツールなどが数多く作成されており、インターネットを通じて提供されています。

多くのリソースが提供されている状態は選択肢が多いという点では歓迎すべきことですが、逆に情報が氾濫し「何を使えばよいのかわからない」、「リソースがどこにあるのかわからない」、「そもそもリソースがあるかどうかもわからない」という事態を招いてしまっています。

Googleなどの検索エンジンは、ウェブ上のあらゆる情報を収集しているため、ノイズとなる情報も多く、必ずしも目的のリソースにアクセスすることが難しいのが現状です。

そこで、OReFiLではMEDLINEのアブストラクトやオープンアクセスの文献などの査読を経た情報からウェブ上のリソースを収集して、検索できる仕組みを提供しています。

収集したテキストの情報を解析しているため、検索の際に問い合わせに対して適切な結果を返してくれます。そのため、容易に目的のリソースにアクセスすることができます。
162007-08-30FANTOM_CAGEデータによる転写開始点をEnsemblで可視化する理化学研究所 横浜研究所 ゲノム科学総合研究センター 遺伝子構造・機能研究グループによるCAGE(Cap Analysis Gene Expression; 「ケージ」と発音します)のデータはその数が非常に多いため、その利用は困難となってしまっていることが多いようです。最近、Ensembl Genome BrowserのDAS sourceの一つに、このCAGEタグのゲノムへのマッピングデータが追加されました（ヒトとマウス）。それを用いて興味あるゲノム領域（たとえば注目している遺伝子のプロモーター領域など）にCAGEタグがどれぐらいマッピングされているかをウェブ上で簡単に調べることができるようになっています。

ここではヒトのPPARG(Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma)を例に、その5'領域にマッピングされたCAGEタグの位置をEnsembl Genome Browser上で調べる手順を解説し、現状での問題点を指摘しています。
152007-08-29高速アラインメントツールBLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒すBLAT（The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか（ゲノムランディング(genome landing)といいます）探索するのに用いられています。

ここではヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使い倒す方法を紹介します。
142007-08-24Primer3でPCR用のプライマーを設計する。Primer3は PCR用のプライマーを設計するためのツールです。PCR実験成功の可否は、プライマー設計によるところが大きいですが、本ツールはWebブラウザ上で、実験条件に合った様々なパラメータを考慮しながらプライマー設計を行うことが可能です。

ここでは例としてヒトの脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR) gammaの塩基配列をサンプル配列として、設定可能なパラメータ項目の説明を交えながらPrimer3の使い方を説明します。
132007-08-16GNF SymAtlasで各臓器における遺伝子発現プロファイルを調べるGNF SymAtlas（「ジーエヌエフ シムアトラス」と読みます）はAffymetrix社製のマイクロアレイであるGeneChipを用いたヒト、マウス、ラットのさまざまな臓器やcell line（セルライン）における遺伝子発現プロファイルのデータベースです。

GNF SymAtlasは2008年にアップデートされて、現在はBioGPS（「バイオジーピーエス」と読みます）になっています。
122007-08-09CLUSTALWで配列のアラインメントを作成するClustalW(「クラスタルダブル」と読みます)は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる（多重（マルチプル）アラインメント）ツールです。比較的簡単な操作で系統樹作成なども行うことができます。

ここでは、例としてヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。
112007-08-08NCBI BLASTを使って機能未知塩基配列の機能を推定するNCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLAST

BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Tool の頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。

ここでは、サンプル配列の塩基配列を問い合わせ配列として、nr/ntデータベース（冗長性を排した塩基配列データベース）に対して検索を行い、機能を推定する使い方を説明します。
102007-08-07なぜこのような活動を始めたのかなぜこのような活動を始めたのか
92007-08-06BiomartでIDの対応表を作成するEnsemblのbiomartを用いて各種IDの対応表をウェブ上で簡単に作ることができます。

ここではマウスを例に、Ensembl Gene IDに対応するRefseq ID、EntrezGene IDとAffymetrix mouse430 2のIDを対応づける表を作成し、タブ区切りテキストにしてダウンロードしてくる手順を解説しています。
82007-08-03EnsemblでSayaMatcherDASEnsembl（「アンサンブル」と読みます）はゲノムアノテーションを閲覧するサイトです。EnsemblDAS

デフォルトで表示されているゲノムアノテーション以外に自分の好みのアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いて追加することが出来ます。

その実際をSayaMatcherで提供されているDASサービスを追加することで転写因子結合配列E-boxをEnsembl上に表示する手順を説明しています。
72007-08-02Entrezを使って配列を検索するEntrezを使って配列を検索する ~ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を得る~編の新しい統合TVを公開しました(090624追記)。

Entrezは、NCBIで提供されているさまざまなデータベースを横断的に検索するための検索エンジンです。Entrez

ここでは、ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を取得する方法を通じて、Entrezの使い方の一例を示します。
62007-08-01EnsemblでSayaMatcherDASEnsemblはゲノムアノテーションを閲覧するサイトです。デフォルトで表示されるアノテーション以外に自分の好みのアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いて追加することが出来ます。その実際をSayaMatcherで提供されているDASサービスを追加することで転写因子結合配列E-boxをゲノム上に表示する手順を説明しています。
52007-07-31GOLD Genomes OnLine Database v 2.0GOLDデータベースはゲノム塩基配列解読プロジェクトを集めたデータベースです。GOLD

既に解読が終了したゲノムプロジェクトや、現在進行中のゲノムプロジェクトについて調べることができます。

塩基配列や、発表された論文、解析を実施している機関などへのリンクがあります。
42007-07-26NCBI GEO 字幕入り版遺伝子発現情報のデータベース（レポジトリ）の　NCBI Gene Expression Omnibus(GEO) の使い方。
32007-07-23reactome release 21 字幕入り版reactomeは、ヒトを中心としたパスウェイ情報のデータベースです。

代謝パスウェイだけでなく、シグナルパスウェイなども収録されているのが特徴です。

ここでは、マイクロアレイ時系列発現データがあった場合に、発現情報をパスウェイ上でアニメーション表示する方法について説明しています。
22007-07-09BioMartその弐Ensemblのbiomartを用いて、全ての遺伝子の転写開始点から上流の配列1kbをマウスゲノムから抽出してFASTA形式で得る。
12007-07-09BioMartその壱Ensemblのbiomartを用いて、特定のGOID（GO:0003700, 転写因子活性）を持つものをヒトの全遺伝子から抽出して数え、それらに対応するAffymetrixとAgilent両方のProbeIDを付してタブ区切りテキストにしてダウンロードする。